Thiếu tổ chức Công đoàn cơ sở tại các doanh nghiệp nói chung và doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài nói riêng. Hiện nay, số lượng cán bộ Công đoàn cơ sở còn rất ít do không thể phát hiện và kết luận người sử dụng lao động cản trở việc thành lập Công đoàn cơ sở. Theo báo cáo của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, đến tháng 6/2009 cả nước có 670 Liên đoàn lao động cấp quận, huyện; 436 công đoàn ngành địa phương, thành lập được 97.306 Công đoàn cơ sở. Hiện nay, "cả nước khoảng 80% doanh nghiệp dân doanh, 60% doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài chưa có tổ chức công đoàn" [16]. Năm 2008 và 6 tháng đầu năm 2009, cả nước kết nạp được 797.150 đoàn viên, thành lập mới 6.392 Công đoàn cơ sở, trong đó có 316 tổ chức công đoàn trong doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài và 1.139 tổ chức công đoàn trong doanh nghiệp tư nhân và công ty trách nhiệm hữu hạn.
Tại Thanh Hóa hiện nay có 42 doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, mới có 7% doanh nghiệp đã thành lập được công đoàn cơ sở, còn 93% doanh nghiệp chưa có tổ chức công đoàn.
Cán bộ công đoàn của doanh nghiệp đa số được người lao động bỏ phiếu bầu ra tại Đại hội Ban chấp hành Công đoàn cơ sở. Tuy nhiên, người lao động
chưa quan tâm đến việc bầu Ban chấp hành Công đoàn cơ sở vì họ cho rằng Công đoàn cơ sở không đại diện được cho người lao động do họ nhận lương, thưởng, phụ cấp làm quản lý kiêm nhiệm của người sử dụng lao động nên người lao động không muốn bầu ra Ban chấp hành Công đoàn cơ sở. Hơn nữa, Công đoàn cơ sở tại doanh nghiệp có sử dụng trên 500 lao động mới có 1 cán bộ công đoàn chuyên trách nên tổ chức hoạt động công đoàn rất khó khăn. Đối với trường hợp cán bộ công đoàn do công đoàn cấp trên cử xuống thì việc cử đại diện này cũng ngoài ý chí lựa chọn người đại diện của người lao động. Do vậy chất lượng cán bộ Công đoàn cơ sở không do người lao động quyết định và năng lực của lãnh đạo công đoàn không được quan tâm cải thiện. Tóm lại, Công đoàn cơ sở muốn đại diện được thì ít nhất cán bộ Công đoàn cơ sở phải do người lao động trực tiếp bầu ra và trả lương. Chính sách trả lương cho cán bộ Công đoàn cơ sở phải đảm bảo tính khuyến khích cho Công đoàn cơ sở hoạt động.
Mặt khác, công đoàn quá phụ thuộc vào tài chính từ phía người sử dụng lao động. Đây là động cơ để người lao động chọn đình công ngay khi tranh chấp xảy ra và trước thương lượng tập thể nhằm bảo vệ mình không thông qua tổ chức đại diện là Công đoàn cơ sở. Hơn nữa, Nhà nước can thiệp xử lý đình công đem đến kết quả giải quyết nhanh hơn, lợi ích người lao động dễ đạt kết quả hơn là chờ đợi Công đoàn cơ sở đại diện thương lượng nên người lao động ngày càng có xu hướng đình công bất cứ lúc nào họ thích. Kết quả khảo sát 10.000 công nhân lao động tại các loại hình doanh nghiệp của Liên đoàn Lao động tỉnh Thanh Hóa năm 2009 cho thấy, đa số người lao động không biết về qui trình giải quyết tranh chấp lao động và đình công mặc dù họ đã được doanh nghiệp phổ biến Bộ luật Lao động. Qua đó cho thấy, người lao động không quan tâm đến việc tuân thủ pháp luật lao động về đình công. Tóm tại, cách giải quyết này tạo tâm lý ỷ lại cho người lao động vào cơ quan quản lý nhà nước về giải quyết tranh chấp lao động và đình công, gây khó khăn cho Công đoàn cơ sở thực hiện quyền đại diện.