Như đã phân tích ở những phần trên, do có những đặc trưng riêng như tính sáng tạo tập thể, tính tích lũy, chọn lọc và phát triển qua thời gian, đa dạng về tri thức và do chúng ta chưa có kinh nghiệm trong việc tiếp cận đối tượng tri thức này nên việc bảo hộ và chia sẻ lợi ích tri thức bản địa gặp không ít những khó khăn về cách thức, đường lối giải quyết các vụ việc thực tế phát sinh khi chưa có những quy định hay hướng dẫn giải quyết cụ thể.
Mặc dù một nhiều đối tượng tri thức bản địa đã có quy định trong luật sở hữu trí tuệ nhưng khi áp dụng thực tế lại rất khó khăn trong việc xác định cơ chế xác lập, bảo hộ và thực thi các quyền đối với tri thức bản địa, những biện pháp để quản lý các quyền, cơ chế đăng ký và bảo hộ các tri thức bản địa, việc lập các tài liệu về tri thức bản địa, việc đưa các tri thức bản địa vào "tình trạng kỹ thuật" để tra cứu, xét nghiệm sáng chế. Muốn vậy, chúng ta phải có hướng dẫn cụ thể về hướng xác lập các phương thức bảo hộ quyền của người nắm giữ tri thức bản địa theo phương thức bảo hộ nào của luật sở hữu trí tuệ, phương thức bảo vệ tác giả hay quyền sở hữu công nghiệp như sáng chế, bí mật kinh doanh, nhãn hiệu, tên thương mại và chỉ dẫn địa lý…Việc thiết lập một cơ sở dữ liệu, nơi dùng để kiểm tra, đối chiếu thông tin về tình trạng của các tri thức bản địa cũng rất cần thiết khi muốn xem xét cấp một quyết định bảo hộ, tuy nhiên chúng ta vẫn chưa xây dựng được cơ sở dữ liệu này.
Ví dụ 1: Do biết được ý định của anh Nguyễn Văn Trọng (giúp việc trong cửa hàng bốc thuốc của ông trước đây) làm đơn xin cấp giấy chứng nhận bảo hộ sáng chế về bài thuốc trị đau dạ dầy của dòng họ mình, tháng 12/ 2008 Ông Đỗ Văn Xường (Ông Lang Xường), trưởng họ Đỗ địa chỉ Mạo Khê, Quảng Ninh, đến văn phòng luật sư Winco xin tư vấn và làm hợp đồng dịch vụ đăng ký bảo hộ tại đây. Một số người trong dòng họ khi biết tin ông Xường xin đăng ký bảo hộ phương thuốc gia truyền kia cùng đến kiến nghị đòi phải có
tên trong việc cấp giấy chứng nhận bảo hộ cho phương thuốc gia truyền kia. Luật sư thụ lý cho rằng có thể áp dụng phương thức bảo hộ bí mật kinh doanh trong luật sở hữu trí tuệ (Điều 4. 23) để xin cấp đăng ký bảo hộ cho phương thuốc gia truyền kia do phương thức này mang lại lợi thế cạnh tranh cho cơ sở hành nghề bốc thuốc của ông Xường, đồng thời bí mật kinh doanh của ông Xường có liên quan tới thông tin kỹ thuật khoa học và thương mại, đây là điều kiện tiên quyết để xem xét có được xem là thông tin bí mật thương mại hay không. Điều kiện về chủ thể có thể nhận bảo hộ là cá nhân hoặc tổ chức… Tuy nhiên, ông Xường không đồng ý nếu cho người khác đứng tên cùng mình trong bản đăng ký bảo hộ bí mật kinh doanh cho phương thuốc của mình và cho rằng bí mật về phương thuốc bí truyền là của dòng họ ông đã tìm ra, thử nghiệm, thực hành và lưu truyền từ nhiều thế hệ thì chỉ thuộc dòng họ ông, người ngoài dòng họ không được phép và không có căn cứ xin đăng ký bảo hộ. Những người trong họ đứng tên trong đơn cũng không hợp lý vì dòng họ chỉ ghi nhận là tộc trưởng mới được truyền bá phương thuốc (đã ghi trong gia phả và các ghi nhớ của dòng họ). Do ông Xường không đồng ý với tư vấn của luật sư nên không tiếp tục làm đơn xin cấp bảo hộ nữa. Ông Xường cũng gửi đơn nhờ Hội y học dân tộc Quảng Ninh có ý kiến phản đối đối với việc làm của anh Trọng.
Như vậy có thể thấy những mong muốn mà người nắm giữ tri thức bản địa đưa ra khác tiêu chí bảo vệ của luật sở hữu trí tuệ. Có vẻ như khi áp dụng luật sở hữu trí tuệ ở đây không đảm bảo hết quyền lợi về nhân thân cho người nắm giữ. Những giá trị mà tri thức truyền thống ở đây là những giá trị được đúc rút từ nhiều thế hệ khác hẳn những biểu hiện mang tính công thức từ Luật Sở hữu trí tuệ.
Ví dụ 2: Nhãn hiệu Hình cho sản phẩm ngói [39].
Hình họa mô tả đường nét kiến trúc cổng chùa tại địa phương đã được sử dụng lâu đời trên sản phẩm ngói truyền thống của người dân nơi đây; một
cơ sở sản xuất đã đăng ký nhãn hiệu cho sản phẩm ngói và sử dụng độc quyền trên sản phẩm ngói; khi thị trường sản phẩm phát triển, các cơ sở sản xuất khác tại địa phương đã khiếu kiện yêu cầu hủy bỏ nhãn hiệu hình nói trên.
Vụ tranh chấp quyền sở hữu công nghiệp sản phẩm ngói lợp ở Tây Sơn, tỉnh Bình Định giữa một bên là cơ sở Sơn Vũ của ông Ngô Văn Diệu và một bên là cơ sở gạch ngói Tám Tha và cả làng nghề gạch ngói Phú Phong - Tây Sơn (Tỉnh Bình Định). Vụ kiện đã đi từ cấp sơ thẩm tới giám đốc thẩm xoay quanh việc sử dụng phần "hình" trên giấy chứng nhận đăng ký nhãn hiệu hàng hóa cho cơ sở Sơn Vũ - đã được Cục Sở hữu trí tuệ cấp số 54406. Cả hai bản án của tòa sơ thẩm và tòa phúc thẩm tuyên buộc ông Tám Tha phải đình chỉ sản xuất ngói có hoa văn hình cổng chùa và phải bồi thường thiệt hại cho ông Ngô Văn Diệu 87.200.000 đồng. Tuy nhiên sau này, sau khi tham khảo ý kiến nhiều bên gồm này của Sở Khoa học và Công nghệ Bình Định, và sau khi hỏi ý kiến của hai bên đương sự - ông Tám Tha cùng làng nghề Phú Phong và ông Ngô Văn Diệu, ngày 16-11-2006, Cục Sở hữu trí tuệ có văn bản số 2766/SHTT-TTKN gởi các bên đương sự, thông báo kết luận giải quyết vụ việc này. Cục Sở hữu trí tuệ kết luận như sau: "Cơ sở Sơn Vũ do ông Ngô Văn Diệu làm chủ đã không cung cấp thông tin đầy đủ về nguồn gốc xuất xứ của hoa văn hình "cổng chùa" cho cơ quan quản lý nhà nước về sở hữu công nghiệp trong quá trình đăng ký bảo hộ nhãn hiệu. Vì vậy Cục Sở hữu trí tuệ chấp nhận đề nghị hủy bỏ một phần hiệu lực giấy chứng nhận ĐK NHHH số 54406 bảo hộ nhãn hiệu "C.S Sơn Vũ & Hình". Cụ thể là hủy bỏ phần hiệu lực bảo hộ nhãn hiệu "Hình" của giấy chứng nhận ĐK NHHH số 54406 theo quy định tại Điều 220 Luật Sở hữu trí tuệ, Điều 15.2, Điều 15.4, Điều 29 Nghị định 63/CP ngày 24-10-1966 được sửa đổi bổ sung theo Nghị định 06/2001/NĐ-CP của Chính phủ về hủy bỏ hiệu lực văn bằng bảo hộ được cấp không phù hợp với quy định của pháp luật với lý do cơ sở Sơn Vũ đã nộp đơn trên cơ sở không trung thực theo quy định tại Điều 15.2 và 15.4 Nghị định 63/CP. Phần chữ "C.S SON VU" vẫn được bảo hộ". Văn bằng bảo hộ (phần hình) được cấp
cho cơ sở Sơn Vũ của ông Ngô Văn Diệu không phù hợp với quy định pháp luật và đã được hủy bỏ, là cơ sở pháp lý vững chắc cho ông Tám Tha và làng nghề Phú Phong - Tây Sơn khiếu nại đến Ủy ban thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao xem xét lại bản án theo trình tự giám đốc thẩm hoặc tái thẩm một cách công bằng, đúng pháp luật và đúng đạo lý và ông Tám Tha và làng nghề không hề xâm phạm "sở hữu trí tuệ" của ông Diệu.
Nhìn nhận sự việc theo quan điểm của pháp luật bảo vệ tri thức bản địa thì thấy rằng, việc khai nhận trong hồ sơ xin đăng ký nhãn hiệu hàng hóa của Cơ sở sản xuất Sơn Vũ không trung thực khi không nêu rõ xuất xứ, nguồn gốc của hình ảnh là ở đâu, vì sao? Việc lấy hình ảnh chung của làng nghề truyền thống để đăng ký độc quyền là vi phạm quy định luật về nhãn hiệu hàng hóa.
Một số vụ việc khác đã được giải quyết thành công theo hướng áp dụng phương thức bảo hộ của các sản phẩm thuộc sở hữu trí tuệ như sáng chế, nhãn hiệu hàng hóa, tên gọi xuất xứ hàng hóa… Ví dụ [4]:
- Sáng chế "Thuốc cai nghiện ma túy từ thảo mộc" đề cập đến một chế phẩm dược liệu truyền thống được sử dụng để ngăn chặn sự tích lũy thuốc đáp ứng đầy đủ các tiêu chuẩn bảo hộ sáng chế như có tính mới trên thế giới, có trình độ sáng tạo và có khả năng áp dụng công nghiệp, đã được cấp Bằng độc quyền sáng chế số 1 017 ngày 09/9/1999.
- Nhãn hiệu hàng hóa "Dầu gió Trường Sơn và hình" được sử dụng cho các sản phẩm dầu gió, dầu nóng truyền thống được sản xuất từ dược liệu đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký nhãn hiệu hàng hóa số 30 848 ngày 12/5/1999.
- Tên gọi xuất xứ hàng hóa "Phú Quốc" dùng cho sản phẩm nước mắm được sản xuất tại vùng huyện đảo Phú Quốc với công nghệ khai thác và sản xuất truyền thống của địa phương tạo ra chất lượng đặc thù của sản phẩm, đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký tên gọi xuất xứ hàng hóa.
Do thiếu sự hướng dẫn từ phía Bộ Tư pháp và các cơ quan chuyên môn khác nên nhìn chung hướng giải quyết vụ việc được các luật sư tư vấn giải quyết là:
- Tôn trọng và bảo vệ quyền và lợi ích chính đáng của chủ nhãn hiệu và của cộng đồng.
- Hài hòa lợi ích trên cơ sở cùng chia sẻ giữa chủ thể quyền sở hữu trí tuệ (chủ sở hữu nhãn hiệu- người khai thác/thương mại hóa sản phẩm tri thức truyền thống) và cộng đồng dân cư địa phương (người nắm giữ, lưu truyền tri thức truyền thống)
- Khuyến nghị chuyển từ hình thức bảo hộ nhãn hiệu thông thường sang hình thức nhãn hiệu tập thể để sử dụng chung cho các doanh nghiệp tại địa phương có hoạt động thương mại hóa sản phẩm tri thức truyền thống.
Như vậy, có thể thấy luật Việt Nam đã bắt đầu quan tâm bảo vệ tri thức truyền thống cũng như quyền của người nắm giữ tri thức này thông qua việc ghi nhận: Bảo vệ quyền tập thể của nhóm người, buộc dẫn chiếu xuất xứ sản phẩm, tác phẩm khi tác giả của sáng chế hay tác phẩm có yêu cầu bảo hộ theo một phương thức bảo hộ của quyền sở hữu trí tuệ, hoặc đặt ra yêu cầu tôn trọng giá trị truyền thống, di sản, văn hóa, môi trường nếu là tác phẩm hay sáng chế muốn nhận được chứng nhận bảo hộ… Tuy nhiên về tổng thể vẫn cần có những giải pháp chung, đồng bộ để có thể đưa ra hướng giải quyết cho mỗi trường hợp thuộc các mảng khác nhau của loại hình tri thức này.