Khi chuyển sang giai đoạn hội nhập kinh tế quốc tế ngành Ngân hàng, hệ thống các TCTD có bước phát triển rất nhanh về quy mô và phạm vi hoạt động, đồng thời tiềm ẩn nhiều rủi ro. Thị trường tài chính phi ngân hàng (chứng khoán và bảo hiểm) có sức hấp dẫn cao, các TCTD có xu hướng thâm nhập sâu rộng hơn vào hoạt động này. Vì vậy, rủi ro đối với các TCTD trở nên đa dạng hơn. Sự phát triển mạnh mẽ của các dịch vụ ngân hàng đồng hành cùng với các loại tội phạm mới xuất hiện trong lĩnh vực ngân hàng, rủi ro về tác nghiệp và công nghệ trong điều kiện hệ thống quản trị, điều hành kinh doanh của các TCTD còn những yếu kém đang là nỗi lo lớn của các nhà quản lý ngân hàng. Mặc dù, các TCTD Việt Nam đang từng bước áp dụng có hiệu quả các nguyên tắc, chuẩn mực quốc tế về an toàn trong hoạt động ngân hàng theo Hiệp ước vốn Basel trong công tác quản trị rủi ro ngân hàng nhưng bốn loại rủi ro trọng yếu là rủi ro tín dụng, rủi ro Thanh khoản, rủi ro thị trường và rủi ro hoạt động, trong đó đặc biệt rủi ro tín dụng và rủi ro thị trường vẫn đang tác động mạnh đến sự bất ổn trong hoạt động của các TCTD.
Hệ thống các TCTD đóng vai trò trụ cột trong hệ thống tài chính và có khả năng tác động rất lớn đến sự an toàn, ổn định, phát triển của hệ thống tài chính và nền kinh tế. Các TCTD luôn có mối quan hệ lẫn nhau thông qua các hoạt động gửi tiền, cho vay, mở tài khoản Thanh toán giữa các TCTD... Điều này đã khiến cho các TCTD trở nên liên kết với nhau rất chặt chẽ và trở thành một hệ thống. Rủi ro hay mất an toàn hoạt động ở TCTD này có thể lan truyền nhanh chóng đến
TCTD khác và toàn bộ hệ thống tài chính. Một TCTD đổ vỡ tác động đến cả hệ thống TCTD, đồng thời ảnh hưởng lớn đến mọi mặt kinh tế - xã hội.
Nâng cao năng lực quản trị rủi ro là công việc sống còn của TCTD trong môi trường cạnh tranh khốc liệt của cơ chế thị trường, của quá trình hội nhập kinh tế quốc tế ngành ngân hàng. Sự phát triển mạnh mẽ của các TCTD cả về chiều rộng và bề sâu cũng đòi hỏi hoạt động quản lý nhà nước của NHNN phải được đổi mới, theo đó, Thanh tra, giám sát trên cơ sở rủi ro đối với TCTD là bước đi tất yếu của NHNN.