Nếu chỉ giao kinh phớ mà khụng quy định rừ trỏch nhiệm của lónh đạo cỏc cơ quan đối với việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ của mỡnh thỡ khụng cú cơ sở để buộc cỏc cơ quan phải tự chịu trỏch nhiệm. Kết quả là cơ quan cú thể sử dụng tiết kiệm kinh phớ được giao, tiết kiệm biờn chế nhưng bằng cỏch giảm bớt khối lượng cụng việc mà mỡnh đỏng lẽ phải làm. Để khắc phục điều này, cần xõy dựng rừ ràng chức năng, nhiệm vụ cho từng cơ quan, tiến tới xõy dựng cỏc bản giao việc cụ thể cho từng cỏn bộ, cụng chức. Cỏi gỡ giao cụ thể thỡ mới cú thể quản lý và quy trỏch nhiệm được.
Ngược lại, nếu chỉ giao kinh phớ và quy định trỏch nhiệm đối với cỏc cơ quan nhà nước, nhưng lónh đạo cỏc cơ quan đú khụng cú được sự chủ động, linh hoạt tương ứng để sử dụng cú hiệu quả nhất kinh phớ được giao và thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của mỡnh thỡ lónh đạo cỏc cơ quan sẽ khụng cú thực quyền. Để khắc phục điều này, lónh đạo cỏc đơn vị thực hiện chế độ tự chủ cần được thực sự tự chủ về cả mặt tài chớnh và nhõn sự. Trong sử dụng, cỏc cơ quan phải được quyền chủ động sử dụng hết hay khụng hết số biờn chế được giao mà khụng ảnh hưởng đến kinh phớ quản lý hành chớnh được nhận. Đối với cơ quan Nội vụ, để đảm bảo giao biờn chế tự chủ cho cỏc đơn vị phự hợp với tớnh chất, khối lượng và chất lượng cụng việc của từng cơ quan, cần tiến hành điều tra, đỏnh giỏ việc thực hiện kết quả cụng việc của từng cơ quan, đối chiếu so sỏnh với chức năng, nhiệm vụ đó được giao để xỏc định mức biờn chế hợp lý giao cho cỏc đơn vị.
Cuối cựng, nếu chỉ quy định quyền hạn và trỏch nhiệm đối với cỏc cơ quan, nhưng khụng giao đủ kinh phớ đi kốm thỡ cỏc cơ quan sẽ khụng cú phương tiện thực tế để thực hiện quyền tự chủ của mỡnh. Kết quả, việc giao tự chủ sẽ chỉ cũn là hỡnh thức, và khi cỏc cơ quan thực hiện xong chế độ tự chủ mà khụng thấy cú chuyển biến gỡ thực chất trong việc quản lý đơn vị mỡnh thỡ họ sẽ khụng cũn ủng hộ cải cỏch nữa. Điều này rất nguy hiểm, vỡ cải cỏch đó đề xướng mà khụng thực hiện được đến nơi đến chốn, “đỏnh trống bỏ dựi” thỡ sẽ rất khú phỏt động lại cải cỏch đú một lần thứ hai. Để khắc phục điều này, cần lưu ý khi xỏc định mức kinh phớ giao tự chủ, khụng nờn giao quỏ thấp đến mức cỏc cơ quan chỉ đủ chi trả lương hoặc một phần tối thiểu kinh phớ hoạt động của mỡnh, cũn khụng cú hoặc cú khụng đỏng kể khả năng tiết kiệm. Trước mắt, khả năng tiết kiệm để tăng thu nhập là một động lực lớn đối với cỏc cơ quan được giao
tự chủ. Nếu động lực này mất đi thỡ cải cỏch sẽ thất bại.
Như vậy, cốt lừi của việc thực hiện thành cụng chế độ tự chủ đơn vị cỏc cơ quan nhà nước là phải đảm bảo mối quan hệ ba chiều như đó mụ tả túm tắt trong Hỡnh 1.1.
Hỡnh 1.1: Mối quan hệ ba chiều cần đảm bảo khi thực hiện chế độ tự chủ