Trong thời gian qua, công tác thẩm định, xét duyệt quyết toán của cơ quan quản lý cấp trên đối với các đơn vị cấp dưới trực thuộc của Bộ Tài chính nói chung, hệ thống KBNN nói riêng đáp ứng chưa cao được yêu cầu quản lý cũng như chưa đánh giá được hiệu quả sử dụng kinh phí gắn với chất lượng, khối lượng công việc thực hiện. Để khắc phục các hạn chế này cần thay đổi quy định về xét duyệt, thẩm định quyết toán kinh phí hoạt động của các đơn vị KBNN hiện nay theo hướng:
Đơn vị trực tiếp sử dụng kinh phí NSNN lập báo cáo quyết toán hàng năm theo mẫu biểu quy định, trong đó báo cáo tình hình sử dụng và quyết toán kinh phí hoạt động được lập theo chế độ báo cáo trong khuôn khổ quản lý ngân sách theo kết quả
đầu ra và phải chịu hoàn toàn trách nhiệm trước cơ quan quản lý cấp trên, cơ quan quản lý tài chính và trước pháp luật về công tác quản lý và tình hình sử dụng, quyết toán kinh phí NSNN tại đơn vị, quy định này hoàn toàn phù hợp với mục tiêu thực hiện chế độ tự chủ tài chính về sử dụng kinh phí quản lý hành chính theo Nghị định số 130/2005/NĐ-CP ngày 17/10/2005 của Chính phủ và các quy định hiện hành về chế độ trách nhiệm của Thủ trưởng đơn vị đối với các nội dung, nhiệm vụ của đơn vị và phù hợp với chủ trương nâng cao tính tự chủ và tăng cường chế độ trách nhiệm với người đứng đầu các cơ quan, đơn vị; đồng thời, bắt buộc các đơn vị sử dụng ngân sách khi lập Báo cáo quyết toán năm phải đánh giá và thuyết minh đầy đủ tình hình và kết quả thực hiện nhiệm vụ, cũng như công tác quản lý, sử dụng kinh phí trong năm của đơn vị, khắc phục hạn chế về chất lượng báo cáo quyết toán chưa đảm bảo và đáp ứng yêu cầu quản lý trong thời gian qua.
Trên cơ sở Báo cáo quyết toán của các đơn vị KBNN, KBNN cấp trên trực tiếp thực hiện đối chiếu, thẩm định số liệu quyết toán theo từng nội dụng, nhiệm vụ được phê duyệt và dự toán được giao trong năm, tình hình chấp hành pháp luật, chính sách, chế độ tài chính, kế hoạch NSNN, trên cơ sở đó tổng hợp quyết toán kinh phí hoạt động của cả hệ thống KBNN để báo cáo các cơ quan quản lý theo quy định.
Cơ quản lý cấp trên là đơn vị dự toán cấp II trực thuộc Bộ Tài chính (Vụ Tài vụ - Quản trị) có trách nhiệm tổng hợp quyết toán kinh phí NSNN của toàn hệ thống, báo cáo các cơ quan quản lý nhà nước theo quy định (Bộ Tài chính). Công tác thẩm định và tổng hợp Báo cáo quyết toán ngân sách như trên là phù hợp với việc thực hiện lập dự toán theo kết quả đầu ra, do dự toán được phân bổ và giao cho hệ thống KBNN hàng năm đã được cơ quan quản lý cấp trên thẩm định từng nội dung, nhiệm vụ thực hiện trong năm trên cơ sở chính sách, chế độ, tiêu chuẩn, định mức chi tiêu tài chính, sử dụng tài sản... phù hợp với yêu cầu triển khai công việc của hệ thống KBNN đồng thời khắc phục việc quy đồng trách nhiệm của Thủ trưởng cơ quan quản lý cấp trên đối với các quyết định chi tiêu do Thủ trưởng đơn vị trực tiếp sử dụng ngân sách thực hiện. Mặt khác, việc đổi mới công tác thẩm định, xét duyệt quyết toán như trên đòi hỏi phải nâng cao trách nhiệm trong việc kiểm tra, kiểm soát các khoản chi của KBNN và đáp ứng yêu cầu thống nhất về quy trình, thủ tục kiểm tra, kiểm soát của KBNN (quản lý).
biệt là tính hiệu quả, hiệu lực của quản lý NSNN của các đơn vị KBNN thông qua công tác kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước sẽ đảm bảo yêu cầu công khai, minh bạch trong quản lý, sử dụng NSNN.