Chỉ tiêu chất lượng phản ánh chất lượng của hoạt động kiểm toán nội bộ, thể hiện ở chất lượng báo cáo kiểm toán nội bộ và giai đoạn theo dõi chỉnh sửa sau kiểm toán. Những tiêu chí để đo lường chất lượng báo cáo kiểm toán nội bộ là: tính chính xác, tính khách quan, tính xây dựng, đảm bảo yêu cầu rõ ràng, cô đọng, đầy đủ và kịp thời. Báo cáo kiểm toán nội bộ phải tập trung vào đúng vấn đề, nêu rõ các sai phạm được phát hiện và hướng xử lý đối với các sai phạm. Chất lượng của giai đoạn theo dõi chỉnh sửa kiến nghị sau kiểm toán không chỉ thể hiện ở các văn bản, báo cáo thực hiện kiến nghị
kiểm toán của đơn vị được kiểm toán, đòi hỏi phải thực hiện kiểm tra công tác khắc phục sai phạm thực tế tại đơn vị được kiểm toán.
Chỉ tiêu thước đo chất lượng chính là hệ thống chỉ tiêu định tính đánh giá trực tiếp hiệu quả hoạt động kiểm toán nội bộ trong ngân hàng. Để đánh giá được chất lượng hoạt động kiểm toán nội bộ, trong trường hợp này, giả sử nguồn lực (yếu tố đầu vào) cho hoạt động kiểm toán nội bộ là không đổi. Khi đó hiệu quả hoạt động kiểm toán nội bộ thể hiện ở:
Khả năng phát hiện ra sai phạm trong các hoạt động nghiệp vụ của ngân hàng;
Khả năng cảnh báo đối với hệ thống quản lý để từ đó đưa ra các chính sách điều hành hoạt động, quản lý để giảm các hành vi vi phạm (như tham nhũng, lừa đảo, chiếm đoạt tài sản,...), giảm rủi ro tác nghiệp, giảm những sai sót có thể xảy ra.;
Kết quả của hoạt động kiểm toán nội bộ giúp Ban Lãnh đạo đánh giá đúng thực chất tình hình hoạt động của ngân hàng để đưa ra các biện pháp, chính sách điều hành, quản lý phù hợp;
Hiệu quả hoạt động kiểm toán nội bộ là cơ sở để so sánh với những kết quả kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước để điều chỉnh hoạt động ngân hàng.
Trên cơ sở các sai sót, tồn tại được phát hiện, kiểm toán nội bộ đưa ra các kiến nghị để chỉnh sửa sai sót, tồn tại. Hiệu quả hoạt động kiểm toán nội bộ còn thể hiện ở giai đoạn theo dõi chỉnh sửa sau kiểm toán - xem xét việc thực hiện các kiến nghị của kiểm toán nội bộ.
Hơn nữa, hiệu quả kiểm toán nội bộ thể hiện ở giá trị các kiến nghị với Ban lãnh đạo để tổ chức bộ máy và đưa ra các định hướng quản lý, điều hành hoạt động một cách thích hợp.
Việc đánh giá hiệu quả hoạt động kiểm toán nội bộ tại ngân hàng cần xem xét kết quả hoạt động kiểm toán nội bộ đã thể hiện được đầy đủ hai vai trò là xác nhận và tư vấn hay chưa. Trong đó, việc đánh giá vai trò xác nhận thông qua việc xem xét hoạt động kiểm toán nội bộ đã thực hiện được những lĩnh vực nào: hệ thống kiểm soát nội bộ, các thủ tục quản lí rủi ro, hệ thống thông tin tài chính, kiểm tra các giao dịch và các thủ tục, kiểm tra tính tuân thủ pháp luật và quy định của các cơ quan quản lí.
Việc đánh giá vai trò tư vấn thông qua việc xem xét hoạt động kiểm toán nội bộ đã thực hiện việc tư vấn trong những lĩnh vực nào và trong phạm vi như thế nào, xem xét kiểm toán nội bộ khi thực hiện vai trò tư vấn có ảnh hưởng tới tính độc lập không.
Hiệu quả hoạt động kiểm toán nội bộ ảnh hưởng nhiều bởi các biện pháp, các chính sách đảm bảo cho hoạt động này, do đó một phần hiệu quả tư vấn của kiểm toán nội bộ thể hiện ở việc đã xây dựng được các quy định liên quan đến hoạt động kiểm toán nội bộ hay chưa. Cụ thể:
Ban hành quy chế hoạt động kiểm soát, kiểm toán nội bộ;
Thúc đẩy quan hệ thường xuyên giữa kiểm toán nội bộ và kiểm toán Nhà nước;
Ban hành những văn bản hướng dẫn đối với hoạt động kiểm toán nội bộ;
Xem xét lại và thông qua kế hoạch kiểm toán hàng năm của kiểm toán nội bộ.