Bộ máy tiêu hóa ở heo con phát triển rất nhanh. Heo sơ sinh, dung tích dạ dày nhỏ, đến 10 ngày tuổi đã tăng gấp 3 lần và sau 20 ngày sức chứa của dạ dày đạt 200ml, đến 2 tháng tuổi có thể chứa 2 lít. Ở ngày đầu, dung tích ruột non khoảng 100ml, 20 ngày sau đã tăng 7 lần và đến tháng thứ 3 đạt được 6 lít. Ruột già ở heo sơ sinh có dung tích 40-50ml, 20 ngày tăng lên 100ml và sau đó tăng rất nhanh cả về trọng lượng lẫn chiều dài ruột [4], [24], [28].
Hoạt động của enzyme tiêu hóa: Ở heo con mới sinh, sự phân tiết các enzyme tiêu hóa ở dạ dày và ruột non rất kém, chỉ đủ sức tiêu hóa các loại thức ăn đơn giản, dễ tiêu như sữa mẹ [24], [28], [37]. Lúc đầu, tụy tạng phân tiết nhiều lactase và lipase giúp tiêu hóa sữa dễ dàng. Còn các enzyme khác như maltase, trypsin, amylase, saccharase phân tiết rất ít nên trong 2 tuần tuổi đầu tiên, heo con không sử dụng được glucid. Khi heo con đạt 3 tuần tuổi, sự phân tiết lactase và lipase giảm, đồng thời tăng cường phân tiết các enzyme như maltase, trypsin, amylase, saccharase giúp tiêu hóa các thức ăn khác. Vì vậy, đây là thời điểm tốt để cai sữa cho heo con [24]. Số lượng và hoạt tính của các enzyme tiêu hóa sẽ tăng dần theo ngày tuổi và đến tuần thứ 7 mới đạt được mức độ như heo trưởng thành [21].
Khả năng tiết axit chlohydric (HCl) của dạ dày rất ít, chỉ đủ để hoạt hoá men pepsinogen thành pepsin. Do pepsin hoạt động yếu, sự tiêu hóa protein sữa nhờ enzyme trypsin của tuyến tụy. Mặt khác, lượng HCl tự do quá ít, không đủ làm tăng độ toan của dạ dày, do đó không ức chế được VSV có hại, chúng vẫn phát triển mạnh và gây tiêu chảy ở heo con [18], [28].