Khỏc với biển, phần lục địa cú rất nhiều chướng ngại thiờn nhiờn như cỏc dóy nỳi cao, những vựng đồng bằng, sa mạc... tạo nờn cỏc hệ sinh thỏi phong phỳ như: hệ sinh thỏi cửa sụng, cỏc sụng ngũi, cỏc hang ngầm, cỏc ao, hồ, đồng ruộng... vỡ vậy, vựng phõn bố cỏ nước ngọt bị thu hẹp, bị cỏch ly... hỡnh thành rất nhiều loài, sự đa dạng sinh học cỏ nước ngọt khỏ cao nhưng nhỡn chung thuộc cỏc phõn lớp: lớp cỏ Võy tia Actinopterygii, ớt bắt gặp cỏc loài trong phõn lớp cỏ Võy thịt Sarcopterygii.
Theo hệ thống phõn loại của William N. Eschmeyer, 1998 Viện Hàn lõm Khoa học California US và Fishbase data, 2000 thỡ cỏ nước ngọt cú khoảng 5000 loài thuộc 7 tổng bộ chớnh: Tổng bộ cỏ Thỏt lỏc Osteoglossomorpha, tổng bộ cỏ Trớch Clupeomorpha, tổng bộ cỏ Chỡnh Anguillomorpha, tổng bộ cỏ Chộp
Cyprinomorpha, tổng bộ cỏ Suốt Atherimorpha, tổng bộ cỏ Vược Percomorpha
và tổng bộ cỏ Mặt quỷ Batrachoidomorpha và được chia thành 2 nhúm: (i) nhúm cỏ nước lợ (nhúm cỏ chịu được nơi cú nồng độ muối khỏ cao, sống ở vựng ven thềm lục địa: cửa sụng...). (ii) nhúm cỏ nước ngọt điển hỡnh: sống trong cỏc ao hồ, đồng ruộng, khe suối chịu đựng nồng độ muối thấp (thường là nhúm hẹp muối).
Xột về mặt địa lý, khớ hậu, lịch sử hỡnh thành và đặc trưng sinh thỏi riờng biệt của từng vựng mà sự phõn bố cỏ nước ngọt rất phức tạp. Thể hiện ở cỏc đặc trưng như sau:
+ Phõn bố theo đới: Phõn bố theo nhiệt độ dưới ảnh hưởng của cỏc điều kiện khớ hậu, thể hiện cỏc vựng: hàn đới, ụn đới, nhiệt đới.
+ Phõn bố phúng xạ: Là do quỏ trỡnh phỏt tỏn của cỏc nhúm cỏ chiếm ưu thế từ trung tõm phỏt sinh ra cỏc vựng khỏc. Cú nhiều trung tõm phỏt sinh, nhưng điển hỡnh là vựng Đụng Nam ỏ
+ Phõn hoỏ cao ở cỏc lục địa: Sự hỡnh thành cỏc loài liờn quan đến điều kiện sống ở cỏc lục địa, sự phỏt tỏn, sự cạnh tranh và sự tiến hoỏ của cỏc loài cỏ. Đặc trưng phõn hoỏ cao ở cỏc lục địa thể hiện: vựng ấn Độ-Mó Lai: họ cỏ Chộp
Cyprinidae chiếm ưu thế, lục địa chõu Âu-ỏ, chõu Phi-Bắc chõu Mỹ cú mặt đồng đều của họ cỏ Chộp với cỏc họ cỏ khỏc, Nam Mỹ và chõu ỳc khụng cú họ cỏ Chộp.
+ Cỏc khu hệ cỏ nước ngọt đặc trưng tập trung phõn bố ở cỏc vựng rộng lớn ở những hệ thống sụng quan trọng: Vựng Nam Mỹ cú lưu vực sụng Amazon, Bắc Mỹ cú lưu vực sụng Missisipi. Chõu Phi cú lưu vực sụng Cụngo, vựng Đụng Nam chõu ỏ cú lưu vực sụng Mờ Kụng, sụng Trường Giang
Lịch sử hỡnh thành cỏc vựng địa lý động vật khỏc nhau của cỏ nước ngọt đú là quỏ trỡnh phỏt tỏn của cỏc nhúm cỏ nước ngọt điển hỡnh. Căn cứ vào cỏc hoỏ thạch nguồn gốc tiến hoỏ của cỏc loài cỏ mà chỳng ta biết được vựng phỏt sinh và vựng phõn bố hiện nay của cỏc nhúm cỏ. Chẳng hạn: ở kỷ phấn trắng cú cỏc loài cỏ nguyờn thuỷ thuộc cỏc phõn bộ: Characinoidei, Siluroidei phõn bố sống ở 2 vựng ụn đới Bắc và Nam bỏn cầu ở cả năm chõu được phỏt sinh ở vựng nhiệt đới cựu lục địa cú thể là vựng Tethys sau đú phỏt tỏn sang Nam Mỹ hoặc theo cầu lục địa giữa chõu Phi và Nam Mỹ và qua đường Bắc Mỹ. Tiếp theo sau đú, bắt đầu kỷ đệ III, phỏt sinh họ Catostomidae mà tổ tiờn là bọn Characidae
và tổ tiờn Ameiuridae ở vựng Đụng Nam chõu ỏ sau đú 2 nhúm này phỏt tỏn lờn phớa Bắc và sang Bắc Mỹ. Tiếp nữa họ Cyprinidae (tổ tiờn là Catostomidae) nguyờn thuỷ phỏt sinh ở vựng nhiệt đới Đụng Nam chõu ỏ. Nhúm cỏ này với sức sống và thớch nghi nhanh chúng phỏt triển và phõn hoỏ thành nhiều dạng khỏc nhau, một mặt làm tiờu diệt cỏc loài cỏ cổ vựng này mặt khỏc theo đường phỏt tỏn của cỏc nhúm trước đú sang chõu Phi, phỏt tỏn lờn vựng ụn đới ỏ õu rồi sang Bắc Mỹ và cũng làm tiờu diệt cỏc loài cỏ cổ vẫn cú ở vựng này. Cựng thời gian này một vài nhúm cỏ võy tia (Labyrinthiformes, Mastacembiliformes, Channidae) cũng phỏt sinh vựng nhiệt đới Đụng Nam chõu ỏ và bắt đầu phỏt tỏn sang chõu Phi và ụn đới chõu ỏ .
Về phõn chia vựng phõn bố địa lý cỏ nước ngọt ớt cú tài liệu, ở mức độ nhất định chỳng tụi vẫn theo tài liệu P. Bănărescu, 1960 (Ngư loại học của Mai Đỡnh Yờn, Vũ Trung Tạng, Bựi Lai và Trần Mai Thiờn, 1979) chia vựng phõn bố địa lý cỏ nước ngọt thành cỏc vựng sau:
- Vựng Toàn Bắc - Vựng ấn Độ - Mó Lai
- Vựng chõu Phi - Vựng Tõn nhiệt đới Nam Mỹ - Vựng chõu ỳc
1. Khu hệ cỏ Toàn Bắc
Khu hệ cỏ này khụng phong phỳ lắm. Thuộc vựng ụn đới chõu Âu - ỏ. Họ cỏ
Cyprinidae vẫn là họ chiếm ưu thế, ngoài ra cú một số họ Catostomidae, Esocidae, Ameluridae. Thuộc Bắc Mỹ ngoài một số loài trong cỏc họ nguyờn thuỷ Polyodontidae, Amiidae, Hiodontidae; hai họ cỏ võy tia cao Centrarchidae
và Percidae cú số lượng loài khỏ đụng. Nguồn gốc của cỏc họ Cyprinidae, Catostomidae, Siluroidei của vựng này phỏt tỏn từ vựng ấn Độ-Mó Lai. Sự phõn bố của cỏ nước ngọt vựng ụn đới Âu - ỏ khỏ đồng đều từ Đụng sang Tõy ở giữa cao nguyờn Trung ỏ thỡ nghốo. Phớa gần cực Bắc khu hệ cỏ nước ngọt rất nghốo. Xung quanh Địa Trung Hải, vựng tiểu ỏ cũng vậy. Vựng Bắc Mỹ, khu hệ cỏ tập trung ở vựng Đụng Bắc Mỹ chủ yếu thuộc lưu vực hai sụng Missouri và Mississipi. Lờn phớa Bắc và xa về phớa Tõy thỡ nghốo.
2. Khu hệ cỏ nước ngọt vựng ấn Độ-Mó Lai
Khu hệ cỏ nước ngọt vựng này là khu hệ cỏ phong phỳ nhất, điển hỡnh nhất của nhiệt đới. Trong thanhg phần loài cỏ hiện nay khụng cú cỏc dạng cỏ cổ, nguyờn thuỷ. Cỏc nhúm cỏ chiếm ưu thế thuộc cỏc họ Cyprinidae, Suluridae, Perciidae. Tớnh chất phõn bố khỏ đồng đều, ngay cỏ vựng quần đảo Indonecia khu hệ cỏ khỏ giàu. Thuộc vựng này cú một số khu hệ cỏ điển hỡnh: Vựng đồng bằng Trung Quốc, ấn Độ, Mó Lai. Vựng này được coi là trung tõm phỏt sinh của hầu hết cỏc nhúm cỏnước ngọt của thế giới.
3. Khu hệ cỏ nước ngọt vựng Nam Mỹ
Khu hệ cỏ vựng này cũng rất phong phỳ về thành phần loài, ngoài cỏc họ
Lepidosirenidae (cỏ Phổi), Nandidae, Osteoglossidae, cũn cú cỏc họ thuộc
Siluroidei (9 họ), Characinoidei (9). Đại bộ phận khu hệ cỏ nước ngọt này tập trung vào lưu vực sụng Amazon, đõy là khu hệ cỏ phong phỳ nhất gần 2000 loài, kộm phong phỳ hơn là lưu vực cỏc sụng lõn cận thuộc phớa Bắc và phớa Nam Colombia và Ecuador thuộc Brazill. Phớa Đụng Tõy thuộc dóy Andes thỡ nghốo nhưng giàu một số loài chuyờn hoỏ. Phớa cực Nam khụng cú cỏ nước ngọt điển hỡnh. Nguồn gốc Nam Mỹ là từ chõu Phi hoặc Đụng Nam ỏ, Bắc ỏ, chõu Mỹ phỏt tỏn sang.
4. Khu hệ cỏ nước ngọt chõu ỳc.
Khu hệ cỏ nước ngọt vựng này rất nghốo ngoài cỏ phổi chõu ỳc và một số loài thuộc họ Osteoglossidae là cỏ nước ngọt điển hỡnh cũn là hầu hết là cỏ nước lợ, nước biển.
5. Khu hệ cỏ nước ngọt chõu Phi.
Khu hệ cỏ nước ngọt vựng chõu Phi rất phong phỳ, điển hỡnh của vựng nhiệt đới gồm cỏc họ khỏc nhau từ cỏc họ cỏ nguyờn thuỷ Lepidosirenidae, Polypteridae, Notopteridae, Osteoglossidae, Cyprinidae, Cobitidae, Characinoidei, Siluroidei đến cỏc họ cỏ Võy tia cao Nandidae, Channidae, Mastacembelidae. Vựng phong phỳ nhất là vựng Tõy chõu Phi từ sụng Seneral đến sụng Congo. Khu hệ cỏ ở cỏc sụng Niger, Nil, hồ Tchad giống nhau. Vựng Đụng Phi nghốo hơn khụng cú cỏ thuộc họ Polypterdae mà cú thờm một số giống thuộc họ Cyprinidae chỳng phỏt tỏn từ chõu ỏ sang theo đường phớa Bắc. Những hồ lớn thuộc vựng này cú nhiều loài đặc hữu thuộc họ Cichlidae. Hồ Nyasa co 174 loài đặc hữu trong tổng số 178 loài. Xa về phớa Nam thuộc Zambia thỡ nghốo. Vựng sa mạc Sahara phớa Bắc cũng nghốo. Đảo Madagascar khụng cú cỏ nước ngọt điển hỡnh.