Như chúng ta đã biết, năm 580 dòng phái Tì Ni Đa Lưu Chi và đến năm 820, thiền phái Vô Ngôn Thông được hình thành tại Việt Nam. Sang đến thời Lý, hai dòng phái này tiếp tục phát triển. Thiền phái Tì Ni Đa Lưu Chi chịu nhiều ảnh hưởng của Mật giáo, đã từng dịch kinh Đại thừa Phương Quảng Tổng trì là một kinh về Mật giáo. Do ảnh hưởng từ Mật giáo vốn có nguồn gốc từ tín ngưỡng dân gian Ấn Độ, thừa nhận các vị thần dân gian mà Phật giáo thời Lý cũng như thời Đinh – Lê trước đó, nhiều nhà sư nổi tiếng pháp thuật, dùng sấm vĩ và phong thủy trong hoạt động chính trị. Dòng phái Tì Ni Đa Lưu Chi truyền thừa được 19 thế hệ, với 59 vị cao tăng. Vào thời gian nhà Lý trị vì thì đã có 34 vị cao tăng, trong đó có các vị cao tăng như Ma
Ha, Vạn Hạnh, Sùng Phạm, Trì Bát, Huệ Sinh, Thiền Nham, Minh Không và Quốc sư Viên Thông.
Thiền phái Vô Ngôn Thông lại mang nhiều ảnh hưởng của Thiền phái Nam Phương ở Trung Quốc và có phần chịu ảnh hưởng của Tịnh Độ giáo. Dòng Vô Ngôn Thông truyền được tất cả 15 thế hệ, với 76 vị cao tăng, tới triều nhà Lý, có các bậc đại sư như Khuông Việt đại sư, thiền sư Đa Bảo, Thiền Lão, Viên Chiếu, Bảo Tính, Minh Tâm, Quốc sư Thông Biện, Mãn Giác, Đạo Huệ, Đại Xá, Nguyên Học, Hiện Quang…Dưới triều Lý, cũng giống như dòng Tì Ni Đa Lưu Chi, dòng Vô Ngôn Thông cũng có rất nhiều vị cao tăng, hoặc trực tiếp hay gián tiếp đã ra giúp rập cho các vua triều Lý. Hai dòng phái này mang tinh thần nhập thế sâu rộng, nhờ đó mà chính Phật giáo đã làm sáng cái đức của các bậc quân vương, nhiều bậc cao tăng đã từng là bậc thầy hướng dẫn tâm linh cho các vua quan. Hơn thế nữa, các bậc cao tăng triều Lý còn là những người bạn tri kỷ trên lộ trình tìm hiểu và tu học Phật pháp của các vua quan.
Dưới triều vua Lý Thánh Tông, Phật giáo Việt Nam có thêm một thiền phái nữa là thiền phái Thảo Đường. Trong cuộc chinh phạt Chiêm Thành năm 1069, vua quân Đại Việt thu được thắng lợi lớn, bắt được vua Chiêm Thành là Chế Củ và 5 vạn tù binh, trong số đó có một vị sư là thiền sư Thảo Đường người Trung Quốc. Tình cờ sư đang hoằng pháp tại đây thì bị bắt cùng với binh lính người Chiêm Thành. Khi trở về kinh đô, vua đã chia tù binh cho các quan để làm người phục dịch, tình cờ thiền sư Thảo Đường được chia cho một vị chức quan Tăng lục. Một hôm nhân lúc vị Tăng lục đi vắng, Thảo Đường đã xem những bài Ngữ lục thiền học chép tay đang để trên bàn thấy sai nhiều quá, Thảo Đường đã sửa. Khi về vị Tăng lục đã phát hiện ra đã trình bày lên vua, vua cho kẻ nô bộc kia đến hỏi, mới biết đó là thiền sư Thảo Đường, nhân lúc đi hoằng dương tại Chiêm Thành thì bị bắt. Khâm phục về
sức học và đạo đức của thiền sư, vua đã phong cho Thảo Đường làm quốc sư và thỉnh về trụ trì tại chùa Khai Quốc.
Theo Nguyễn Lang trong Việt Nam Phật giáo sử luận thì Thảo Đường
thuộc truyền thống của thiền sư Tuyết Đậu Minh Giác ở Trung Quốc. Thiền sư Tuyết Đậu lại thuốc phái Vân Môn. Đặc điểm của thiền phái Tuyết Đậu này là chủ trương dung hợp giữa Phật giáo và Nho giáo. Vân Môn và Tuyết Đậu đều là hai vị thiền sư bác học và có khuynh hướng văn học, đồng thời cả hai đều chủ trương hoằng dương đặt trong tâm cho giới tri thức, đưa Nho gia gần đến đạo phật và giúp họ trở thành những Phật tử, chính khuynh hướng Phật Nho tổng hợp này đã thống trị tư tưởng Trung Quốc trong những buổi đầu nhà Tống, và đây cũng là thời kỳ cực thịnh của phái Vân Môn ở Trung Quốc. Nhưng vì quá thiên vọng về giới thượng lưu, mà những tín ngưỡng bình dân cho đại đa số quần chúng bị bỏ rơi và thiếu sót. Điều này hẳn không tránh khỏi việc có ảnh hưởng tới quá trình hoằng dương của dòng Thảo Đường ở Đại Việt. Sau khi được phong Quốc sư, Thảo Đường cũng đã tận tâm hoằng pháp nhưng vì đã chịu ảnh hưởng tư tưởng từ phái Vân Môn, nên phái Thảo Đường tại Việt Nam chỉ truyền được 5 thế hệ, gồm 19 vị, trong đó có 10 vị là xuất gia, còn 9 vị thì 3 vị là vua.