Nguyên nhân chủ quan xuất phát từ cơ quan, người tiến hành tố tụng tác động đến tâm lý người làm chứng khi tham gia tố tụng hình sự. Nguyên nhân này do những người có thẩm quyền xem nhẹ vai trò của người làm chứng, không tôn trọng quyền và lợi ích hợp pháp của họ và một phần do người làm chứng không tin tưởng vào cơ quan tiến hành tố tụng nên tạo ra hạn chế các quy định người làm chứng cụ thể như:
- Từ phía người tiến hành Tố tụng: Pháp luật tố tụng hình sự quy định nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan tiến hành tố tụng trong việc điều tra thu thập chứng cứ, đánh giá chứng cứ để làm căn cứ ra phán quyết đối với một tội phạm. Những người tiến hành tố tụng có quyền triệu tập những người biết tình tiết liên quan đến vụ án để hỏi và nghe họ trình bày về những vấn đề có liên quan đến vụ án. Nhưng không phải lúc nào vị trí vai trò của người làm chứng cũng được xác định và đánh giá một cách đúng mức bởi pháp luật quy định việc xác định tội phạm có thể căn cứ trên nhiều nguồn chứng cứ và lời khai nhân chứng chỉ là một nguồn. Trong Bộ luật Tố tụng hình sự hiện hành không quy định cụ thể về trách nhiệm của người có thẩm quyền tiến hành tố tụng trong việc đảm bảo các quyền luật định của người làm chứng do đó tình trạng quyền của người làm chứng bị vi phạm từ những người có thẩm quyền tiến hành tố tụng trong thực tế vẫn thường xảy ra.
- Về ý thức của người làm chứng: Người làm chứng thường không có ý thức được vai trò của họ trong việc phòng và chống tội phạm. Rất nhiều người làm chứng có chung suy nghĩ là làm chứng mất thời giờ, mất thu nhập và đặc biệt họ cho rằng đây là việc phiên hà rắc rối và không có lợi lộc gì. Rõ ràng đây là lỗi do người có thẩm quyền tiến hành tố tụng trong việc bảo đảm quyền được giải thích quyền và nghĩa vụ của người làm chứng khi tham gia tố tụng. Xét trong trường hợp này người làm chứng có quyền khiếu nại, nhưng trong thực tế chẳng có trường hợp nào người làm chứng khiếu nại hành vi của Điều tra viên hay Thẩm phán đã quên giải thích quyền và nghĩa vụ cho họ hoặc giải thích không đầy đủ, không chính xác. Bên cạnh đó việc bảo vệ quyền cơ bản của người làm chứng không được đảm bảo còn tạo cho họ tâm lý lo sợ, bị trù dập, trả thù khi tham gia làm nhân chứng. Có thể nói tâm lý người làm chứng là tác nhân quan trọng cho việc họ tham gia tố tụng làm sáng tỏ sự thật khách quan của vụ án. Với tâm lý tích cực, họ sẽ tham gia tố tụng với tinh thần trách nhiệm cao, thì việc giải quyết vụ án sẽ nhanh hơn và chính xác hơn. Còn ngược lại, với tâm lý lo sơ, họ tham gia tố tụng chỉ mang tính hình thức sẽ hướng vụ án đi theo đường khác thẩm chí còn dẫn đến oan sai trong tố tụng hình sự.
Như vậy: Thực trạng người làm chứng hiện nay là do hai nguyên nhân chính; từ những quy định còn hạn chế của luật và do từ phía người tiến hành tố tụng và tâm lý người làm chứng. Vấn đề đặt ra là đòi hỏi chúng ta từng bước hoàn thiện pháp luật để đi đến xóa bỏ những hạn chế trong quy định pháp luật. Điều này có thể tham khảo mô hình của một số nước trên thế giới, và theo chương trình của Liên hiệp quốc về bảo vệ nhân chứng. Tuy nhiên vấn đề là phải tạo niềm tin cho người làm chứng khi họ tham gia tố tụng, để họ tham gia tố tụng với tâm lý tích cực nhất. Có thế dần dần loại bỏ các nguyên nhân hạn chế người làm chứng tham gia tố tụng hình sự, để họ đóng góp vai trò vốn có của họ vào sự nghiệp đấu tranh chống tội phạm.