Thuỷ sản Việt Nam xuất khẩu vào EU chủ yếu là hàng thô, ít qua sơ chế, những mặt hàng chế biến sâu và hàng giá trị gia tăng vẫn còn ít. Bên cạnh đó, mẫu mã kiểu dáng còn đơn điệu chưa hấp dẫn khách hàng, chất lượng hàng thuỷ sản chưa cao nên trước những đòi hỏi ngày càng khắt khe về chất lượng và vệ sinh an toàn thực phẩm chỉ có các doanh nghiệp áp dụng có hiệu quả tiêu chuẩn HACCP mới được phép xuất khẩu vào thị trường EU, số còn lại không đủ tiêu chuẩn bị tái xuất.
Hiện nay, các doanh nghiệp XK thủy sản của Việt Nam không nắm rõ các quy định kỹ thuật đối với mặt hàng xuất khẩu nên nhiều mặt hàng thủy sản khi sang thị trường EU đều không đạt yêu cầu và bị trả hàng về nước.
Công tác hỗ trợ xúc tiến thương mại của Việt Nam chưa được tiến hành mạnh mẽ và hiệu quả, các hoạt động quảng bá thương hiệu, triển lãm, hội chợ.. tại EU chưa đáp ứng được so với yêu cầu của doanh nghiệp nên các sản phẩm của Việt Nam xuất khẩu vào EU chưa được nhiều người tiêu dùng biết đến. Chỉ riêng trong năm 2018, đã có khoảng 80 lô hàng thủy sản của Việt Nam EU và các thị trường nhập khẩu cảnh báo không đảm bảo chất lượng và bị trả về. Số lượng hàng bị trả về gấp đôi trong năm 2017. Trong giai đoạn từ ngày 1/1 đến 1/5/2019, Hệ thống Cảnh báo Nhanh của EU đối với mặt hàng thức ăn và thực phẩm nguy cơ gây rủi do cho sức khỏe cộng đồng (RASFF) thông báo có 9 lô hàng thủy sản của Việt Nam bị từ chối hoặc giám sát khi nhập vào EU do các yếu tố liên quan đến sức khỏe.