Trong hình thức giải quyết TCTM bằng Tòa án, các bên có tranh chấp thông qua cơ quan xét xử là Tòa án với tư cách là bên thứ ba để giải quyết TCTM. Việc phải tuân thủ quy trình, các bước tiến hành trong thủ tục tố tụng giải quyết TCTM bằng Tòa án theo quy định của pháp luật thường được các bên xem đây là đặc điểm lớn nhất của hình thức giải quyết TCTM này. Hình thức giải quyết TCTM bằng Tòa án được các bên sử dụng khi các bên đã sử dụng các hình thức giải quyết TCTM khác như thương lượng, hòa giải mà không có kết quả và các bên không có thỏa thuận giải quyết vụ tranh chấp bằng TTTM. Song chính thủ tục tố tụng của hình thức này được tiến hành thống nhất bằng các bước bắt buộc theo quy định của pháp luật tố tụng với trình tự và thủ tục theo các cấp xét xử tạo cho hình thức giải quyết TCTM bằng Tòa án có thủ tục chặt chẽ nên không linh hoạt như quan hệ thương mại trong nền kinh tế [50, tr. 72].
Bằng quyền lực (quyền xét xử) của mình, Tòa án nhân danh Nhà nước ra quyết định, bản án giải quyết đối với vụ án về TCTM của các bên. Do vậy, bản án, quyết định của Tòa án giải quyết các vụ án về TCTM được bảo đảm thực hiện bằng
sức mạnh cưỡng chế của Nhà nước (cơ quan thi hành án thực hiện theo pháp luật về thi hành án), khi các bên không tự nguyện thi hành.
Tuy vậy, hình thức giải quyết TCTM bằng Tòa án so với các hình thức khác có những đặc điểm hạn chế nhất định như (i) bí quyết kinh doanh, thương mại khó bảo đảm do Tòa án thực hiện nguyên tắc xét xử công khai theo quy định của Hiến pháp và pháp luật. Mặc dù, theo quy định tại Điều 15 BLTTDS, trong trường hợp cần giữ gìn bí mật kinh doanh theo yêu cầu chính đáng của đương sự thì Tòa án xét xử kín, nhưng phải tuyên án công khai. Như vậy, việc tuyên án công khai khó có thể bảo đảm được việc giữ bí mật kinh doanh. Bởi vì, trong bản án sẽ phải đề cập đến toàn bộ nội dung vụ án, những vấn đề liên quan đến tranh chấp giữa hai bên… nên bí mật kinh doanh vẫn có thể bị tiếp cận; (ii) quyền quyết định và tự định đoạt của đương sự bị hạn chế vì các bên không có quyền tự do lựa chọn người giải quyết tranh chấp như hình thức TTTM; (iii) TCTM bị kéo dài cho đến khi bản án, quyết định của Tòa án có hiệu lực thực thi do hoạt động giải quyết vụ án về TCTM phải tiến hành theo trình tự, thủ tục luật định với các bước thực hiện chặt chẽ, ràng buộc; (iv) Uy tín của các bên có TCTM có thể bị ảnh hưởng trên thương trường, đôi khi ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh, thương mại của các bên; (v) giải quyết vụ án về TCTM bằng Tòa án tính chất thường căng thẳng hơn so với hình thức giải quyết bằng TTTM vì vị trí của Tòa án là cơ quan tư pháp nên hoạt động xét xử của nó mang tính quyền lực Nhà nước. Mặt khác, pháp luật quy định về trình tự, thủ tục khởi kiện và giải quyết các vụ án về TCTM theo các bước tiến hành rất chặt chẽ. Do đó, tham gia vào quá trình này, đương sự phải tuân thủ nghiêm theo luật định về các bước giải quyết vụ án về TCTM của Tòa án. Tính chất căng thẳng của hình thức giải quyết TCTM bằng Tòa án còn thể hiện ở việc xét xử công khai tại phiên tòa.