Cho vay NNNT có những đặc điểm khác với các loại hình cho vay khác.
Thứ nhất, khách hàng giao dịch với ngân hàng đa phần là những hộ nông dân quen với các hoạt động sản xuất nông nghiệp tại địa phương, họ thường có tâm lý ngại tiếp xúc với công nghệ và các phương tiện hiện đại khi tham gia giao dịch, đồng thời cũng gặp khó khăn khi thực hiện các thủ tục vay vốn với ngân hàng. Mặt khác, khách hàng hầu như không đủ khả năng để xây dựng các phương án tài chính
hoặc dự án đầu tư vì vậy các loại giấy tờ này thường được CBTD hướng dẫn khách hàng làm theo mẫu có tính tổng quát cho đa phần các giao dịch tương tự.
Thứ hai, số lượng hộ vay lớn nhưng giá trị mỗi món vay lại nhỏ, đồng thời các hộ phân tán trên diện rộng do đó ngân hàng phải tốn kém chi phí nhiều hơn cho việc quản lý các khoản vay và thu hồi nợ.
Thứ ba, nhu cầu vay bị thay đổi theo thời vụ, theo vùng và tập quán sản xuất. Hoạt động sản xuất nông nghiệp phụ thuộc rất lớn vào điều kiện tự nhiên nên cho vay vẫn tiềm ẩn nhiều rủi ro dù món vay nhỏ.
Thứ tư, khách hàng đa phần phát triển kinh tế tổng hợp, ngoài nguồn thu chính từ trồng trọt, chăn nuôi, họ còn có nguồn thu khác như thu về dịch vụ lấy ngắn để nuôi dài, nên khi trả nợ không nhất thiết họ lấy nguồn thu hình thành từ đối tượng cho vay, mà họ có thể có nguồn thu khác. Vì vậy, doanh thu của khách hàng thường không được cụ thể và khó xác định.
Thứ năm, cho vay NNNT ngoài ý nghĩa kinh doanh còn mang ý nghĩa xã hội, tạo điều kiện cho người dân có cơ hội thoát nghèo và vươn lên làm giàu. Vì vậy, cho vay NNNT nhận được rất nhiều chính sách hỗ trợ từ Chính phủ nhằm kích thích vùng kinh tế nông thôn phát triển để xây dựng thành công nông thôn mới và nâng cao chất lượng cuộc sống cho người nông dân.