Ưu điểm nổi bật của phương pháp NAV là đơn giản, dễ thực hiện, không đòi hỏi những kỹ năng tính toán phức tạp. Vì vậy sẽ có kết quả nhanh chóng, phục vụ kịp thời cho việc ra quyết định. Tuy nhiên, nó bộc lộ nhiều khuyết điểm như sau:
Một là, cần nhiều chuyên gia định giá tài sản đặc thù hơn. Phương pháp tài sản
thuần (NAV) thực chất là đánh giá giá trị hiện tại của các tài sản hiện có của doanh nghiệp trừ (-) đi giá trị hiện tại của các khoản nợ. Việc đánh giá giá trị hiện tại của các khoản nợ không gây khó khăn nhiều đối với những chuyên gia phân tích tài
chính và do vậy cũng không tốn kém nhiều chi phí. Ngược lại, việc xác định giá trị hiện tại của những tài sản của doanh nghiệp định giá là một trở ngại của phương pháp NAV. Một danh mục tài sản chuyên dụng trong từng lĩnh vực cần phải được thẩm định bởi những chuyên gia trong lĩnh vực đó. Do vậy, một dự án định giá doanh nghiệp sản xuất luôn cần một đội ngủ nhiều chuyên gia trong nhóm định giá, do đó, chi phí thực hiện dự án khá cao.
Hai là, không có hướng dẫn cụ thể hoặc có nhưng không phán ánh đầy đủ giá trị tài
sản vô hình. Phương pháp NAV về mặt lý thuyết chưa tính đến giá trị vô hình. Những văn bản hướng dẫn các phương pháp định giá cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước của Bộ Tài chính, cũng như thực tiễn áp dụng trên thế giới không có hướng dẫn cụ thể cách xác định giá trị vô hình của doanh nghiệp. Vì vậy, việc xác định giá trị của tài sản vô hình sẽ phụ thuộc rất nhiều vào chủ quan của người định giá dẫn đến việc giá trị của chúng có thể được định giá quá cao hoặc quá thấp so với giá trị hợp lý.
Ba là, chưa tính đến giá trị của những tiềm năng hay cơ hội phát triển trong tương
lai của doanh nghiệp. Giá trị doanh nghiệp được xác định theo phương pháp NAV là giá trị thị trường của những tài sản thuần của doanh nghiệp tại thời điểm định giá chứ không phải là giá trị tương lai mà doanh nghiệp tạo ra. Do vậy, đây không phải là phương pháp thích hợp dùng để xác định giá trị của những doanh nghiệp có tiềm năng tăng trưởng cao trong tương lai vì nó sẽ cho kết quả giá trị quá thấp hơn mong đợi.
Chính vì những hạn chế đó mà phương pháp này không phù hợp để xác định giá trị doanh nghiệp có nhiều tài sản vô hình. Tuy nhiên, nó có thể áp dụng đối với đa số các loại hình doanh nghiệp mà tài sản của doanh nghiệp chủ yếu là tài sản hữu hình.