Ngoài việc chống ngoại xâm, vấn đề bảo vệ an ninh ổn định biên giới là nhiệm vụ quan trọng mà nhà Nguyễn quan tâm. Đặc biệt những vùng biên giới xa xôi còn có nhiều thành phần phức tạp, lại dễ bị cướp bóc từ bên kia biên giới tràn sang hoặc những lực lượng làm phản nổi dậy chống phá. Nhà Nguyễn đã có nhiều hoạt động để bảo vệ an ninh vùng biên giới cho nhân dân an tâm định cư khai phá. Như sự kiện nổi loạn do Hoàng Tiến thực hiện đã giết chết Dương Ngạn Địch ở Mỹ Tho rồi đến Rạch Than để cướp bóc thì quân đội chúa Nguyễn đã bày kế cho Hoàng Tiến đem quân đánh Chân Lạp, từ đó đã trừ khử được âm mưu làm loạn bảo vệ an ninh ở Nam Bộ.
Năm 1748 triều đình Chân Lạp có loạn, Nặc Thâm từ Xiêm về đánh đuổi vua Chân Lạp là Nặc Tha, lấn đất Gia Định, Nặc Tha chạy sang cầu cứu Gia Định. Nhân cơ hội đó một viên tướng Chân Lạp là Sô Liên Tốc đã đưa quân đánh phá Mỹ Tho. Điều khiển Gia Định là Nguyễn Hữu Doãn đã đưa quân đi đánh, tiến thẳng lên tận Nam Vang và chiến thắng quân Chân Lạp. Hành động này để bảo vệ người dân Mỹ Tho và ủng hộ chính quyền thân chúa Nguyễn [29, tr.108].
Sự yên ổn, an ninh vùng biên giới còn thể hiện ở sự dẹp yên các cuộc nổi loạn của người Khmer- dân tộc thiểu số sống tập trung ở vùng biên giới. Vào những năm giữa và cuối thế kỷ XIX, nhiều cuộc khởi nghĩa của nông dân Khmer bùng nổ, nhằm giải quyết vấn đề ruộng đất và giành lại quyền sở hữu ruộng đất của họ, cũng đồng thời chống lại chính sách “nhất thị đồng nhơn”
trong đó có việc bắt họ phải thay đổi phong tục tập quán vốn có của mình theo người Việt. Năm 1839, một viên quản cơ người Khmer ở An Giang là Hàn Biện đã cùng đồng bọn làm phản rồi bỏ trốn và kéo theo một số đông binh lính người Khmer cũng đi theo, sau đó một số người quay trở lại và được nhà vua tha tội. Đến năm 1840, người Khmer ở Tịnh Biên (An Giang) nổi
134
loạn, viên quan tri phủ phải bỏ trốn, sau đó quân làm loạn đã kéo qua Hà Tiên đánh đồn Châu Nham (đồn Đá Dựng), làm cho quan binh bị hại rất nhiều 25, tr.104-105]. Nhiều vùng có người Khmer sinh sống đã liên tục nổi loạn ở một số nơi như: ở vùng Trà Vinh có loạn Lâm Sâm (còn gọi là Lâm Sum) năm 1841, có lúc họ đã thắng thế “chiếm giữ một vùng dài hơn 30 cây số ngàn, gồm toàn sóc Miên” 25, tr.105]. vùng Thất Sơn - Vĩnh Tế là nơi có địa hình hiểm trở với nhiều ngọn đồi lớn nhỏ, lại sát biên giới Chân lạp và sẵn sàng tiếp ứng. Vùng Tịnh Biên cũng có vài ngàn người dân Khmer làm loạn, Nguyễn Tri Phương đã đưa quân đến dẹp loạn. hai huyện Hà Âm, Hà Dương cũng có người Khmer làm loạn do sự ủng hộ của đồn lũy quân Xiêm do Phi Nhã Chất Tri cầm đầu đóng bên kia biên giới dọc theo bờ kênh Vĩnh Tế “quân Xiêm đến dựng đồn lũy ở bờ sông Vĩnh Tế rồi qua lại gây sự với những đồn bảo của quân ta. Quan binh b n chia đường đi tiễu trừ, giết và làm bị thương rất đông, chiếm lấy được bảy đồn, hai bên bờ sông Vĩnh Tế một loạt được dẹp yên. Bọn giặc trong các đồn ở núi Cấm, núi Tượng nghe tin b n chạy trốn. Quân Xiêm gặp sự thất bại tan rã ấy muốn tăng thêm binh và chiến thuyền để trở lại một lần nữa giúp dân Miên gây sự, vừa lúc ấy, nước họ có việc nên ngưng” dẫn theo 25, tr.107-108]. Nhờ vậy, những vùng loạn của người Khmer được yên ổn.