Bên cạnh những tiềm năng và lợi thế của Việt Nam trong việc xuất khẩu nông sản sang thị trường Liên Bang Nga thì chúng ta cũng phải đối mặt với không ít những khó khăn. Do các doanh nghiệp Việt Nam chủ yếu là các doanh nghiệp vừa và nhỏ nên còn hạn chế về vốn, quy mô, thiếu liên kết nên khả năng cạnh tranh trên thị trương còn bị hạn chế. Bên cạnh đó các doanh nghiệp còn thiếu sự chủ động trong việc tiếp cận, tìm hiểu thông tin về thị trường Liên Bang Nga để đáp ứng được yêu cầu của thị trường cũng như mở rộng và phát triển bạn hàng. Tuy Việt Nam có nhân công rẻ nhưng việc áp dụng công nghệ hiện đại trong sản xuất còn rất hạn chế. Việc nâng cao giá trị gia tăng cho sản phẩm vần chưa được doanh nghiệp chú trọng. Việc chỉ tập trung xuất khẩu các mặt hàng thô khiến giá trị hàng hoá của Việt Nam luôn bị thấp hơn đáng kể so với các sản phẩm cùng loại từ các quốc gia khác. Việc không chú trọng chất lượng sản phẩm còn là lí do dẫn đến rất nhiều nông sản Việt Nam không vượt qua được rào cản vệ sinh an toàn thực phẩm của nước nhập khẩu trong đó có Liên Bang Nga, trên thực tế rất nhiều lô hàng nông sản xuất khẩu của Việt Nam đã bị buộc phải trả về nước do không đáp ứng được yêu cầu chất lượng.
Liên Bang Nga là một thị trường mở, tiềm năng và không khó để gia nhập thị trường này. Vì vậy doanh nghiệp Việt Nam cũng gặp phải rất nhiều sự cạnh tranh đáng kể từ các quốc gia khác có chủng loại hàng hoá tương đồng. Bản thân rất nhiêu các quốc gia Châu Á cũng có thế mạnh xuất khẩu nông sản như Thái Lan, Trung Quốc, Ấn Độ,... cũng có chung mục tiêu với Việt Nam khi mà Liên Bang Nga mở rộng sang hướng Châu Á khi đang phải chịu sự cấm vận từ EU.
Hơn nữa thị trường Liên Bang Nga vốn không xa lạ đối với các doanh nghiệp Việt Nam, tuy nhiên việc trao đổi hàng hoá nhìn chung còn manh mún, thiếu bài bản, chủ yếu do các doanh nghiệp tư nhân và tư thương người Việt tại Liên Bang Nga thực hiện mà hầu hết chưa có đầu mối giao dịch tập trung ổn định.
Về phương thức thanh toán, các ngân hàng của Liên Bang Nga không dễ cho mở L/C đồng thời phí mở cũng rất đắt. Các doanh nghiệp Liên Bang Nga lại thường áp dụng phương thức trả chậm còn các ngân hàng ở Việt Nam lại chưa có chế độ hỗ trợ trong bán hàng trả chậm cho Nga nên nhiều công ty Việt Nam hiện nay cò những khoản nợ khó đòi với đối tác Nga.
Một khó khăn nữa cho các doanh nghiệp xuất khẩu nông sản của Việt Nam là Việt Nam có khoảng cách địa lý khá xa so với Liên Bang Nga. Đối với việc xuất khẩu nông sản thì khoảng cách địa lý đóng một vai trò quan trọng. Với bất lợi về mặt địa lý, một mặt các doanh nghiệp xuất khẩu Việt Nam phải chịu chi phí vận chuyển lớn đến các cảng biển của Liên Bang Nga khiến giá hàng hoá xuất khẩu cao hơn, mặt khác hàng hoá đi lâu trên biển cũng sẽ có ảnh hưởng đến chất lượng nông sản.
Tính đến thời điểm hiện tại, một số nông sản Việt Nam đã và đang chiếm lĩnh khá tốt thị trường Liên Bang Nga. Tuy nhiên, FTA được kì vọng được sẽ mang lại một luồng gió mới hơn cho xuất khẩu nông sản Việt Nam sang Liên Bang Nga khi chúng ta đang được hưởng những ưu đãi thuế quan lớn cho không chỉ mặt hàng nông sản chủ lực mà còn nhiều mặt hàng khác.
1.6 Kinh nghiệm xuất khẩu nông sản sang Liên Bang Nga của một số nước và bài học đối với Việt Nam