Hệ thống văn bản của ngành Hải quan đang tồn tại song song 2 hệ thống văn bản riêng cho hải quan thủ công và hải quan điện tử. Nội dung của các văn bản được xây dựng phù hợp với đặc thù riêng của từng phương pháp. Tuy nhiên, đến nay, hệ thống văn bản áp dụng cho TTHQĐT chưa hoàn thiện, phải áp dụng đồng thời 2 văn bản trên dẫn tới tình trạng chồng chéo, dễ sai sót trong quá trình thực hiện.
63
án ODA của Nhật Bản) được bắt đầu áp dụng từ ngày 1/4/2014 nhưng việc các bộ ban ngành khác cũng chưa được đầu tư cơ sở hạ tầng CNTT, nếu có thì cơ sở hạ tầng thông tin cũng còn rất hạn chế khiến cho những lợi ích của hệ thống VNACCS/VCIS cũng chưa được tối ưu. Rất nhiều doanh nghiệp gặp phải khó khăn trong khâu lấy mã vạch, lấy chip mã vạch, cập nhật thông tin bởi những hạn chế của cơ sở hạ tầng thông tin, chính vì việc phụ thuộc quá nhiều vào cơ sở hạ tầng điện tử này nên nhiều lúc nghẽn mạng, lỗi mạng thì doanh nghiệp có thể chờ mất từ một đến hai ngày mới có thể hoàn thiện được thủ tục. Thêm vào đó, thời gian thông quan cũng chưa rút ngắn tối đa do các yêu cầu về kiểm tra chuyên ngành cũng như sự thiếu đồng bộ trong thủ tục thông quan, một số thủ tục của các cơ quan quản lý chuyên ngành cũng chưa được đăng kí trên hệ thống một cửa quốc gia do vậy một số thủ tục vẫn phải thực hiện thủ công, tức là doanh nghiệp vẫn phải đến các cơ quan quản lý chuyên ngành và đến cơ quan hải quan để trình báo và làm thủ tục.
Thủ tục thông quan hàng hóa xuất khẩu gắn với nhiều cơ quan chức năng khác nhau dẫn tới việc còn nhiều bất cập khó giải quyết. Doanh nghiệp cần từ phía nhà nước những qui định rõ ràng, minh bạch. Có những thủ tục phải áp dụng quá nhiều luật, nghị định, thông tư mới được thông quan hàng hóa. Nhiều thủ tục, nhiều giấy tờ chồng chất rất tốn thời gian và chi phí của doanh nghiệp.
Mặc khác, vấn đề tham nhũng và nhận hối lộ và thiếu minh bạch trong lĩnh vực Hải quan Việt Nam hiện nay vẫn còn rất nhức nhối và gây nhiều khó dễ cho các doanh nghiệp trong và ngoài nước. Mặc dù trong những năm gần đây, Đảng ta đã rất quyết liệt trong công tác phòng chống tham nhũng ở khắp các bộ máy quản lý Nhà nước. Nhiều vụ đại án đã được đưa ra ngoài ánh sáng, nhiều lãnh đạo cấp cao phải đứng trước vành móng ngựa và chịu hình phạt thích đáng với những sai phạm gây ảnh hưởng nghiêm trọng, tuy nhiên, vấn đề tham nhũng không thể giải quyết trong một sớm một chiều mà cần thực hiện quyết liệt, mạnh mẽ hơn nữa của Ban cán sự Đảng, các nhà lãnh đạo và sự phối hợp của doanh nghiệp, quần chúng nhân dân.
64