Nước thải từ tàu được định nghĩa là nước và cỏc phế thải khỏc từ bất kỳ cỏc nhà vệ sinh, lỗ thoỏt nước...hoặc cỏc dạng nước thải khỏc khi chỳng được hũa lẫn với những loại nước này (Quy định 2, phụ lục IV). Quy đi ̣nh bắt buụ ̣c các tàu phải giữ la ̣i trờn tàu hoă ̣c đưa vào thiờ́t bi ̣ tiờ́p nhõ ̣n trờn bờ nước thải, nước dằn trừ khi chúng được kiờ̉m tra và cho thṍy khụng lõ̃n dõ̀u và có cỏc chỉ số sinh học đỏp ứng đươ ̣c tiờu chuõ̉n của cụng ước . Cỏc tàu phải cú quy trình thải nước thải, nước dằn và phải báo cho chính quyờ̀n cảng biờ́t trước khi tiờ́n hành thải nước dằn mà khụng được thải xuụ́ng biển và vựng nước của cảng.
Cấm thải nước thải ra biển, trừ cỏc trường hợp sau đõy (Quy định 9, phụ lục IV). Tàu thải nước thải đó phõn tỏch và khử trựng ở cỏch bờ gần nhất trờn 4 hải lý bằng hệ thống được quốc gia phờ duyệt hoặc nước thải chưa được phõn tỏch hoặc khử trựng ở cỏch bờ gần nhất trờn 12 hải lý. Ngoài ra, nước thải trong kột thu hồi phải được thải khi tốc độ của tàu chạy tiến khụng dưới 4 hải lý với cường độ thải do quốc gia cú cảng quy định dựa trờn những tiờu chuẩn được ban hành. Trờn tàu cú thiết bị xử lý nước thải đó được cấp giấy chứng nhận thỏa món cỏc yờu cầu khai thỏc với kết quả thử thiết bị được ghi vào giấy chứng nhận ngăn ngừa ụ nhiễm do nước thải đó được cấp cho tàu. Ngoài ra, việc thải khụng làm xuất hiện cỏc vật nổi nhỡn thấy được và khụng làm thay đổi màu nước xung quanh. Tàu nằm ở vựng nước thuộc chủ quyền của một quốc gia nào đú được thải nước thải phự hợp
với những yờu cầu ớt nghiờm ngặt hơn khi được chớnh quyền này cho phộp (Quy định 8, phụ lục III); Khi nước thải cú lẫn cỏc phế liệu hoặc cỏc loại nước cú cỏc yờu cầu thải khỏc thỡ việc thải này phải tuõn thủ theo yờu cầu nghiờm ngặt hơn.
Theo quy định của cụng ước thỡ cỏc tàu cú dung tớch từ 400RT trở lờn và những tàu chở trờn 15 người phải được kiểm tra và cấp giấy chứng nhận quốc tế về ngăn ngừa ụ nhiễm do nước thải cho tàu (Quy định 4-5, phụ lục III). Giấy chứng nhận này khụng được cấp cho tàu mang cờ của quốc gia khụng phải là thành viờn của Cụng ước Marpol.