Công tác thanh tra, kiểm tra việc quản lý sử dụng đất đai, nhà ở, quản lý quy hoạch, quản lý xây dựng được thành phố rất quan tâm và chủ động giải quyết nhanh, mạnh. Thành phố coi đây là việc cần làm để tạo môi trường kinh doanh, đầu tư hấp dẫn cho các nhà đầu tư cũng như nhân dân trong lĩnh vực BĐS. Trong vài năm gần đây, thành phố rất quan tâm đến việc này, tuy nhiên việc xử lý vi phạm còn hạn chế vì thủ tục rườm rà, các chế tài chưa theo kịp thực tế và còn thiếu nhiều tính răn đe. Việc cưỡng chế trong công tác quản lý sử dụng nhà, đất gặp nhiều khó khăn, do phải tuân theo hệ thống pháp luật rất dàn trải, chưa rõ ràng, thậm chí trong thực hiện còn chưa có sự thống nhất cao từ thành phố xuống quận, huyện, phường, xã.
Mặt khác, những hạn chế trong công tác thanh kiểm tra còn do lực lượng này hiện quá mỏng, chưa theo kịp tốc độ đô thị hóa và sự phát triển của TTBĐS thành phố. Một số địa bàn sau khi có thanh tra, kiểm tra việc vi phạm nguyên tắc sử dụng nhà đất, vi phạm quy hoạch và vi phạm xây dựng, khi đoàn kiểm tra đi, số lượng vi phạm lại càng tăng cao hơn.
Sau Chỉ thị 08/2002/CT-UB UBND thành phố về việc chấn chỉnh và tăng cường QLNN về nhà đất trên địa bàn, đã có nhiều đoàn thanh tra cấp thành phố, quận huyện, phường, xã tiến hành công tác thanh kiểm tra sâu rộng và cụ thể trên từng địa bàn. Kết quả các đoàn thành tra đã kiến nghị thu hồi nhiều khu đất của các dự án dạng "quy hoạch treo" hoặc do thiếu các điều kiện về nguồn lực để thực hiện dự án. Năm 2001, 2002 đã thu hồi đất hàng chục dự án với diện tích hàng trăm ha. Các dự án liên quan đến đất đai không triển khai hoặc chậm triển khai đều bị kiến nghị thu hồi và đưa vào quỹ đất khai thác phục vụ mục đích phát triển kinh tế - xã hội của thành phố.
Năm 2003, Sở Tài nguyên - Môi trường cùng với "Tổ công tác rà soát các dự án đầu tư có sử dụng đất trên địa bàn thành phố" sau khi thanh kiểm tra đã làm văn bản trình
UBND thành phố thu hồi 09 khu đất với tổng diện tích 1.048.434 m2 tại các quận 11, 9,
2, 7, 12 và huyện Nhà Bè. Đồng thời, Sở Tài nguyên - Môi trường cũng xúc tiến việc đưa ra đấu giá 03 khu đất tại quận 9, 12, Bình Chánh với tổng diện tích 17,613 ha (176.130 m2) theo chủ trương của thành phố.
Gắn với thanh tra, kiểm tra còn có việc tổ chức xử phạt và cưỡng chế. Tuy nhiên, công tác này tại thành phố những năm qua luôn gặp khó khăn về thủ tục, về lực lượng và còn một số điều vướng phải Nghị định 48/CP về hướng dẫn việc xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực này. Đặc biệt, việc xử phạt hành chính còn chậm cập nhật thực tế nên mức phạt thấp không tạo được tính răn đe cho xã hội; việc cưỡng chế thì gặp khó khăn lớn về lực lượng, thường các đoàn, tổ thanh tra, kiểm tra phải nhờ sự trợ giúp của công an địa phương, cảnh sát giao thông, lực lượng dân phòng và thanh niên xung kích mới cưỡng chế, giải tỏa được.