Sau khi được giao dự toán ngân sách, các cơ quan ở địa phương, các đơn vị dự toán cấp I tiến hành phân bổ và giao dự toán chi ngân sách cho các đơn vị sử dụng ngân sách trực thuộc. Dự toán chi NSNN được phân bổ chi tiết theo từng loại và các khoản mục của mục lục ngân sách nhà nước.
Quá trình thực hiện ngân sách phải tính đến những thay đổi trong thực tế, và làm tăng hiệu suất hoạt động. Cần phải có thủ tục kiểm soát, tuy nhiên không nên gây cản trở đến hiệu suất cũng không làm thay đổi thành phần ngân sách bên trong, và phải chú trọng vào yếu tố cần thiết trong khi đem lại sự linh hoạt và mềm dẻo cho các cơ quan chi tiêu khi thực hiện nhiệm vụ của mình.
* Kiểm soát chi tiêu
Hệ thống ngân sách nên đảm bảo kiểm soát chi phí có hiệu quả. Bên cạnh nguồn ngân sách thực tế, một hệ thống thực thi ngân sách hoàn thiện nên bao gồm:
• Hệ thống kế toán thích hợp/ngân sách hoàn thiện. Ngay từ giai đoạn đầu của tiến trình chi tiêu cần phải theo dõi chặt chẽ các hoạt động cam kết, thẩm định, thanh toán và những biến động giữa các khoản phân bổ ngân sách và các hạng mục ngân sách (tách khoản, chuyển khoản, những dự đoán bổ sung);
• Kiểm soát có hiệu quả ngay từ giai đoạn đầu tiến trình chi tiêu, cho dù dưới bất kỳ hình thức hay tổ chức nào;
• Một hệ thống quản lý thông tin đại trong đó theo dõi các công việc đã được hoạt động và những cam kết sẽ được thực thi trong tương lai;
• Một hệ thống quản lý nhân sự để quản lý nhân viên về số lượng, chất lượng cũng như quá trình hoạt động của họ;
• Những thủ tục rõ ràng và đầy đủ về mua sắm tài sản thông qua hình thức đấu thầu công khai và những hệ thống về quản lý ký hợp đồng ngoài.
Khi tiến hành thực hiện một ngân sách đã được lập đầy đủ, hiệu suất hoạt động và phân bổ yêu cầu những nguyên tắc sau:
• Quỹ ngân sách nên được công bố kịp thời.
• Nên chuẩn bị cho quá trình thực hiện ngân sách và một bản kế hoạch tiền mặt, căn cứ vào những dự toán ngân sách và đưa vào tài khoản cam kết hiện có.
• Những dự đoán bổ sung phải được quy định đầy đủ và hạn chế về mặt số lượng.
• Kiểm soát chặt chẽ các khoản thanh toán bằng chuyển khoản, chỉ được chuyển khoản giữa các hạng mục có chứng từ hợp lệ. Những quy tắc về chuyển khoản cần được cung cấp đầy đủ để quản lý linh hoạt hơn cũng như có thể kiểm soát được những hạng mục chủ chốt.
• Nhìn chung, kiểm soát nội bộ (nằm trong các bộ chủ quản) phù hợp với công tác kiểm soát dự định hơn do các cơ quan trung ương thực hiện. Tuy nhiên, để làm được điều đó cần phải có một hệ thống giám sát và kiểm toán vững mạnh. Cần tiến hành kiểm soát nội bộ các xác minh và cam kết để tránh sự can thiệp quá mức của các cơ quan trung ương vào việc quản lý ngân sách.
• Khi công tác kiểm soát kế toán và xử lý xử lý được phân quyền, cần tiến hành kiểm soát của trung ương về tiền mặt. Trong trường hợp kiểm soát kế toán và xử lý thanh toán được tiến hành tập trung, cần có một hệ thống đảm bảo các hoạt động thanh toán được kịp thời, đúng theo kế hoạch ngân sách và tiền mặt mà không có sự chồng chéo ưu tiên của các cơ quan trung ương. Những tiến bộ về công nghệ thông tin cần cân đối nhu cầu để phân quyền kiểm soát tính hiệu quả và nhu cầu đảm bảo hoạt động kiểm soát chi tiêu của chính phủ.
• Chính phủ nên cho phép một số thay đổi trong phân bổ ngân sách, ít nhất là trong lĩnh vực chi phí vốn (chi phí xây dựng cơ bản), nhưng cần điều chỉnh sao cho phù hợp.