Cuối năm 2011, cùng với các chi nhánh khác trong khu vực Tây Nam Bộ, NHCSXH TP Cần Thơ đã gặp nhiều khó khăn và cịn một số tồn tại, hạn chế như: Nợ quá hạn, nợ bị chiếm dụng có chiều hướng tăng, chất lượng hoạt động của các Tổ tiết kiệm và vay vốn cũng như chất lượng ủy thác của hội, đồn thể khơng cao, thiếu tính đồng đều.
Trước thực tế trên, NHCSXH TP Cần Thơ đã xây dựng Đề án nâng cao chất lượng hoạt động của chi nhánh. Bổ sung Chủ tịch UBND cấp xã vào Ban đại diện HĐQT NHCSXH cấp huyện, Trưởng ấp, khu vực tham gia các cuộc họp của Tổ tiết kiệm và vay vốn đã giúp việc triển khai các chương trình tín dụng chính sách trên địa bàn ngày càng chặt chẽ và thuận lợi. Chủ tịch UBND cấp xã tham gia họp giao ban hằng tháng với ngân hàng, hội đoàn thể và Tổ tiết kiệm và vay vốn để chỉ đạo tháo gỡ khó khăn, nhất là việc xử lý nợ quá hạn, kiểm tra, giám sát chặt chẽ hoạt động nhận ủy thác của hội đoàn thể…
Để nâng cao hiệu quả nguồn vốn vay, NHCSXH cịn phối hợp với chính quyền địa phương, hội đồn thể nhận ủy thác và các cơ quan chức năng thực hiện lồng ghép với các chương trình khuyến nơng, khuyến ngư, chuyển giao ứng dụng KHKT vào sản xuất, chăn nuôi, đào tạo nghề, hướng dẫn cách
làm ăn, xây dựng và nhân rộng các dự án, mơ hình giảm nghèo bền vững, làm kinh tế hiệu quả như: Câu lạc bộ làm bánh dân gian ở quận Ninh Kiều.Ni lươn, ni cá lóc, ni ếch ở huyện Vĩnh Thạnh. Nuôi trăn, nuôi heo, trồng thanh long, trồng cam ở huyện Thới Lai. May gia cơng, trồng cam xồn, trồng mè ở quận Ơ Mơn. Làm bánh tráng, trồng bông, trồng hoa màu ở quận Thốt Nốt. Trồng chuối cấy mơ, trồng nấm rơm, đan lục bình, ni bị, trồng hoa kiểng, trồng dưa hấu, trồng rau an tồn quận Bình Thủy. Trồng cam, trồng dâu, nuôi dê ở huyện Phong Điền.