Quản lý nhà nước về hoạt động tôn giáo trước hết phải đảm bảo được quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo và tự do không tín ngưỡng, tôn giáo của công dân, đảm bảo cho các hoạt động tôn giáo được diễn ra bình thường
theo quy định của pháp luật. Quản lý nhà nước về hoạt động tôn giáo phải phát huy được những mặt tích cực, khắc phục được những mặt tiêu cực của tôn giáo đối với sự phát triển của xã hội.
Cơ quan quản lý nhà nước về hoạt động tôn giáo có vị trí, vai trò hết sức quan trọng trong công tác tôn giáo ở địa phương. Là cơ quan đầu mối trong quan hệ giữa tổ chức, cá nhân tôn giáo với chính quyền; là cơ quan chuyên môn, trực tiếp tham mưu cho cấp ủy Đảng, chính quyền trong việc quản lý, xử lý, giải quyết hoạt động của các tôn giáo trên địa bàn. Cho nên, thực hiện Nghị quyết 25 - NQ/TW ngày 12/03/2003 của Ban Chấp hành Trung ương Đảng (khóa IX) về công tác tôn giáo, Nghị định số 22/2004/NĐ-CP ngày 12/1/2004 của Chính phủ về việc kiện toàn tổ chức bộ máy làm công tác tôn giáo thuộc Ủy ban Nhân dân các cấp, Thông tư số 4/2010/TT-BNV ngày 20/5/2010 của Bộ Nội vụ hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức và biên chế của Ban Tôn giáo trực thuộc Sở Nội vụ thuộc Ủy ban Nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Về phía tỉnh Long An, Ủy ban Nhân dân tỉnh ban hành Quyết định số 769/2008/QĐ-UBND ngày 31/3/2008 về việc sắp xếp lại tổ chức bộ máy của Sở Nội vụ, Ban Thi đua – Khen thưởng tỉnh, Ban Tôn giáo - Dân tộc, Văn phòng Ủy ban Nhân dân tỉnh; Quyết định số 48/2010/QĐ-UBND ngày 16/11/2010 của Ủy ban Nhân dân tỉnh về việc quy định chức năng, quyền hạn, tổ chức và biên chế của Ban Tôn giáo.
Từ khi thành lập đến nay, Ban Tôn giáo tỉnh Long An đã phối hợp với các ngành chức năng và các huyện, thị xã, thành phố tham mưu cấp ủy, chính quyền các cấp giải quyết tốt những vụ việc tôn giáo phát sinh trong thời gian qua, đáp ứng được yêu cầu, nhiệm vụ công tác tôn giáo trên địa bàn tỉnh trong tình hình mới. Khi thực hiện Nghị định số 13 và
14/2008/NĐ-CP ngày 4/2/2008 của Chính phủ quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban Nhân dân tỉnh, và Ủy ban Nhân dân huyện, cơ quan quản lý nhà nước về hoạt động tôn giáo cấp tỉnh giao về Sở Nội vụ, nhiệm vụ quản lý nhà nước về hoạt động tôn giáo cấp huyện giao cho Phòng Nội vụ. Từ đây, trong công tác quản lý nhà nước về tôn giáo trên địa bàn tỉnh Long An gặp một số khó khăn như đội ngũ cán bộ trực tiếp làm công tác tôn giáo vừa thiếu về số lượng, vừa yếu về trình độ năng lực chuyên môn, cán bộ cấp huyện đa số chưa được đào tạo chuyên sâu, bài bản, cán bộ cấp xã làm công tác quản lý nhà nước về tôn giáo chủ yếu là kiêm nhiệm, thường xuyên thay đổi, thiếu tính ổn định. Mặt khác, tình hình tôn giáo ngày càng tiềm ẩn những yếu tố bất ổn, các vị chức sắc, chức việc hoạt động có chiều hướng phức tạp hơn. Đặc biệt ở những địa phương giải quyết chưa dứt điểm các vụ tranh chấp, khiếu kiện liên quan đến tôn giáo như đất đai, cơ sở vật chất,v.v.. Có thể nhận thấy rằng, công tác quản lý nhà nước về tôn giáo trên địa bàn tỉnh chưa đáp ứng được yêu cầu nhiệm vụ thực tiễn trong tình hình mới.
Từ những vấn đề nêu trên, việc củng cố, kiện toàn bộ máy quản lý nhà nước về tôn giáo ở các cấp theo tinh thần Nghị quyết 25 - NQ/TW ngày 12/3/2003 của Ban Chấp hành Trung ương Đảng (khóa IX) vừa là giải pháp, vừa là nhiệm vụ của các cấp ủy Đảng, chính quyền để góp phần thực hiện tốt công tác công tác tôn giáo trong tình hình mới.
- Hai là, đổi mới cơ chế quản lý là cơ quan chuyên môn trực tiếp thực hiệnchức năng tham mưu, giúp cơ quan quản lý nhà nước ở đĩa phương, chịu trách