Thời hạn của bằng sáng chế là khoảng thời gian tối đa mà bằng sáng chế có hiệu lực. Thời gian này thường được bắt đầu tính từ ngày nộp đơn xin cấp bằng hoặc từ ngày bằng bảo hộ được cấp. Thời hạn bảo hộ sáng chế nói chung và sáng chế dược phẩm nói riêng không được ngắn hơn 20 năm tính từ ngày nộp đơn theo quy định tại Điều 33 Hiệp định TRIPS. Kết quả là hầu hết các hệ thống pháp luật sáng chế hiện nay quy định thời hạn bảo hộ sáng chế là 20 năm kể từ ngày nộp đơn. Tuy nhiên, quy định này của WTO không cấm các nước Thành viên ghi nhận trong pháp luật nội địa quyền khác tương tự quyền sáng chế với thời hạn ngắn hơn. Một ví dụ cho loại quyền này là quyền đối với giải pháp hữu ích (utility models) với thời hạn bảo hộ thường là 6 hoặc 10 năm.
Trong khuôn khổ WTO đã từng có một số tranh chấp giữa các nước Thành viên về quy định trong pháp luật quốc gia liên quan đến thời hạn bảo hộ sáng chế. Một trong số đó là vụ kiện nổi tiếng Canada-Term of Patent Protection [64], theo đó ngày 06/05/1999, Hoa Kỳ yêu cầu tham vấn với Canada về điều khoản bảo hộ đối với các sáng chế được cấp trước ngày 01/10/1989. Hoa Kỳ cho rằng Hiệp định TRIPS quy định các thành viên phải bảo hộ các sáng chế trong vòng ít nhất 20 năm kể từ ngày cấp bằng sáng chế và yêu cầu các thành viên áp dụng điều khoản tối thiểu này cho tất cả các sáng chế kể từ ngày thực thi hiệp định của các thành viên. Hoa Kỳ cáo buộc, theo Bộ luật sáng chế Canada, điều khoản quy định về bảo hộ sáng chế với các sáng chế cấp trước ngày 01/0/1989 là 17 năm kể từ ngày cấp bằng sáng chế. Hoa Kỳ cáo buộc Canada vi phạm Điều 33,65 và 70 của Hiệp định TRIPS. Ngày 15/07/1999, Hoa Kỳ yêu cầu thành lập Ban Hội thẩm. Ngày 22/10/1999, Ban Hội thẩm chính thức được thành lập. Ngày 05/05/2000, Ban Hội thẩm công bố báo cáo. Báo cáo nêu rõ:
- Theo Điều 70.2 của Hiệp định TRIPS, Canada cấp bằng bảo hộ sáng chế cho các sáng chế có hiệu lực ngày 01/01/1996, ngày hiệu lực Canada thực thi Hiệp định TRIPS.
65
- Mục 45 của Luật sáng chế Canada không nêu điều khoản bảo hộ đối với các sáng chế kết thúc trước 20 năm kể từ ngày được cấp theo điều 33 của Hiệp định TRIPS và do vậy bác bỏ lập luận của Canada rằng thời hạn bảo hộ 17 năm nêu trong Luật sáng chế tương ứng với thời hạn 20 năm của Hiệp định TRIPS do tồn đọng, trì hoãn theo luật hoặc tạm dừng không chính thức…
Ngày 19/06/2000, Canada thông báo kháng án. Ngày 18/09/2000, Cơ quan Phúc thẩm công bố báo cáo, trong đó tán đồng tất cả các kết luận của Ban Hội thẩm. Ngày 12/10/2000, DSB thông qua báo cáo của Cơ quan Phúc thẩm và báo cáo của Ban Hội thẩm được Cơ quan Phúc thẩm tán thành. Cơ quan phúc thẩm kết luận rằng: thời hạn bảo hộ sáng chế là 17 năm (tính từ ngày cấp văn bằng bảo hộ) cho những đơn đăng ký sáng chế được nộp trước ngày 01 tháng 10 năm 1989 và thường kết thúc trước 20 năm tính từ ngày nộp đơn theo quy định tại Phần 45 Đạo luật Sáng chế Canada không phù hợp với quy định tại Điều 33 Hiệp định TRIPS [67].