Bên cạnh việc đạt được những thành tựu trên thì việc ứng dụng CNTT nói chung và DVCTT nói riêng trong hoạt động quản lý nhà nước của Bộ vẫn còn tồn tại những khó khăn, hạn chế, chưa khai thác và phát huy hết những
tính năng, lợi ích của các phương tiện CNTT hiện có để nâng cao hiệu quả
trong công việc cũng như trong quản lý, điều hành, tỷ lệ cung ứng DVCTT mức 3 và 4 còn ở mức thấp, những mặt khó khăn, tồn tại cụ thể như sau:
Thứ nhất, Về hạ tầng kỹ thuật CNTT: mặc dù đã có thể kết nối phục vụ
các ứng dụng hoạt động, tuy nhiên hạ tầng kết nối mạng của Bộ vẫn chưa đồng bộ, thống nhất; tổng thể còn phân tán, chưa tập trung thành một hệ
thống mạng hoàn chỉnh.
Thứ hai, Vềứng dụng CNTT: chưa đồng nhất về công nghệ phát triển do sử dụng công nghệ và nền tảng khác nhau tại các thời điểm khác nhau dẫn đến sự lạc hậu về công nghệ xây dựng các Cổng/Trang TTĐT điều này đã tạo ra những lỗ hổng về bảo mật, không được các nhà cung cấp sản phẩm hỗ trợ kỹ
thuật dẫn đến mất quyền truy cập hoặc tạo diều kiện cho các tấn công, xâm nhập trái phép; Nhiều đơn vị không thường xuyên cập nhật nội dung, chưa có đội ngũ quản trị, vận hành hệ thống và biên tập bài chuyên nghiệp (chỉ kiêm nhiệm); Chỉ một số ít các Cổng/Trang TTĐT được duy trì và vận hành tập trung tại một nơi, còn lại hầu hết được duy trì và vận hành tại các đơn vị khác nhau dẫn đến sự không tập trung, phân tán; Văn phòng điện tử dùng chung của Bộ chưa triển khai được đến các đơn vị cấp dưới của các Tổng cục, Cục, quy trình xửlý công văn cho các đơn vị cấp dưới chưa có; Tốc độ truy cập hệ thống còn chậm, chưa đáp ứng được sốlượng truy cập lớn. Một số thao tác còn phức tạp, giao diện nhiều chỗ chưa khoa học và hợp lý; về DVCTT: nhiều đơn vị đơn vị tự xây dựng và triển khai đầu tư, phát triển mà chưa có sự chỉ đạo tập trung từ Bộ; công tác tuyên truyền quảng bá, hướng dẫn sử dụng cho người sử
dụng chưa tốt; văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến quy trình, thủ tục có sự thay đổi, biến động ảnh hướng nhiều đến việc xử lý kỹ thuật; về xây dựng CSDL quản lý, chuyên ngành: Các phần mềm và CSDL được xây dựng ở từng
đơn vị và ở những thời điểm khác nhau, việc lựa chọn công cụ, công nghệ và nền tảng phát triển ứng dụng là cũng không đồng nhất, dẫn đến việc nâng cấp, chỉnh sửa là rất khó khăn và tốn kém. Hiện nay, nhiều phần mềm và CSDL đã
không có sự liên kết, chia sẻ và tích hợp giữa các hệ thống phần mềm và CSDL với nhau dẫn đến chồng chéo thông tin, dữ liệu và không thể trích xuất thông tin, xây dựng các báo cáo tổng hợp với các thông số có liên quan.
Thứ ba, Về nguồn lực CNTT: nhân sự phụ trách CNTT tại các đơn vị
chủ yếu là cán bộ kiêm nhiệm nên thời gian và trình độ để đầu tư vào ứng dụng CNTT còn hạn chế. Thậm chí, nhiều đơn vị thiếu hoặc không có cán bộ
phụ trách CNTT; Bộ Nông nghiệp và PTNT chưa có kế hoạch đào tạo hàng
năm, chưa tổ chức được các khóa đào tạo chuyên sâu về CNTT nhằm nâng cao công tác chuyên môn cho cán bộ chuyên trách.
Thứ tư, Về tổ chức bộ máy CNTT: đơn vị đầu mối thực hiện quản lý
Nhà nước về CNTT của Bộ chưa phải là đơn vị chuyên trách về CNTT dẫn
đến sự chồng chéo trong tham mưu, triển khai thực hiện, cần kiện toàn về mặt tổ chức để thúc đẩy việc ứng dụng và phát triển CNTT một cách hiệu quả và thiết thực hơn nữa; sự phối hợp giữa các cơ quan, đơn vị liên quan của Bộ
trong triển khai ứng dụng CNTT còn chưa chặt chẽ.
Thứ năm, Về cơ chế, chính sách CNTT: hoạt động quản lý, chỉ đạo điều
hành chưa chủ động; văn bản mang tính thiết chế còn chậm ban hành; vẫn còn khoảng cách giữa quá trình CCHC và ứng dụng CNTT tại Bộ.
Thứ sáu, Về đầu tư cho CNTT: đầu tư còn manh mún, phân tán chưa đúng kế hoạch, lộ trình đã ban hành, chưa đủ để đưa CNTT thành động lực góp phần CCHC, thúc đẩy phát triển kinh tế, xã hội, chưa có mục chi riêng cho các hoạt động thường xuyên về CNTT.
Có thể nói những khó khăn và tồn tại nêu trên phần nào đã ảnh hướng trực tiếp đến kế hoạch, lộ trình phát triển và ứng dụng CNTT nói chung và lộ
trình cung cấp DVCTT nói riêng của Bộ.