2.3.6.1.Môi trường nước
Nước mặt:Huyện Sóc Sơn có 3 sông lớn chảy qua là: sông Công, sông Cầu và sông Cà Lồ, các sông đồng thời là ranh giới địa chính giữa Huyện và các tỉnh lân cận. Ngoài ra, Huyệncòn có hệ thống các ao, hồ, kênh, ranh… phong phú, đan xen. Nguồn nước được dùng chủ yếu cho sản xuất nông nghiệp, dịch vụ, thuỷ lợi, nuôi trồng thuỷ sản… Nhìn chung, chất lượng nước tại các sông còn tốt, quá trình làm sạch nước vẫn có thể cải thiện tình trạng gây ô nhiễm cục bộ do sinh hoạt của người dân, sản xuất nông nghiệp, chăn nuôi…
Do tốc độ phát triển đô thị hoá nhanh, các cơ sở sản xuất tư nhân phát triển, các nhà máy sản xuất công nghiệp đi vào hoạt động… cùng với tình trạng một số ao hồ bị san lấp hoặc lấn chiếm làm cho lòng hồ nhỏ hẹp, khả năng lưu thông của nước bị hạn chế. Do đó môi trường nước cũng bị ô nhiễm cục bộ. Các chỉ tiêu ô nhiễm chính là: Hàm lượng BOD, COD cao, chỉ tiêu vi sinh vật cao, hàm lượng kim loại nặng vượt quá chỉ tiêu cho phép…
Nước ngầm: Hệ thống nước ngầm củaHuyện hạn chế ở vùng đồi gò và dồi dào ở vùng ven sông. Chất lượng nước ngầm chưa được đánh giá cụ thể nhưng nhìn chung nước ngầm có ở độ sâu từ 14 - 80m, nước có hàm lượng sắt,mangan cao cần phải xử lý trước khi sử dụng.
2.3.6.2. Rác thải
Các nguồn rác thải có từ: Rác thải sinh hoạt, sản xuất, xây dựng, dịch vụ… Hiện tại các xã và thị trấn nằm ven các trục đường chính như Quốc lộ 3, đường 131, đường Quốc lộ 2 được nhà nước hỗ trợ phí thu gom vận chuyển rác thải. Từ năm 2006, UBND Huyện Sóc Sơn đã giao cho Xí nghiệp Môi trường đô thị Sóc Sơn xây dựng phương án khoán đặt hàng để tổng hợp với một số xãđã xây dựng điểm chân rác thu gom rác thải vận chuyển đến Khu liên hợp xử lý chất thải rắn Nam Sơn, tiến tới xây dựng mô hình trên nhân rộng ra toàn Huyện.
Một số xã còn khó khăn, chưa bố trí được chân rác thu gom, kinh phí hạn hẹp (Xuân Thu, Kim Lũ, Việt Long)… tình trạng ô nhiễm môi trường chủ yếu là do rác thải sinh hoạt. Rác thải vứt bừa bãi ra ao, mương, khu đất trống, ven đường… gây mùi và là nơi cho sinh vật truyền bệnh phát triển như ruồi, muỗi, chuột, gián…
Hầu hết các nhà máy sản xuất trong khu công nghiệp đã chấp hành vấn đề xử lý chất thải theo quy định bằng biện pháp thuê các đơn vị có tư cách pháp nhân chuyên chở chất thải đem đi xử lý tại bãi rác Nam Sơn.
Phế thải xây dựng chưa được xử lý, thường sử dụng san nền tại các công trình.
2.3.6.3. Môi trường khí thải
Chất lượng không khí chung của Huyện Sóc Sơn cũng chưa được đánh giá để đưa ra một số liệu báo cáo chính thức. Nhìn chung, tại ven các đường trục giao thông, khu công nghiệp tập trung thì hàm lượng bụi và các khí NO2, CO2, SO2… cao. Một số các nhà máy, xưởng sản xuất tư nhân gây ô nhiễm môi trường (các xưởng đúc sắt Đông Xuân) cũng đang được xử lý, khắc phục.