Theo kết quả khảo sát, hầu hết các tổ chức tư vấn sử dụng nhiều phương pháp khác nhau để xác định giá trị của một doanh nghiệp. Để đưa ra một giá trị làm cở sở chào bán hoặc hỏi mua trong hoạt động M&A, giá trị trung bình có trọng số giữa các phương pháp được lựa chọn để xác định giá trị doanh nghiệp. Tỉ trọng giữa các phương pháp được căn cứ vào tính chắc chắn và đáng tin cậy của dữ liệu thu thập. Cách tính giá trị trung bình có trọng số này sẽ cho kết quả hợp lý hơn, nhưng lại hàm chứa yếu tố cảm tính và chủ quan cao, vì vậy, giá trị doanh nghiệp sẽ phụ thuộc nhiều vào ý muốn của người định giá.
Nhiều tổ chức tư vấn là công ty kiểm toán ưa thích sử dụng phương pháp tài sản để xác định giá trị doanh nghiệp cổ phần hóa. Thực trạng các công ty nhà nước cổ phần
hóa có tài sản lạc hậu cũ kỹ dẫn đến giá trị doanh nghiệp theo phương pháp này rất thấp, không phản ánh được những giá trị vô hình của doanh nghiệp. Ngoài ra, quỹ đất lớn của các công ty nhà nước cổ phần nếu được định giá theo phương pháp tài sản thì không phản ánh được những cơ hội trong tương lai khi quỹ đất này được chuyển mục đích sử dụng để tạo ra dòng thu nhập cao đột biến. Phương pháp tài sản là một phương pháp tốt, là một trong ba phương pháp được Việt Nam cho phép sử dụng để xác định giá trị doanh nghiệp cổ phần hóa. Tuy nhiên, nếu không linh hoạt trong áp dụng thực tế, sẽ bỏ sót những giá trị vô hình của doanh nghiệp và bỏ qua những cơ hội phát triển của công ty, mà lẽ ra các giá trị này phải được tính vào giá trị doanh nghiệp.
Khi lựa chọn chi phí sử dụng vốn chủ (re) để chiết khấu dòng tiền khi sử dụng phương pháp DCF, không ít các chuyên viên phân tích đã dựa vào kinh nghiệm thực tế và lãi suất trên thị trường. Trong khi đó, tỉ lệ chiết khấu này lại khác nhau giữa các công ty và tùy thuộc vào cơ cấu vốn trong doanh nghiệp đó.
Ngoài ra, các tổ chức, chuyên viên phân tích tài chính cũng chưa chú ý đến vấn đề phương pháp định giá phải phù hợp với doanh nghiệp cụ thể, và ngành nghề kinh doanh của doanh nghiệp định giá.