5.1.3.1. Biến động theo chu kỳ ngày đêm
Trong một ngày pH thường cao nhất vào khoảng từ 14-16h và thấp nhất vào rạng sáng từ 4 – 6h.
Bản chất của hiện tượng này là do các quá trình sinh học xảy ra trong nước. Vào ban ngày, thực vật thuỷ sinh thực hiện quá trình quang hợp đã hấp thụ khí CO2 làm hàm lượng khí CO2 trong nước giảm thấp dẫn đến độ pH tăng. Ban đêm thực vật thuỷ sinh thực hiện quá trình hô hấp thải ra khí CO2, khí CO2 phản ứng với nước tạo ra axit carbonic làm nước chua.
Cùng một điều kiện (độ kiềm, chất đáy…) nếu ao có mật độ tảo càng dầy thì mức độ dao động pH theo ngày càng lớn. Vào mùa hè, do các yếu tố môi trường (nhiệt độ, ánh sáng, các chất hoà tan…) thuận lợi nên thực vật thuỷ sinh phát triển mạnh làm độ pH của nước biến đổi mạnh. Vào mùa đông thì ngược lại do nhiệt độ thấp và cường độ chiếu sáng yếu nên thực vật thuỷ sinh kém phát triển, pH của nước thường ổn định hơn.
Những vùng nước giàu dinh dưỡng và hệ đệm kém, độ pH có thể giảm xuống 6 vào rạng sáng và có thể lên đến 11 vào buổi chiều (theo Boyd)
5.1.3.2. Biến động theo tầng nước
Trong các thuỷ vực nước ngọt nói chung và trong ao nuôi nói riêng pH tầng mặt thường cao hơn tầng đáy. Mức độ chênh lệch giữa pH tầng mặt và pH tầng đáy phụ thuộc vào lượng chất hữu cơ tích tụ ở đáy ao, tính chất của đất đáy. Chất hữu cơ tích tụ nhiều do bón quá nhiều phân hữu cơ (phân chuồng, phân xanh), cho ăn không hợp lý… khi phân huỷ sẽ tạo ra axit cacbonic, các axit hữu cơ như axit humic, axit fulvic; H2S… làm pH của nước giảm thấp. Ở các vùng đất phèn nếu ao không được cải tạo tốt axit có thể thẩm lậu vào nước làm pH tầng đáy rất thấp.
Một ao nuôi tốt cho đối tượng nuôi cần đảm bảo tính ổn định của pH. Độ chênh lệch pH giữa sáng, chiều, giữa tầng mặt, tầng đáy không được vượt quá 0,5 đơn vị