Trong những năm qua, bên cạnh những mặt tích cực khẳng định vai trò của Đoàn thanh niên trong việc tham gia quản lý giáo dục học sinh như đã trình bày ở trên, Đoàn TN nhà trường còn một số hạn chế nhất định trong các hoạt động của mình.
Một là các hoạt động giáo dục ngoài giờ lên lớp của Đoàn thường diễn ra không đều, thường rộ lên và tập trung vào những ngày kỷ niệm lớn trong năm như chào mừng 20 - 11, 22 - 12, 26 - 3. Sau đó thường chững lại hoặc hoạt động cầm chừng. Việc giáo dục học sinh bằng hoạt động và thông qua hoạt động còn ít.
Hai là sự phối hợp hoạt động giữa Đoàn TN và giáo viên chủ nhiệm còn chưa chặt chẽ. Một số giáo viên chủ nhiệm hết tuổi Đoàn thường ngại hoạt động, phó mặc hoạt động Đoàn cho cán bộ lớp và có người còn cho rằng chỉ đạo hoạt động công tác Đoàn không phải là việc của họ. Cán bộ Đoàn trường thường là giáo viên trẻ, ngại va chạm nên không dám nói. Thậm chí có giáo viên còn cho rằng Đoàn trường muốn hoạt động phải “nhờ” thì họ mới làm, mặc dù theo quy định thì giáo viên chủ nhiệm phải chịu mọi trách nhiệm về hoạt động toàn diện của lớp mình.
Ba là hình thức tổ chức hoạt động của Đoàn còn đơn điệu, khô cứng, chậm đổi mới nên một số hoạt động ít hấp dẫn thanh niên vì thế hiệu qủ giáo dục của một số hoạt động còn thấp.
Bốn là các Chi đoàn học sinh của các lớp hoạt động còn yếu, chỉ có bộ khung ban chấp hành, sức hút kém nên chưa tạo ra được động lực cho thanh niên phấn đấu vào Đoàn.