Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác quản lý mặt hàng bánh kẹo nhập khẩu trên thị trường nội địa trong thời gian qua vẫn còn một số tồn tại, hạn chế sau:
Về hệ thống văn bản pháp lý: Các văn bản quy phạm pháp luật về kinh doanh chưa đầy đủ, đồng bộ, chưa theo kịp với tình hình thực tiễn, nhất là trong bối cảnh hội nhập sâu vào kinh tế thế giới. Tuy các văn bản pháp luật tương đối nhiều nhưng chất lượng chưa cao, hạn chế về nội dung như mang tính chung chung, chưa có hướng dẫn cụ thể đối với đối tượng kinh doanh bánh kẹo nhập khẩu. Cơ chế, chính sách khuyến khích kinh doanh các mặt hàng nhập khẩu mới được xây dựng,
chưa được triển khai trong thực tế. Ngoài ra Luật thương mại, các Nghị định quy định về kinh doanh bánh kẹo, nhãn mác, xuất xứ chưa rõ ràng, chưa có quy định cụ thể cho mặt hàng thực phẩm nhập khẩu.
Về tổ chức bộ máy quản lý: Hệ thống quản lý nhà nước từ Bộ đến các địa phương về kinh doanh bánh kẹo nhập khẩu nhìn chung còn yếu về nguồn lực; hoạt động còn phân tán, thiếu tính đồng bộ. Sự phối hợp giữa Bộ Công thương và Bộ Y tế (trên thị trường và tiêu dùng) còn hạn chế, phối hợp giữa các cơ quan chức năng còn chưa hợp lý và rõ ràng, sự phối hợp giữa các cơ quan chức năng chưa ăn ý, “việc ai người ấy làm”. Việc sắp xếp hệ thống tổ chức chưa khoa học và đi ngược lại với quy luật về quản lý. Mặt khác càng xuống các cấp thấp thì nguồn lực tài chính càng ít và hạn hẹp. Điều này làm giảm khả năng tổ chức điều hành cũng như thực thi công tác quản lý chất lượng. Quy định của các Bộ, Ngành liên quan về hình thức xem ra rất chặt chẽ nhưng thực chất rất lỏng lẻo.
Công tác kiểm tra, thanh tra và xử lý vi phạm: chưa được chú trọng, chưa có hệ thống thanh tra chuyên ngành về quản lý kinh doanh, hoạt động kiểm tra, thanh tra chưa được tiến hành thường xuyên và chủ động, chưa đáp ứng được yêu cầu quản lý nhà nước; chế tài xử lý vi phạm chưa đủ mạnh, quá mềm mỏng, không đủ sức răn đe đối với các hành vi vi phạm chất lượng và VSATTP đối với mặt hàng bánh kẹo nhập khẩu. Tại các tuyến cơ sở, nhất là xã phường, việc xử phạt các sai phạm về kinh doanh bánh kẹo nhập khẩu còn buông lỏng, đa phần chỉ nhắc nhở... trong khi ý thức người sử dụng thực phẩm và cộng đồng về an toàn thực phẩm lại chưa cao. Công tác quản lý kinh doanh bánh kẹo nhập khẩu ở khâu nhập khẩu mới chỉ dừng lại ở việc kiểm soát giấy tờ, nguồn gốc trong khi việc kiểm tra chất lượng của sản phẩm thì lại được thực hiện rất sơ sài thông qua việc đánh giá cảm quan bên ngoài, thiếu những kiểm nghiệm mang tính khoa học. Trong khi đó, ở khâu lưu thông thì tình trạng hàng giả, hàng nhái, hàng kém chất lượng vẫn còn tồn tại rất nhiều trên thị trường.