Nhiệt độ là yếu tố quan trọng nhất ảnh hưởng tới nuôi trồng thủy sản. Nhiệt độ ảnh hưởng đến năng suất tự nhiên của hệ sinh thái ao hồ, ảnh hưởng trực tiếp hay gián tiếp đến hầu hết các thông số khác đặc trưng cho chất lượng nước. Nhiệt độ đóng vai trò rất lớn đối với chu trình chuyển hoá vật chất trong nước, đối với đời sống của động, thực vật thuỷ sinh trong nước thiên nhiên nói chung và trong ao nuôi nói riêng. Vì việc điều chỉnh nhiệt độ của nước trong nuôi trồng thủy sản mang tính khả thi không cao nên khi xác định được vị trí nuôi trồng thì cần phải xác định đối tượng nuôi cho phù hợp với nhiệt độ nơi đó.
Nguồn nhiệt chính làm cho nước trong các thuỷ vực ấm lên là do năng lượng ánh sáng mặt trời cung cấp. Ngoài ra, nguồn nhiệt còn được sinh ra do quá trình biến đổi hóa học trong nước.
Trong thuỷ vực năng lượng nhiệt có thể bị mất đi do nước bốc hơi, phát xạ nhiệt, hấp thụ vào nền đáy hoặc do dòng chảy ra khỏi thuỷ vực
Nhiệt độ nước dao động chậm hơn so với nhiệt độ không khí và nhiệt độ đất trong cùng một điều kiện. Nhiệt độ trong nước ổn định và điều hoà hơn ở trên cạn, có thể thấy rõ ở mùa đông càng xuống sâu thì càng ấm, về mùa hè nước ở tầng sâu mát hơn ở tầng mặt. Ở những hồ lớn, nhiệt độ nước vào mùa đông khoảng 120C trong khi nhiệt độ không khí có thể xuống 7 – 80C. Mùa hè nhiệt độ không khí có thể lên đến 36 – 370C nhưng nhiệt độ trong nước chỉ 33 – 340C. Và nhiệt độ ban ngày chỉ nóng hơn ban đêm từ 1 – 20C.
Nước ao hồ
Nước cấp vào Nước thoát đi
Bức xạ
mặt trời Bốc hơi nước Bức xạ nhiệt
Nhiệt trao đổi với nền đáy
Sự thay đổi nhiệt độ của nước ít là một điều kiện rất thuận lợi cho đời sống của thuỷ sinh vật.
Trong một ngày thì nhiệt độ thường thấp nhất trong khoảng 2 - 5 giờ sáng, cao nhất trong khoảng 14 -16 giờ, và nhiệt độ thường đạt giá trị trung bình vào lúc 10 giờ. Biên độ dao động nhiệt theo ngày đêm lớn hay nhỏ phụ thuộc vào tính chất của ao nuôi: các ao nhỏ và nông có biên độ dao động lớn hơn các ao lớn và sâu.