Lực lượng Phật giáo thời Lý rất lớn, vào cuối thế kỷ XII, số tăng đồ và dịch phu ngang nhau. Phật giáo đã đông người, lại có ruộng đất riêng, không thể không tổ chức tham gia chính quyền Trung ương và các địa phương. Các vua Lý kế thừa tổ chức tăng quan thời Đinh – Lê. Đây là tổ chức có tính chất chính quyền, liên quan chặt chẽ với hệ thống nhà nước. Một số đạo sĩ có đạo cao, có học vấn uyên bác được nhà vua tôn trọng, thì được phong là Quốc sư. Quốc sư ở đây không phải là cố vấn chính trị, mà chỉ là người giúp vua quản lý giới Phật tử, hiểu biết về đạo nghĩa về Phật giáo. Sau Vạn Hạnh là các vị Viên Chiếu, Thông Biện, Viên Thông, Không Lộ được ban danh hiệu Quốc sư.
Đồng thời nhà Lý duy trì hệ thống: tăng thống, tăng lục, tăng chính. Vào những năm 1060 có tăng thống Huệ Sinh (? – 1068) người Đông Phù Liệt, gần kinh đô Thăng Long, trụ trì chùa Vạn Tuế. Sang thời Thánh Tông,
ông được vua Lý phong là Tả nhai đô Tăng thống tước hầu. Vào cuối thế kỷ XII, quốc sư Viên Thông (1080 – 1151) trụ trì ở chùa Quốc Ân, hương Cổ Hiền, huyện Nam Định (Gia Lương, Bắc Ninh). Năm 1137, sư còn tham dự triều chính, là hạng đại thần cố mệnh giúp Lý Anh Tông giữ vững ngôi vua. Đến năm 1143, sư được phong là Tả nhai tăng thống.
Hệ thống tăng quan là tổ chức độc đáo của triều Lý. Nó không phải là tổ chức hành đạo như hòa thượng, đại đức, yết ma…Tăng quan triều Lý là những người giúp cho vua quản lý Nhà nước và các tăng đồ về mặt hành chính, đồng thời trên thực tế cũng là người bảo vệ quyền lợi của lực lượng Phật giáo.