Để phòng trừ B. oryzae, một số biện pháp đã được nghiên cứu nhưng biện pháp tốt nhất vẫn là sử dụng giống chống chịu bệnh và sử dụng hạt giống sạch bệnh (Ou, 1985). Việc tạo ra hạt giống chống chịu bệnh B. oryzae rất khó khăn nên sử dụng hạt giống sạch bệnh được ưu tiên hơn trong thực tế sản xuất. Để tạo ra hạt giống sạch bệnh, nhiều phương pháp xử lý hạt giống đã được ứng dụng.
Xử lý hạt giống mới được áp dụng rộng rãi trong vòng 40 năm nay nhưng hàng trăm năm trước đã được coi như một việc làm thông thường của nông dân. Phương pháp được sử dụng sớm nhất là dùng lá cây nho và lá cây tùng nghiền nát để bảo vệ hạt khỏi sự tấn công của côn trùng trong quá trình bảo quản. Ngày nay các nhà khoa học đã nghiên cứu và phát hiện ra trong dịch nghiền các loại lá này có chứa hydrogen cyanide. Vào những năm đầu của thế kỷ 17, nông dân tại châu Âu đã biết xử lý hạt giống bằng nước biển sau khi nhận thấy hạt giống bị ngấm nước biển trong quá trình vận chuyển có khả năng nảy mầm tốt hơn và ít bị bệnh thối đen hơn so với hạt giống không được ngâm trong nước biển. Phương thức này tồn tại đến tận giữa thế kỷ 18 khi người Pháp phát minh ra phương pháp dùng nước muối và chanh để thay thế nước biển (Nome et al., 2012).
Xử lý hạt giống là việc sử dụng các phương pháp như dùng các chất hóa học hoặc sinh học để bảo vệ cây con không bị nhiễm bệnh từ hạt giống truyền sang, qua đó làm giảm khả năng phát sinh dịch bệnh trên cây trồng. Xử lý hạt giống để tăng tỷ lệ nảy mầm, giảm khả năng truyền bệnh sang cây con, cây trồng không bị gây hại bởi bệnh truyền qua hạt giống. Ngoài ra để bảo vệ khi hạt nảy mầm và cây con khỏi sự tấn công của nấm khi nảy mầm trong đất, hạt giống cần có được một vùng có khả năng bảo vệ xung quanh hạt giống. Xử lý hạt giống được chia theo ba mục đích chính (Nome et al., 2012):
- Xử lý bề mặt hạt giống để loại bỏ các bào tử bám trên bề mặt hạt.
- Xử lý để loại bỏ nấm bệnh đã xâm nhập vào sâu bên trong tế bào của hạt bao gồm các bộ phận như phôi, nội nhũ, vỏ hạt…
- Xử lý để bảo vệ hạt giống: để bảo vệ hạt giống khỏi bị thối hoặc bị hỏng bởi sự tấn công của các loại nấm nằm trong đất và hạt giống bị nhiễm nấm sơ cấp. Dùng các loại hóa chất nội hấp để xử lý hạt giống có thể bảo vệ được cả giai đoạn sau nảy mầm và giai đoạn cây mầm.