1. Phải đương đầu với sự cạnh tranh gay gắt của khu vực kinh tế tư nhân trong việc cung cấp các dịch vụ cho hộ nông dân: thể hiện sự suy giảm về doanh thu của dịch vụ phân bón, cụ thể năm 2011 doanh thu 968,6 triệu đồng giảm 1,6 lần so với năm 2008; dịch vụ tuốt lúa cũng đang bị cạnh tranh quyết liệt bởi máy gặt đập liên hợp của kinh tế tư nhân…
69
2. Khả năng cạnh tranh thấp kém thể hiện ở sự hạn chế của các nguồn lực: trình độ quản lý yếu kém, nguồn vốn để sản xuất kinh doanh còn hạn chế, máy móc thiết bị phục vụ sản xuất nông nghiệp chưa được đầu tư tương xứng...
3. Trình độ quản lý còn thấp, không có khả năng thu hút đội ngũ cán bộ quản lý giỏi; phần lớn đội ngũ cán bộ quản lý chưa đáp ứng được yêu cầu nhiệm vụ, cán bộ quản lý chủ yếu bằng kinh nghiệm, nhiều người chưa được bồi duỡng các kiến thức về quản lý; những cán bộ quản lý có năng lực thường được đề bạt vào vị trí cao hơn ở chính quyền xã, nguồn cán bộ quy hoạch để quản lý HTX chưa được chú trọng.
Quản lý tài chính thiếu chặt chẽ, để xã viên chiếm dụng vốn kéo dài nhiều năm nhưng không xử lý được, lúng túng trong việc xử lý tài sản cố định; một phần vì cán bộ quản lý HTX ngại va chạm, sợ mất lòng; một phần do quy chế, nội quy của HTX không quy định cụ thể việc xử lý.
4. Còn lúng túng trong đổi mới phương thức hoạt động: hợp tác xã chỉ xây dựng kế hoạch sản xuất kinh doanh ngắn hạn, thường là một năm, nên bị động trước những biến đổi của thị trường. Không có kế hoạch và định hướng kinh doanh dài hạn nên không có giải pháp để giải quyết khi gặp khó khăn.