Tuy đạt đƣợc những kết quả nhƣ đã nêu trên nhƣng so với mục tiêu đề ra và yêu cầu thực tế, nhìn chung HTX dịch vụ nông nghiệp phát triển còn chậm, chƣa vững chắc, chất lƣợng chƣa cao, còn nhiều hạn chế, yếu kém chƣa đƣợc khắc phục, đó là:
Việc triển khai thực hiện các chủ trƣơng, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nƣớc còn chậm, công tác tuyên truyền phát triển HTX thiếu thƣờng xuyên, còn mang tính hình thức.
Vai trò quản lý nhà nƣớc của các phòng ban của huyện, UBND các xã, thị trấn buông lỏng một thời gian khá dài không có cơ quan chuyên môn phụ trách quản lý, theo dõi hƣớng dẫn...Công tác kiểm tra HTX còn thiếu thƣờng xuyên, nhất là kiểm tra tài chính của HTX.
Công tác quy hoạch, kế hoạch phát triển kinh tế HTX và việc kiểm tra, rà soát đánh giá chất lƣợng hoạt động của HTX chƣa đƣợc quan tâm đúng mức.
Về phía các HTX: Đa số HTX NN đều có quy mô nhỏ, mức độ tăng trƣởng kinh tế chƣa ổn định, vững chắc và hiệu quả kinh doanh chƣa cao nên tích lũy nội bộ để tái đầu tƣ phát triển còn hạn chế; số lƣợng HTX có lãi tăng nhƣng mức lãi còn ít, đóng góp vào ngân sách ngân sách nhà nƣớc còn thấp. Một số HTX NN tồn tại hình thức, chƣa thực sự chuyển đổi theo Luật HTX, có HTX NN tính cổ phần của xã viên theo hộ gia đình (HTX NN Thanh Mỹ).
Trình độ, năng lực quản lý, nghiệp vụ chuyên môn của đội ngũ cán bộ HTX, ban kiểm soát còn nhiều bất cập, tỷ lệ chƣa qua đào tạo còn khá lớn. Ở một số HTX cán bộ thƣờng biến động qua các kỳ đại hội, mức thu nhập của cán bộ hội đồng quản trị còn khá thấp nên chƣa khuyến khích, động viên đƣợc sự nhiệt tình gắn bó với HTX.
Ngành nghề kinh doanh của HTX NN đơn thuần là các dịch vụ phục vụ sản xuất, chƣa mạnh dạn đầu tƣ, mở mang ngành nghề và đa dạng hóa các loại hình dịch vụ, phạm vi hoạt động bó hẹp, chƣa vƣơn ra thị trƣờng bên ngoài, sức cạnh tranh kém. Một số HTX NN tồn tại về mặt hình thức, thực chất bên trong đã thay đổi nhiều, không còn hoạt động theo kiểu HTX kiểu mới mà hoạt động theo tính chất hộ gia đình, cá nhân đơn lẻ.
Nhiều HTX chƣa có trụ sở làm việc hoặc phải bố trí văn phòng làm việc chung với thôn, chƣa đƣợc cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất và thuê đất.