Việc đổi mới phương thức lãnh đạo ở một số cấp uỷ cơ sở chưa đáp ứng yêu cầu, chưa thực sự coi trọng đổi mới phong cách, lề lối làm việc. Tình trạng thiếu sâu sát cơ sở, đùn đẩy, né tránh trách nhiệm còn diễn ra ở nhiều nơi; chưa thực sự phát huy vai trò hạt nhân chính trị ở cơ sở. Năng lực lãnh đạo, sức chiến đấu của một số tổ chức đảng còn hạn chế. Nội dung, phương thức hoạt động còn lúng túng; tình trạng buông lỏng vai trò lãnh đạo của Đảng đối với chính quyền cơ sở đôi khi còn diễn ra.
Thực hiện quy chế làm việc của một số cấp uỷ chưa thực sự nghiêm túc, nền nếp. Mặc dù 100% đảng uỷ xã, thị trấn đã xây dựng và ban hành quy chế làm việc, nhưng vẫn còn một số cấp uỷ chậm bổ sung, sửa đổi quy chế. Chưa xác định cụ thể chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của tập thể, cá nhân và mối quan hệ giữa vai trò lãnh đạo của của tổ chức đảng với điều hành của chính quyền, sự phối hợp với các tổ chức đoàn thể trong việc lãnh đạo nhiệm vụ chính trị ở cơ sở. Do đó, việc chấp hành quy chế thiếu nghiêm túc, dẫn tới kỷ cương, kỷ luật của Đảng lỏng lẻo, vi phạm chính sách, pháp luật của Nhà nước.
Chế độ sinh hoạt chi bộ ở một số nơi chưa đảm bảo, nội dung đơn điệu, chất lượng chưa cao, chưa thể hiện là hạt nhân lãnh đạo thực hiện nhiệm vụ chính trị của địa phương, đơn vị. Nhiều chi bộ và cấp uỷ cơ sở chưa quan tâm đổi mới nội dung, phương thức sinh hoạt chi bộ và sinh hoạt cấp uỷ. Việc ghi chép nghị quyết biên bản các cuộc họp còn sơ sài, chưa thể hiện đầy đủ nội dung, quy trình sinh hoạt theo hướng dẫn của Ban Tổ chức Trung ương.
Công tác quản lý đảng viên, phân công nhiệm vụ cho đảng viên ở một số xã, thị trấn chưa được quan tâm đúng mức, việc nắm bắt và quản lý số đảng viên đi làm ăn xa còn hạn chế, bất cập.
Quản lý đảng viên chưa chặt chẽ, đấu tranh tự phê bình và phê bình còn e dè, nể nang; chưa phát huy vai trò của các tổ chức trong HTCT. Việc đánh giá chất lượng TCCSĐ và đảng viên ở một số nơi còn hình thức, chưa đúng thực chất. Vẫn còn tình trạng nể nang, ngại va chạm. Nhiều đảng bộ thực hiện chưa nghiêm túc về tỷ lệ khen thưởng TCCSĐ TSVM tiêu biểu và đảng viên đủ tư cách hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ.
Tình trạng thiếu trách nhiệm, cơ hội, suy thoái về phẩm chất, lối sống, cục bộ, địa phương trong một bộ phận cán bộ, đảng viên vẫn còn diễn ra; kỷ luật, kỷ cương, sự đoàn kết, nhất trí ở một bộ phận cấp uỷ và tổ chức đảng chưa tốt.
Công tác quán triệt, triển khai nghị quyết ở một số ít TCCSĐ còn hình thức. Một số đơn vị cơ sở tổ chức quán triệt Nghị quyết chưa sâu sắc, công tác hướng dẫn chỉ đạo thiếu chặt chẽ, từ đó ảnh hưởng đến kết quả học tập Nghị quyết còn hạn chế. Việc triển khai thực hiện Nghị quyết Trung ương 4 khóa XI về “Một số vấn đề cấp bách về xây dựng Đảng hiện nay” ở một số địa phương chưa được duy trì thường xuyên; công tác khắc phục các khuyết điểm, hạn chế sau kiểm điểm có nơi chưa thực sự chuyển biến rõ nét.
Nhiều cấp uỷ, tổ chức Đảng còn lúng túng trong việc vận dụng những chính sách mới của Đảng, Nhà nước về phát triển kinh tế nhiều thành phần, về CNH, HĐH, đẩy mạnh chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp, nông thôn... vào thực tiễn cơ sở. Năng lực lãnh đạo thực hiện nhiệm vụ chính trị, nhất là lãnh đạo nhiệm vụ phát triển KT-XH ở một số TCCSĐ còn yếu, hiệu quả thấp.
Công tác giám sát trong Đảng, giám sát của Nhân dân đối với các hoạt động của chính quyền chưa được quan tâm đúng mức, nhiều khuyết điểm, thiếu sót của tổ chức đảng và đảng viên chậm được phát hiện, chưa đẩy lùi được tệ tham nhũng, lãng phí.
Một số cuộc kiểm tra, giám sát ở cơ sở còn hình thức, chất lượng chưa cao. Việc tham mưu cho cấp uỷ quyết định và chỉ đạo kiểm tra, giám sát về công tác tổ chức, cán bộ còn ít. Chưa chủ động quan tâm, chú trọng thực hiện công tác giám sát sau bổ nhiệm. Việc giám sát chuyên đề ở cấp cơ sở còn yếu và lúng túng; Việc giám sát đối với cấp uỷ viên cùng cấp; phát hiện dấu hiệu vi phạm; kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm của một số cấp uỷ chưa chủ động thực hiện.
Chất lượng đào tạo, bồi dưỡng cán bộ chưa đáp ứng yêu cầu công tác cán bộ; khả năng vận dụng kiến thức lý luận vào thực tiễn của một bộ phận cán bộ còn hạn chế; nhận xét, đánh giá cán bộ vẫn là khâu yếu.
Đảng bộ cấp huyện thực hiện việc điều động, luân chuyển cán bộ cấp huyện về công tác tại xã, thị trấn còn hạn chế; chế độ chính sách tạo điều kiện đối với cán bộ luân chuyển về cơ sở chưa đáp ứng được so với yêu cầu.
Vai trò chỉ đạo của đảng uỷ cấp xã trong việc thực hiện Pháp lệnh thực hiện dân chủ ở xã, thị trấn còn bộc lộ hạn chế, yếu kém.
Chất lượng hoạt động của các chi bộ cơ quan xã, chi bộ quân sự xã còn có hạn chế. Nội dung thiếu giải pháp cụ thể, nhất là những giải pháp trọng yếu để thực hiện, hoặc có cơ sở nội dung đăng ký còn chung chung. Nhiều TCCSĐ chưa bám sát nội dung, giải pháp đã đăng ký để chỉ đạo thực hiện.