Thực chất của vấn đề là việc sử dụng quyền sở hữu trí tuệ như thế nào thông qua cơ chế cấp bằng sáng chế Patent để quản lý tài nguyên gen, cách tiếp cận và sử dụng tri thức bản địa liên quan tới tài nguyên gen được tốt hơn. Như trên đã từng phân tích, tùy thuộc vào phạm vi bảo hộ mà hiện nay tồn tại các quyền sở hữu trí tuệ khác nhau. Theo tiến trình của WTO và TRIPs thì việc đưa Hiệp định TRIPs về các khía cạnh liên quan tới thương mại của quyền sở hữu trí tuệ trong khuôn khổ WTO là một bước tiến quan trọng của hệ thống bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ quốc tế, đưa ra những quy định khắt khe hơn đối với đơn xin cấp bằng bảo hộ sáng chế. Tuy nhiên tri thức bản địa vẫn có cơ hội được bảo hộ theo cơ chế này.
Điều 27 Hiệp định TRIPs quy định Đối tượng/điều kiện có khả năng được cấp Patent là: bất kỳ một sáng chế nào, dù là sản phẩm hay là quy trình,
sáng tạo và có khả năng áp dụng công nghiệp; các patent phải được cấp và các quyền patent phải được hưởng không phân biệt nơi tạo ra sáng chế, lĩnh vực công nghệ và bất kể các sản phẩm được nhập khẩu hay được sản xuất trong nước (có loại trừ các trường hợp ở Khoản 4 Điều 65, Khoản 8 Điều 70
quy định về thời hạn chấp nhận ràng buộc của Hiệp định).
Tuy nhiên, các thành viên có thể loại trừ không cấp patent cho những sáng chế cần phải bị cấm khai thác nhằm mục đích thương mại trong lãnh thổ của mình để bảo vệ trật tự công cộng hoặc đạo đức xã hội, kể cả để bảo vệ cuộc sống và sức khỏe của con người và động vật hoặc thực vật hoặc để tránh gây nguy hại nghiêm trọng cho môi trường, với điều kiện những ngoại lệ đó được quy định không chỉ vì lý do duy nhất là việc khai thác các sáng chế tương ứng bị pháp luật của nước đó ngăn cấm (Khoản 2 Điều 27).
Đặc biệt, khoản 3 quy định một số ngoại lệ không cấp patent cho:
a) các phương pháp chẩn đoán bệnh, các phương pháp nội và ngoại khoa để chữa bệnh cho người và động vật;
b) thực vật và động vật không phải là các chủng vi sinh, và các quy trình sản xuất thực vật và động vật, chủ yếu mang tính chất sinh học và không phải là các quy trình phi sinh học hoặc vi sinh.
Như vậy, các đối tượng bị loại trừ rất hạn hẹp, hầu hết liên quan tới công nghệ sinh học. Một số nhà phân tích chính sách cho rằng nếu kết hợp quy định của cả hai đoạn trên lại thì hiển nhiên là về nguyên tắc các sáng chế trong lĩnh vực công nghệ sinh học cũng phải có khả năng được cấp patent giống như sáng chế trong lĩnh vực khác (đoạn 1 Điều 27). Theo Tiến sĩ Peter- Tobibas Stoll, Viện Luật quốc tế châu Âu Đại học Georg - August Gottingen [40] việc có quy định ở Đoạn 1 Điều 27 làm cho khả năng được cấp bằng sáng chế cho các tri thức bản địa về Gen tăng lên. Tuy vậy, tùy vào quan điểm của các quốc gia thành viên, các quốc gia này có thể không bảo hộ sáng chế với "Phương
động vật" (Điểm a, khoản 3, Điều 27). Hoặc bản thân "cây trồng và động vật"
liên quan đến patent cấp cho các phương pháp khoa học.
Vì đây là vấn đề còn tranh cãi nên khi xây dựng Hiệp định TRIPs, Điểm 3 Điều 27 ghi nhận "Các quy định này sẽ được xem xét lại sau 4 năm
hiệp định WTO có hiệu lực". Các phương pháp chuẩn đoán, chữa bệnh và
phương pháp điều trị bệnh cho người và động vật, quy trình vi sinh mang bản chất sinh học được xem là một trong những phần gắn nhiều với nội dung của tri thức truyền thống cần bảo vệ, tuy nhiên cho tới nay, qua nhiều vòng đàm phán Quatas và Doha dường như các nước vẫn chưa tìm ra được một giải pháp phù hợp cho việc có nên cấp, cấp như thế nào, thủ tục ra sao với loại hình tri thức này.
Ở đây một vấn đề nảy sinh cần giải quyết là liệu khi xem xét quyền sở hữu trí tuệ với các đối tượng liên quan tới đa dạng sinh học có xảy ra mâu thuẫn về quyền và cách thức bảo vệ hay không? Trực tiếp vấn đề có thể gọi là liệu rằng Hiệp định TRIPs có mâu thuẫn với các công ước về bảo tồn đa dạng sinh học mà đứng đầu là Công ước đa dạng sinh học hay không? Khi xem xét xem liệu sở hữu trí tuệ có xung đột với các quyền về tài nguyên di truyền hay không, người ta phải xem xét đến mục tiêu việc bảo hộ là gì. Theo quan điểm kinh tế thì thông tin di truyền là một bộ phận quan trọng của tài nguyên di truyền, trong khi đó Bằng sáng chế và quyền của người chọn tạo giống cây trồng lại bảo vệ các tri thức liên quan khác, chẳng hạn như công nghệ. Tuy nhiên, quyền đối với sáng chế, không giống như các biện pháp bảo vệ phát minh, không bảo hộ thông tin di truyền có được từ vật liệu sinh học đó mà bảo vệ việc khai thác thương mại dựa trên thông tin di truyền này và đã được mô tả. Do đó, không tồn tại sự xung đột pháp lý trực tiếp.
Vượt ra khỏi phạm vi những xung đột trực tiếp, người ta còn xem xét tính hiệu quả và sự khẳng định về quyền. Theo đó quyền sở hữu trí tuệ có thể được đảm bảo một cách có ý nghĩa và được công nhận trên phạm vi toàn cầu,
mặc dù trong thực tế điều này đòi hỏi những nỗ lực lớn. Với tri thức bản địa, chúng ta cũng có thể áp dụng các biện pháp dân sự và hình sự chống lại việc sử dụng và thương mại hóa tri thức truyền thống có được một cách bất hợp pháp hoặc lấy từ nước ngoài. Ngược lại, quyền sở hữu đối với tài nguyên di truyền không cho phép chủ sở hữu có được bất cứ hình thức bảo hộ sáng chế hoặc nhãn hiệu nào. Thậm chí chủ quyền quốc gia đối với tài nguyên di truyền cũng như tư cách sở hữu có được từ việc tiếp cận tài nguyên di truyền do quốc gia xuất xứ cho phép đều không tạo nên được một hình thức hợp pháp nào theo nghĩa nêu trên.