Thời Trịnh Nguyễn phân tranh kéo dài ựến 45 năm. Trong thời gian này ở đàng Ngoài, vua Lê chỉ có ựể làm vì, bao nhiêu quyền bắnh nằm trong tay họ Trịnh.
đến 1771, ba anh em Nguyễn Nhạc, Nguyễn Lữ, Nguyễn Huệ ở Tây Sơn (nên gọi là nhà Tây Sơn) ựem quân ựánh chúa Nguyễn rồi ra Bắc diệt chúa Trịnh. Vua Lê lúc này là Lê Chiêu Thống sang cầu viện nhà Thanh bên Tàu. Quân nhà Thanh ựược cớ giúp vua Lê ựem quân sang thôn tắnh đại Việt.
Nguyễn Huệ sau khi lên ngôi Hoàng đế lấy hiệu là Bắc Bình Vương ựem quân ra Bắc ựánh tan 29 vạn quân Thanh rồi củng cố triều ựình. Trong lúc ở mặt Nam, Nguyễn Ánh
khôi phục lực lượng kéo về ựánh lấy Gia định. Lúc này lại có
cố ựạo Bá đa Lộc giúp Nguyễn Ánh tàu chiến, khắ giới nên thế lực mỗi ngày mỗi mạnh, ựánh chiếm Quy Nhơn rồi Phú Xuân. Năm 1802 lên ngôi hoàng ựế lấy hiệu Gia Long, mở ựầu triều ựại nhà Nguyễn.
Vì chiến tranh rối ren như vậy nên dù Phật Giáo có cơ duyên phục hưng nhưng cũng chưa có gì khả quan.
Hồi Chúa Nguyễn vào trấn miền Nam ựã cho dựng chùa Thiên Mụ (1601). Về sau vua Gia Long cho ựại trùng tu lại và vua Thiên Trị cho xây thêm ngôi tháp 7 tầng gọi là
tháp Phước Duyên. đời Tự đức cũng có xây thêm nhiều chùa tháp. Tuy nhiên các vua triều Nguyễn chỉ lo xây dựng chùa ựúc chuông mà không nghĩ ựến việc phát huy ựạo pháp. Từ vua ựến quan chỉ coi Phật pháp là tắn ngưỡng cầu an, cúng bái, cầu ựảo là nhiều, vì vậy tăng ựồ chỉ lo việc cúng lễ. Thêm vào ựó là tu sĩ Phật giáo tiêm nhiễm tư tưởng Lão Trang, chỉ thắch yên nhàn không có tinh thần tập thể, hoá ựộ.
Trong thời ựại nhà Nguyễn ựến thời ựại Minh Mạng, quân Pháp ựã ựem quân xâm chiếm Việt Nam. Ban ựầu lấy 3 tỉnh miền đông Nam Kỳ rồi lấy 3 tỉnh miền Tây, cuối cùng lại ựem quân vào cửa Thuận An tiến ựánh triều ựình Huế. Cuối cùng dân ta phải chịu sự ựô hộ của Pháp. Cuộc ựô hộ kéo dài gần 100 năm, mở ựầu từ 1874.
Có nhiều phong trào nổi lên chống Pháp nhưng cuối cùng ựã thất bại. Mãi ựến năm 1945 dân ta mới giành lại ựộc lập. Vua Bảo đại thoái vị, chủ tịch Hồ Chắ Minh ựọc tuyên ngôn ựộc lập ngày 02Ờ09Ờ1945 và thành lập chắnh phủ Viêt Nam Dân Chủ Cộng Hòa. Nhưng ựến tháng 12Ờ1946 chiến tranh ViệtỜPháp lại bùng nổ dữ dội. Pháp ựưa Bảo đại ở Pháp về thành lập chắnh phủ Bảo đại (giữa 1947) sau ựó mở những cuộc tấn công lớn vào căn cứ ựịa kháng chiến. Mãi ựến năm 1954 chiến tranh mới kết thúc bằng chiến thắng điện Biên Phủ dẫn ựến hiệp ựịnh Genève. Các nước Liên Xô, Mỹ, Anh, Pháp và những nước liên quan (không có Mỹ) ký kết công nhận quyền ựộc lập, chủ quyền và thống nhất lãnh thổ của 3 nước đông Dương. đối với Việt Nam, hiệp ựịnh quy ựịnh giới tuyến tạm thời là vĩ tuyến 17, quy ựịnh ngày tổng tuyển cử thống nhất cả hai miền Nam Bắc. Nhưng ngay sau ựó, Mỹ lấy lý do không ký vào hiệp ựịnh nên không chịu sự ràng buộc ựó, ựưa Ngô đình Diệm (lúc ựó là thủ tướng của chắnh phủ Bảo đại) làm Tổng thống, bằng cuộc trưng cầu dân ý. Thế là tại miền Nam, Ngô đình Diệm thành lập chắnh phủ Việt-Nam Cộng-Hòa ựối kháng với chắnh phủ Việt- Nam Công-Hòa Xã-Hội Chủ-Nghĩa ở miền Bắc. Từ ựó chiến
tranh ngày càng lan rộng và càng khốc liệt.
Phật giáo trong thời kỳ ựô hộ Pháp bị hạn chế phát triển. Văn hóa nước nhà ựã bị lung lay tận gốc rễ, kể cả Nho học lẫn Phật học. Người Pháp muốn tha hóa tinh thần thanh niên Việt Nam bằng thứ văn hóa ngoại lai mất gốc.
Trong tình trạng ựó, Phật giáo lúc ựầu càng ngày càng suy thoái, Tăng ựồ chân chắnh tìm chốn ẩn cư, số còn lại thoái hóa, rượu chè, cờ bạc, ựắm sắc, phần nhiều có vợ con một cách công khai làm cho Phật giáo ngơ ngác mù lòa, tin bướng theo càng, chẳng mấy ai là người hiểu ựạo. Phật giáo hình như ựến chỗ tiêu diệt.
Nhưng may thay còn vài ựóm sáng trong ựêm tối mông lung ựó là: Sư cụ Vĩnh Nghiêm (Thanh Hạnh), Tế Tác, Bằng Sở ở Bắc, Ngài Tâm định, Huệ Pháp, Phước Huệ ở Trung và Khánh Hòa, Từ Phong, Chắ Thanh, Huệ Quang, Khánh Anh ở Nam, giữ ựược cốt cách phong ựạo, thỉnh thoảng mở lớp giảng dạy giáo lý hoặc mở nhiều ựạo tràng.