Quyết toán chi NSNN là khâu cuối cùng trong chu trình quản lý chi NSNN tổng kết, đánh giá lại toàn bộ quá trình chi ngân sách trong năm ngân sách đã qua, cung cấp đầy đủ thông tin về quản lý, điều hành chi cho những người quan tâm như: Quốc hội, Chính phủ, nhân dân. Quyết toán chi NSNN tốt sẽ có ý nghĩa rất quan trọng trong việc nhìn nhận lại quá trình chấp hành ngân sách qua 1 năm, rút ra bài học kinh nghiệm thiết thực bổ sung cho công tác lập dự toán chi ngân sách cũng như chấp hành chi ngân sách trong những chu trình tiếp theo.
Quyết toán chi NSNN tại KBNN bao gồm các công việc: Tổng hợp, phân tích, đánh giá nội dung, nhiệm vụ chi NSNN đã được thực hiện trong niên độ ngân sách và được cơ quan quản lý cấp trên phê duyệt theo đúng quy định, phản ánh trung thực, đầy đủ, chính xác, kịp thời toàn bộ các nội dung chi trong niên độ ngân sách theo đúng mẫu biểu báo cáo, tài khoản, mục lục NSNN, trình tự thủ tục và thời gian quy đinh tại mỗi đơn vị dự toán, được kiểm tra, kiểm soát chặt chẽ tại tất cả các khâu, các giai đoạn, trước khi tổng hợp, thẩm định, phê duyệt báo cáo quyết toán với KBNN tại mỗi đơn vị dự toán.
Trình tự lập, xét duyệt và báo cáo quyết toán ngân sách: Cuối năm ngân sách thủ trưởng đơn vị có nhiệm lập quyết toán thu, chi ngân sách của đơn vị mình gửi KBNN. Số liệu quyết toán phải đối chiếu với KBNN nơi giao dịch xác nhận được phòng thanh tra kiểm tra trước khi gửi KBNN. Đơn vị dự toán cấp trên phải có trách nhiệm kiểm tra và duyệt quyết toán thu, chi ngân sách của các đơn vị trực thuộc, sau đó tiến hành tổng hợp quyết toán thu chi của các đơn vị này thành quyết toán thu, chi ngân sách thuộc phạm vi mình quản lý gửi Bộ Tài chính đồng thời thông báo kết quả xét duyệt quyết toán cho đơn vị dự toán.