Một trong những nội dung quan trọng nhất của cải cách hành chính thuế đó là phải xây dựng được quy trình quản lý thuế mình hiện đại, phù hợp với thực tiễn. Với việc xây dựng quy trình quản lý thuế mình, ngành thuế sẽ
phải tiến hành cải cách toàn bộ quy trình quản lý thu thuế hiện tại từ cơ chế
quản lý theo mô hình cán bộ chuyên quản, cơ quan thuế tính thuế sang mô hình quản lý hiện đại: đối tượng nộp thuế tự kê khai, tự tính thuế và tự nộp thuế.
Đặc trưng của quy trình quản lý thuế, đó là đối tượng nộp thuế phải tự
giác thực hiện nghĩa vụ thuế theo Luật định. Tự kê khai, tự tính thuế và chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc thực hiện nghĩa vụ trên cơ sở kết quả hoạt
động sản xuất kinh doanh của mình. Cơ quan thuế thực hiện đúng chức năng
hành thu thuế do Nhà nước quy định, hạn chếđến mức tối đa quyền chủ quản của cơ quan thuế, hạn chế việc tiếp xúc giữa đối tượng nộp thuế và cán bộ
thuế, đảm bảo thu đúng, thu đủ, thu kịp thời vào ngân sách Nhà nước, giảm hiện tượng trốn lậu thuế và tiêu cực trong lĩnh vực thuếđến mức thấp nhất.
Quản lý đối tượng nộp là khâu đâu tiên và quan trọng nhất đối với công tác quản lý thu thuế. Để quản lý đối tượng nộp thuế, cơ quan thuế cần quản lý chặt chẽ các đối tượng sản xuất kinh doanh, các đối tượng có thu nhập qua việc cấp mã số thuế, qua đó cơ quan thuế có thể thu nhập, lưu giữ các thôngtin, tài liệu quản lý thuế, đánh giá mức độ chấp hành pháp luật của
người nộp thuế, ngăn ngừa, phát hiện vi phạm pháp luật về thuế.