D. Hàm lượng nước liên kết trong cây
3.2.2.Kết quả phân tích ña hình ADN bằng kỹ thuật RAPD
P. Hàm lượng axit amin prolin ðK thường P1 Hàm l ượ ng axit amin prolin sau 1 ngày gây h ạ n
3.2.2.Kết quả phân tích ña hình ADN bằng kỹ thuật RAPD
Trong nghiên cứu này, chúng tôi ñã sử dụng tổng số 26 chỉ thị RAPD
ñể khảo sát ña hình với một số giống ñại diện, kết quả thu ñược 18 mồi cho ña hình, số mồi còn lại không cho ña hình giữa các giống, cho băng sản phẩm mờ hoặc không cho sản phẩm PCR, nên bị loại bỏ khỏi nghiên cứụ 18 mồi cho ña hình ñược tiếp tục sử dụng ñể phân tích ña dạng di truyền của toàn bộ
20 giống vừng nghiên cứụ Kết quả phân tích ña hình của các mồi ñược tổng hợp ở bảng 3.14.
Trong số 169 băng chỉ có 140 băng ña hình về chiều dài (82,8%) (bảng 3.14). Số băng/mồi nằm trong khoảng từ 4 – 20 băng/mồi, trung bình 9,4 băng/mồị Mức ñộ ña hình của các mồi từ 42,8 – 100%, cao nhất (100%) ñạt
ñược với 4 mồi là OPA-01, OPA-11, OPA-15 và OPM-13, mức ñộ ña hình thấp nhất (42,8%) ở mồi OPM-06.
Tính ña hình không phụ thuộc vào số lượng băng ADN xuất hiện ñối với mỗi mồi ngẫu nhiên, bởi có những mồi xuất hiện nhiều lọai băng ADN,
nhưng trong ñó cũng có nhiều băng ñơn hình. Chẳng hạn, mồi OPM-06 xuất hiện 7 phân ñoạn, song chỉ có 3 phân ñoạn ña hình (chiếm 42,8%) (hình 3.7.); tương tự với mồi OPC-04 chỉ có 4 phân ñoạn ña hình trong số 7 phân ñoạn, trong khi ñó các mồi OPA-1, OPA-11, OPA-15 và OPM-13 có tới 100% băng ña hình.
Bảng 3.14. Kết quả phân tích ña hình của các mồi RAPD STT Tên mồi Trình tự Số băng thu ñược Số băng ña hình % băng ña hình 1 OPA-02 5’-TGCCGAGCTG-3’ 12 11 91,6 2 OPA-04 5’-AATCGGGCTG-3’ 10 9 90,0 3 OPA-11 5’-CAATCGCCGT-3’ 9 9 100 4 OPA-15 5’-TTCCGAACCC-3’ 7 7 100 5 OPA-18 5’-AGGTGACCGT-3’ 6 4 66,7 6 OPB-07 5’-GGTGACGCAG-3’ 7 4 57,1 7 OPB-08 5’-GTCCACACGG-3’ 13 11 84,6 8 OPB-15 5’-GGAGGGTGTT-3’ 11 9 81,8 9 BIO-07 5’-GGTTCGCTCC-3’ 8 7 87,5 10 BIO-16 5’-TCGAGACGGA-3’ 20 17 85,0 11 OPA-01 5’-CAGGCCCTTC-3’ 6 6 100 12 OPA-19 5’-CAAACGTCGG-3’ 7 6 85,7 13 OPC-02 5’-GTGAGGCGTC-3’ 14 12 85,7 14 OPC-04 5’-CCGCATCTAC-3’ 7 4 57,1 15 OPC-13 5’-AAGCCTCGTC-3’ 8 6 75,0 16 OPE-08 5’-TCACCACGGT-3’ 4 2 50,0 17 OPM-06 5’-CTGGGCAACT-3’ 7 3 42,8 18 OPM-13 5’-GGTGGTCAAG-3’ 13 13 100 Tổng 169 140 82,8
Hình 3.7. Kết quả ñiện di sản phẩm RAPD trên gel agarose 1,5% của 20 giống vừng với mồi OPM-06 và OPA-15. Số ghi trên giếng tương ñương với số thứ tự của các giống vừng ở bảng 1. Với mồi OPM-06 thu ñược 7 băng trong ñó 3 băng ña hình. Với mồi OPA-15 thu ñược 7 băng ña hình trong tổng số 7 băng thu ñược. Tính ña hình thể hiện ở sự xuất hiện hay không các băng ADN.
Trong những nghiên cứu ña dạng di truyền với những ñối tượng còn thiếu thông tin về bộ gen như cây vừng thì kỹ thuật RAPD là một lựa chọn hợp lý vì kỹ thuật này không cần biết trước trình tự chuỗi ADN [71], [187].
Ercan (2004) ñã sử dụng 8 mồi ñể phân biệt 38 giống vừng ở các vùng khác nhau của Thổ Nhĩ Kỳ, trung bình thu ñược 8,7 băng ña hình/ mồi [92].
Trong nghiên cứu của Pham và cs (2009), tác giả ñã sử dụng 23 mồi RAPD ñể sàng lọc thì chỉ có 10 mồi ñược sử dụng ñể phân tích ña dạng di truyền giữa 22 giống vừng của Việt Nam và Campuchiạ Kết quả phân tích ña hình cho thấy 10 mồi tạo ra ñược 107 băng, trong ñó số băng ña hình là 88 băng (chiếm 82,2%), trung bình 8,8 băng hình/ mồi [208].
Trong nghiên cứu này, khi phân tích 18 mồi cho ña hình, tỷ lệ băng ña hình nhận ñược là 82,8%, số băng ña hình/mồi là 9,4. Những kết quả thu ñược cũng phù hợp với những nghiên cứu ñã ñược công bố.
ða dạng di truyền
Số liệu thu ñược từ 18 mồi ñược thống kê và phân tích trong chương trình phần mềm NTSYS pc2.1. Kết quả ñã thu ñược ma trận tương ñồng di truyền và sơ ñồ hình cây biểu diễn mối liên kết di truyền giữa các giống nghiên cứụ Các giống có quan hệ gần gũi sẽ nằm ở các vị trí gần nhau, có hệ
số tương ñồng caọ Ngược lại những giống khác xa nhau về mặt di truyền sẽ
có khoảng cách lớn hơn và nằm xa nhau trên biểu ñồ hình câỵ
Kết quả phân tích từ ma trận tương ñồng di truyền cho thấy ñộ tương
ñồng di truyền giữa các cặp giống nằm trong khoảng từ 0,49 ñến 0,89. Cặp giống xa nhau nhất về mặt di truyền là giống số 2 và giống số 4 (có nguồn gốc
ở Lào Cai và Quảng Bình; có sự phân bố ñịa lý xa nhau) và cặp giống gần nhau nhất về mặt di truyền là cặp giống số 5 và giống số 6 (có cùng nguồn gốc ở Quảng Trị; giống nhau về sự phân bốñịa lý).
Sơ ñồ hình cây (hình 3.8) ñã thể hiện sự tương ñồng di truyền của 20 giống vừng nghiên cứụ Ở ñộ tương ñồng di truyền 62% thì 20 giống vừng chia làm 2 nhóm chính:
Nhóm 1 bao gồm 15 giống: giống số 1, 2, 16, 9, 11, 13, 18, 5, 6, 17, 19, 10, 12, 14, 15. Ở ñộ tương ñồng di truyền 65% nhóm này chia thành 3 phân nhóm: phân nhóm 1 chỉ có một giống: giống số 1, phân nhóm 2 bao gồm 6 giống: giống số 2, 16, 9, 11, 13, 18, phân nhóm 3 bao gồm 8 giống: giống số
Hình 3.8. Sơñồ hình cây về mối quan hệ di truyền của 20 giống vừng nghiên cứụ Các con số trong biểu ñồ tương ứng với thứ tự tên giống trong
bảng 2.1, coefficient: hệ số tương ñồng
Sơ ñồ hình cây cho thấy: các giống ñược coi là chịu hạn tốt (V5, V14) và trung bình (V10, V17) nằm trong cùng phân nhóm 3 của nhóm 1. Nhóm chịu hạn kém (V3, V8) tập trung ở nhóm 2. Các giống có cùng nguồn gốc (V5, V6 có nguồn gốc Quảng Trị; V10, V14, V15, V18 có cùng nguồn gốc Thanh Hóa; V16, V17, V19 có nguồn gốc Nghệ An…) nằm trong cùng một nhóm thể hiện mức ñộ tương ñồng cao giữa chúng.