Các DNV&N tại TP HCM đều bố trí cơ cấu tổ chức quản lý theo kiểu trực tuyến. Đặc điểm chung là cơ cấu tổ chức chỉ nhằm thực hiện chức năng kế toán (thường có bộ phận riêng hoặc có nhân viên được chuyên môn hóa đảm nhận), các chức năng quản trị khác (tài chính, nhân sự, marketing, chiến lược, chất lượng…) không có bộ phận đảm nhận hoặc không được phân công rõ ràng. Quyền quyết định mọi vấn đề tập trung ở chủ doanh nghiệp, cơ chế quản lý chủ yếu dựa trên sự thuận tiện, phụ thuộc lớn vào năng lực và kinh nghiệm của chủ doanh nghiệp. Trong một chừng mực nào đó, khi doanh nghiệp có quy mô rất nhỏ, hoạt động ít phức tạp, tính chất gọn nhẹ và thuận tiện của cơ cấu tổ chức thể hiện được ưu điểm, tuy nhiên nếu duy trì lâu sẽ trở thành nguyên nhân kìm hãm sự trưởng thành của doanh nghiệp. Về việc thực hiện các chức năng quản lý, mặc dù chức năng kế toán được các doanh nghiệp chú trọng, tuy nhiên chỉ dừng lại ở mức kế toán thuế nhằm thực hiện yêu cầu của Nhà nước và nhằm mục tiêu hạn chế đến mức thấp nhất mức thuế phải nộp, việc thực hiện kế toán quản trị rất hạn hữu. Hạn chế về tư duy quản trị tài chính làm cho doanh nghiệp không phân tích được một cách sâu sắc về nguồn lực sử dụng và hiệu quả hoạt động… Chủ doanh nghiệp không hiểu rõ tình hình tài chính và hiệu quả
hoạt động thực sự của doanh nghiệp. Sự thiếu hụt của tri thức quản lý tài chính cũng làm cho doanh nghiệp khó quản lý được các nguồn vốn vay từ bên ngoài để đạt hiệu quả mong muốn, làm cho chính doanh nghiệp rất ngần ngại khi huy động vốn từ bên ngoài, và chính điều này cũng làm cho ngân hàng và các định chế tài chính ngần ngại trong việc cho doanh nghiệp vay vốn do không nắm được một cách chắc chắn khả năng thu hồi vốn vay.