Thời hạn giải quyết khiếu nại lần đầu theo Luật qui định là 30 ngày (ở vùng sâu, vùng xa, đi lại khó khăn thì không quá 45 ngày); đối với vụ việc phức tạp thì thời hạn giải quyết có thể kéo dài nhưng không quá 45 ngày (vùng sâu, vùng xa, đi lại khó khăn thì không quá 60 ngày) (Điều 36 Luật khiếu nại, tố cáo). Thời hạn như vậy đối với giải quyết một vụ việc khiếu nại đã là ngắn, nếu vụ việc gắn liền cả khiếu nại và tố cáo lại càng quá ngắn; các cơ quan có thẩm quyền giải quyết không kịp, dẫn đến công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo bị ùn tắc, chậm trễ. Đây cũng là nguyên nhân công dân gửi đơn khiếu nại tràn lan, vượt cấp chưa khắc phục được.
Luật khiếu nại, tố cáo của ta cũng chưa có qui định về trình tự, thủ tục và thời hạn giải quyết một vụ việc vừa có nội dung khiếu nại, vừa có nội dung tố cáo. Mặc dù trong văn bản số 694/TTNN của Tổng thanh tra nhà nước cũng có phần hướng dẫn về thời hạn giải quyết đơn hoặc lời trình bày vừa có nội dung khiếu nại, vừa có nội dung tố cáo. Song, theo chúng tôi, có phần chưa ổn. Bởi theo hướng dẫn của văn bản 694/TTNN thì "khi tiến hành thanh tra một vụ việc phải theo Pháp lệnh thủ tục thanh tra", và như vậy, "nếu cấp tỉnh ra quyết định thanh tra thì thời hạn là 90 ngày (trong trường hợp phải gia hạn thì không quá 180 ngày)", trong khi đó thời hạn giải quyết một
vụ việc khiếu nại ở mọi cấp theo Luật khiếu nại, tố cáo chỉ không quá 30 ngày (hoặc 45; 60; 70 ngày tuỳ theo khu vực, vụ kiện phức tạp cụ thể) (Điều 36). Thời hạn giải quyết một vụ việc tố cáo không quá 60 ngày (hoặc 90 ngày với vụ việc phức tạp) kể từ ngày thụ lý để giải quyết. Mặt khác, việc thanh tra nói chung lại khác với việc thanh tra khiếu nại, tố cáo nói riêng. Chứng minh điều này, tại văn bản số 429/TTNN ngày 18/4/1997 của Tổng thanh tra nhà nước hướng dẫn thực hiện quy chế của đoàn thanh tra cũng đã khẳng định: "quy chế không áp dụng trong trường hợp các tổ chức thanh tra nhà nước phục vụ công tác thanh tra xác minh nội dung đơn thư khiếu nại, tố cáo". Rõ ràng thời hạn giải quyết khiếu nại, tố cáo trong văn bản số 694/TTNN của Tổng thanh tra nhà nước không áp dụng được cho thời hạn giải quyết một vụ việc khiếu nại, tố cáo, mà thực tế việc áp dụng này vẫn đang được triển khai trong ngành thanh tra. Do vậy, Nhà nước cần sớm có văn bản cụ thể về việc áp dụng thời hiệu và thời hạn trong giải quyết khiếu nại, tố cáo. Đồng thời hoàn thiện những qui định pháp luật về vụ việc vừa có nội dung khiếu nại, vừa có nội dung tố cáo gắn bó với nhau để các cơ quan có thẩm quyền giải quyết làm căn cứ pháp lý thống nhất trong việc thực hiện.