Trong quá trình CNH, HĐH yếu tố góp phần không nhỏ vào làm tăng năng suất lao động trong nông nghiệp đó chính là ứng dụng khoa học công nghệ vào sản xuất nông nghiệp. Phú Ninh là một huyện thuần nông thì vấn đề này càng trở nên
cần thiết để nhanh chóng đuổi kịp các địa phương khác. Mà trước hết cần phải xây dựng cho nông dân một kiến thức cao về khoa học công nghệ. Thời gian qua huyện cũng đã từng bước giải quyết vấn đề này như: đưa công nghệ thông tin về nông thôn (kết nối internet), công nghệ sau thu hoạch, cơ khí hoá dụng cụ nông nghiệp, ứng dụng quy trình nông nghiệp tốt VietGAP để sản xuất nông sản có năng suất cao, chất lượng tốt, an toàn vệ sinh và giá thành thấp. Kiến thức cao về khoa học công nghệ sẽ giúp nông dân biết ứng dụng các phương pháp sản xuất hữu cơ, IPM, GAP để bảo vệ môi trường, các phương pháp xử lý làm sạch nước, nâng cao chất lượng nước dùng trong nông nghiệp. Kiến thức cao về khoa học công nghệ cũng sẽ giúp nông dân biết ứng phó với thiên tai bão lụt, tìm giải pháp thích ứng với khí hậu thất thường.
Thực tế cho thấy việc ứng dụng khoa học công nghệ vào quá trình sản xuất nông nghiệp để đạt hiệu quả cao, đòi hỏi phải khắc phục tình trạng manh mún về đất canh tác; với mô hình kinh tế hộ nông dân với quy mô sản xuất nhỏ là lực cản không nhỏ cho việc đưa máy móc thiết bị công nghệ mới vào sản xuất. Do vậy, tiếp tục thay đổi nhanh chóng mô hình hộ nông dân trong sản xuất nông nghiệp bằng mô hình trang trại, là rất cần thiết để tạo điều kiện cho những người có khả năng về kỹ thuật và tài chính làm nông nghiệp giỏi để họ tích tụ và tập trung ruộng đất thành các trang trại. Chỉ có quy mô lớn như các trang trại thì mới có nhu cầu thực sự đối với các sản phẩm khoa học – công nghệ. Điều kiện để đứng vững trong quá trình cạnh tranh khốc liệt đòi hỏi phải đổi mới công nghệ sản xuất và quản lý, nâng cao năng suất cây trồng, vật nuôi, nâng cao chất lượng sản phẩm và năng suất lao động.
Việc ứng dụng khoa học công nghệ vào sản xuất nông nghiệp không ngoài mục đích tạo nên những bước chuyển biến tích cực trong sản xuất và dần nâng cao đời sống của người dân huyện Phú Ninh. Vì vậy, việc đẩy mạnh chuyển dịch CCKT nông nghiệp theo hướng tiến bộ, ứng dụng quy trình sản xuất, chế biến nông sản thành sản phẩm hàng hóa theo chu trình công nghệ sạch, phát triển mạnh công nghiệp và dịch vụ trong nông thôn sẽ tạo ra nhu cầu hết sức lớn đối với khoa học - công nghệ. Cần phải tập trung tuyển chọn cây giống, con vật nuôi tốt ít sâu bệnh, phù hợp với điều kiện khí hậu, địa hình thổ nhưỡng của địa phương. Trước mắt cần
tập trung vào cây ngô, cây lạc, cây dưa hấu và đầu tư vào những con vật nuôi khác ngoài con vật nuôi truyền thống như heo mọi, nhím, đà điểu ngoài ra tập trung vào nuôi ếch, ba ba và tôm sú. Đây là những loài cây loại cây con có giá trị kinh tế cao mà lại phù hợp với điều kiện khí hậu, đất đai thổ nhưỡng của huyện. Chuyển hướng sử dụng phân hóa học như hiện nay, sang sử dụng các loại phân bón vi sinh từ các nguồn phế thải hữu cơ, khuến khích bà con sử dụng thuốc trừ sâu, trừ cỏ bằng các công nghệ hoá sinh hiện đại không gây độc hại cho người và gia súc. Khâu yếu nhất nhưng lại góp phần nâng cao chất lượng nông sản, giảm bớt tổn thất sau thu hoạch hiện nay ở huyện đó là khâu bảo quản nông sản do đó đầu tư công nghệ bảo quản trong thời gian đến là vấn đề cần được quan tâm.