1. Phương phỏp hỡnh thỏi so sỏnh
- Là phương phỏp trực quan kinh điển nhất, dựa vào quan sỏt trực tiếp hỡnh thỏi bờn ngoài, đo cỏc chiều kớch thước và từng bộ phận cơ thể, đếm số lượng đặc trưng cú thể đếm được: đốt, mang, rõu, tia võy, gai bụng, gai lưng. Hỡnh dạng màu sắc cơ thể. Từ đú so sỏnh giữa cỏc cỏ thể, tỡm ra điểm chung và điểm khỏc biệt.
- Khi tiến hành so sỏnh phải so sỏnh giữa cơ quan tương ứng, những cơ quan cú chung nguồn gốc chức năng, vớ dụ: miệng so với miệng...
2. Phương phỏp hỡnh thỏi giải phẫu
- Phương phỏp phỏt triển từ đầu thế kỉ 19 cựng với việc hoàn thiện kớnh hiển vi quang học, kớnh hiển vi điện tử nờn phương phỏp này chớnh xỏc và khỏch quan
- Phương phỏp cho phộp xỏc lập mối quan hệ thõn thuộc giữa cỏc cỏ thể ở cỏc nhúm cú thứ hạng cao như họ, bộ, lớp mà cả cỏ nhúm nhỏ cú thứ hạng thấp như loài, phõn loài
3. Phương phỏp nghiờn cứu sự phỏt triển phụi
- Nghiờn cứu sự phỏt triển phụi mà biết nguồn gốc và quan hệ thõn thuục của nú.
4. Phương phỏp nghiờn cứu vi cấu trỳc
- Nhờ phương tiện hiện đại của khoa học, cú thể quan sỏt rừ ràng số lượng, hỡnh thỏi và cấu tạo của cỏc bộ NST đặc trưng cho từng nhúm sinh vật
- Phương phỏp này cú đũi hỏi cao về thao tỏc, điều kiện hiện đại nờn chưa ỏp dụng rộng rói cho phõn loại nhiều loài
- Dẫn liệu về sinh hoỏ là chứng minh cỏc loài thõn thuộc cú những thành phần sinh hoỏ giống nhau, chứng minh được sự gần gũi của cỏc taxon.