SHB là Ngân hàng thương mại cổ phần được thành lập tại nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam. Tiền thân của SHB là Ngân hàng thương mại cổ phần Nông Thôn Nhơn Ái được thành lập theo Quyết định số 214/QĐ-NH5 và Giấy phép hoạt động số 0041-NH/GP do Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam cấp ngày 13/11/1993 và chính thức đi vào hoạt động ngày 12/12/1993. Ra đời trong bối cảnh nền kinh tế đất nước chuyển từ nền kinh tế kế hoạch hóa tập trung sang cơ chế thị trường có sự quản lý của Nhà nước và theo chủ trương của Chính phủ, đây là giai đoạn đổi mới và thực hiện pháp lệnh ngân hàng, hợp tác xã và Công ty tài chính, vốn điều lệ đăng ký ban đầu là 400 triệu đồng. Thời gian đầu mới thành lập mạng lưới hoạt động của ngân hàng chỉ có một trụ sở chính đơn sơ đặt tại địa chỉ số 341 – Ấp Nhơn Lộc 2 – Thị tứ Phong Điền – Huyện Châu Thành – Tỉnh Cần Thơ (cũ) nay là Huyện Phong Điền – Thành phố Cần Thơ. Với địa bàn hoạt động bao gồm vài xã thuộc Huyện Châu Thành, đối tượng cho vay chủ yếu là các hộ nông dân với mục đích vay phục vụ sản xuất nông nghiệp và tổng số cán bộ nhân viên lúc bấy giờ có 08 người.
Trong hoạt động kinh doanh xét trên phương diện an toàn vốn, SHB là một ngân hàng bền vững với cơ sở vốn hiện tại đủ để đảm bảo SHB tiếp tục phát triển nhanh trong thời gian tới. Với cơ sở vốn vững mạnh và tỷ lệ an toàn vốn cao cùng với văn hóa tín dụng thận trọng, chính sách và quy trình hợp lý đảm bảo chất lượng tài sản tốt với khả năng phát triển danh mục tín dụng khả quan vì vậy kết quả hoạt động kinh doanh của SHB trong những năm qua năm sau luôn cao hơn năm trước, các chỉ tiêu tài chính đều đạt và vượt kế hoạch đề ra.
Ngày 20/01/2006, Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam đã ký Quyết định số 93/QĐ-NHNN về việc chấp thuận cho SHB chuyển đổi mô hình hoạt động
từ Ngân hàng thương mại cổ phần nông thôn sang Ngân hàng thương mại cổ phần đô thị với tên viết tắt là SHB với vốn điều lệ hơn 70 tỷ đồng, từ đó tạo được thuận lợi cho ngân hàng có điều kiện nâng cao năng lực về tài chính, mở rộng mạng lưới hoạt động kinh doanh, đủ sức cạnh tranh và phát triển, đánh dấu một giai đoạn phát triển mới của SHB và đây là Ngân hàng thương mại cổ phần đô thị đầu tiên có trụ sở chính tại Thành phố Cần thơ – Trung tâm tài chính tiền tệ của khu vực Đồng bằng Sông Cửu Long.
Ngày 10/02/2007, Tập đoàn Công nghiệp Than – Khoáng sản Việt Nam và Tập đoàn Công nghiệp Cao su Việt Nam chính thức trở thành cổ đông chiến lược của SHB. Trước đó Tập đoàn T&T đã trở thành cổ đông chiến lược của SHB. Vào ngày 14/11/2007, Công ty cổ phần Chứng khoán Sài Gòn – Hà Nội được thành lập trong đó SHB là cổ đông sáng lập. Tiếp theo đó SHB góp vốn thành lập các công ty liên kết (Công ty cổ phần Quản lý Quỹ đầu tư Sài Gòn – Hà Nội, Công ty cổ phần Bảo hiểm SHB – Vinacomin), thành lập công ty con (Công ty Quản lý nợ và khai thác tài sản SHAMC). Việc thành lập các công ty vệ tinh đã định hình SHB là một tập đoàn tài chính đa năng.
Năm 2008, SHB chuyển trụ sở chính từ Cần Thơ ra Hà Nội và tăng vốn điều lệ từ 500 tỷ đồng lên 2.000 tỷ đồng khẳng định bước ngoặt lớn trong quy mô, vị thế, tiềm lực của SHB.
Năm 2009 SHB là ngân hàng thứ ba trong khối NHTM niêm yết 200 triệu cổ phiếu trên Sở Giao dịch Chứng khoán Hà Nội (HNX) với mã chứng khoán SHB. Cũng trong năm này, SHB đã được HNX trao tặng danh hiệu cổ phiếu có tính thanh khoản cao nhất thị trường Hà Nội.
Năm 2010 SHB phát hành thành công 150 triệu cổ phiếu tăng vốn điều lệ lên 3.497 tỷ đồng. Đồng thời, SHB phát hành thành công 1.500 tỷ đồng trái phiếu chuyển đổi. Năm 2010 SHB được vinh danh là một trong ba mươi doanh nghiệp có Báo cáo Thường niên tốt nhất trên thị trường chứng khoán. Cũng trong năm 2010 SHB chính thức đưa vào hoạt động hệ thống CoreBanking mới, hiện đại và hệ thống công nghệ thẻ SmartVisa, đưa SHB trở thành một trong những ngân hàng thương mại cổ phần có công nghệ hiện đại nhất hiện nay.
Tháng 05/2011 SHB đã chuyển đổi thành công 1.500 tỷ đồng trái phiếu chuyển đổi để nâng vốn điều lệ của SHB lên 4.815 tỷ đồng, đưa SHB vào TOP 15 ngân hàng thương mại cổ phần hàng đầu Việt Nam.
Ngày 09/02/2012, tại Thủ đô Phnompenh vương quốc Campuchia, SHB đã tổ chức Lễ khai trương Chi nhánh SHB Phnompenh. Với tổng mức đầu tư hơn 37 triệu USD, Chi nhánh SHB Phnompenh triển khai hoạt động dịch vụ NHBL và các dịch vụ tài chính khác. Cũng trong năm này, vào ngày 15/08/2012 chi nhánh thứ hai của SHB tại thị trường nước ngoài đã chính thức đi vào hoạt động tại tỉnh Champasak ở Nam Lào, góp phần nâng cao vị thế, uy tín, hình ảnh của SHB trong nước và trên thị trường quốc tế.
Ngày 25/08/2012, SHB đã được đăng ký là cổ đông sở hữu 25 triệu cổ phần bằng 50% vốn điều lệ của Công ty cổ phần thủy sản Bình An (BIANFISHCO). Sau khi nắm giữ 50% vốn điều lệ này, SHB phối hợp cùng Công ty Mua bán nợ (DATC) tham gia vào quản trị, điều hành mọi hoạt động tại BIANFISHCO xây dựng phương án tái cấu trúc công ty.
Theo Quyết định số 1559/QĐ-NHNN ngày 07/08/2012 về việc chấp thuận sáp nhập Ngân hàng thương mại cổ phần Nhà Hà Nội (HBB) vào SHB, sau khi được Ngân hàng Nhà nước Việt Nam và Hà Nội, Ủy ban Chứng khoán Nhà nước chính thức công bố hoàn tất thương vụ sáp nhập, ngày 28/08/2012 HBB đã chính thức sáp nhập vào SHB. Việc SHB nhận sáp nhập HBB nằm trong chiến lược phát triển của SHB. Sau khi sáp nhập trở thành một định chế tài chính có quy mô lớn của Việt Nam với số vốn điều lệ gần 9.000 tỷ đồng , tổng tài sản trên 120.000 tỷ đồng, mạng lưới kinh doanh rộng lớn với trên 240 chi nhánh, phòng giao dịch trên cả nước và 02 chi nhánh SHB tại Campuchia và Lào.