Trên cơ sở hệ thống pháp luật đã được ban hành, cần phải tổ chức một hệ thống các cơ quan quản lý Nhà nước để điều hành và quản l ý thị trường dịch vụ ngân hàng theo hệ thống pháp luật này. Trong hệ thống cơ quan quản lý Nhà nước đối với thị trường dịch vụ ngân hàng của Việt Nam, Ngân hàng nhà nước Việt Nam được tổ chức theo mô hình trực thuộc Chính phủ, là cơ quan ngang bộ của Chính phủ; Luật Ngân hàng nhà nước đã quy định: “Ngân hàng nhà nước Việt Nam (sau đây gọi là Ngân hàng Nhà nước) là cơ quan ngang bộ của Chính phủ, là Ngân hàng Trung ương của nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam” [21] do vậy, Chính phủ là cơ quan quản lý ca o nhất, thống nhất quản lý và điều hành mọi hoạt động tiền tệ ngân hàng trên phạm vi cả nước, trong đó có việc quản lý thị trường dịch vụ ngân hàng. Tuy nhiên để đảm bảo thực hiện được nhiệm vụ của mình, Chính phủ lại phân công quyền hạn và trách nhiệm cụ thể cho từng cơ quan trực thuộc Chính phủ chịu trách nhiệm quản lý và điều hành thị trường dịch vụ ngân hàng theo từng khía cạnh nhất định trên cơ sở nhiệm vụ được giao. Cụ thể, các cơ quan được Chính phủ giao trách nhiệm quản lý và điều hành thị trường dị ch vụ ngân hàng bao gồm Ngân hàng Nhà nước, Bộ Tài chính và một số Bộ, ngành khác tùy theo chức năng nhiệm vụ được phân công. Bên cạnh đó, để thị trường dịch vụ ngân hàng đi đúng hướng, đúng theo các quy luật kinh tế cũng như các chủ trương về tiền tệ ngân hàng, Ngân hàng Nhà nước còn có sự tư vấn của Hội đồng tư vấn chính sách tiền tệ quốc gia, sự giám sát của một số ủy ban như ủy ban giám sát tài chính quốc gia, ủy ban kinh tế, ủy ban ngân sách của quốc hội,...
Các cơ quan quản lý nhà nước nêu trên sử dụng hệ thống pháp luật và các chính sách phát triển kinh tế vĩ mô khác nhau như: Chính sách tài khoá, chính sách tiền tệ, chính sách tỷ giá hối đoái…để định hướng và quản lý sự phát triển của thị trường dịch vụ ngân
hàng, đảm bảo thị trường ngày càng phát t riển, hoạt động trong khuôn khổ của pháp luật, phục vụ tốt nhất chiến lược phát triển kinh tế - xã hội. Tuy nhiên, để đạt được mục tiêu nêu trên, cơ chế và hệ thống cơ quan quản lý Nhà nước cần đảm bảo một số yêu cầu sau:
Thứ nhất, quản lý nhà nước không mang tính quản lý hành chính can thiệp trực tiếp, quá sâu vào hoạt động kinh doanh trên thị trường, mà phải mang tính chất quản lý vĩ mô, định hướng thông qua hệ thống pháp luật và các công cụ thị trường để điều chỉnh thị trường hoạt động theo khuôn khổ ph áp luật, phục vụ các mục đích quản lý vĩ mô chung của toàn bộ nền kinh tế. Đối với vấn đề quản lý, can thiệp vào lãi suất thị trường tiền tệ ngân hàng, vấn đề tưởng như đơn giản nhưng lại vô cùng quan trọng là cần nắm vững quy luật: lãi suất cao thì cầu tín dụng thấp và ngược lại lãi suất thấp thì cầu tín dụng sẽ tăng lên. Nhà nước có thể tác động một cách gián tiếp thông qua cơ chế thị trường qua việc nhà nước thực hiện cung hoặc cầu một lượng vốn nhất định làm cho lãi suất trên thị trường biến đổi theo hướng đạt được các mục tiêu chung của chính sách kinh tế vĩ mô mà toàn bộ nền kinh tế hướng tới. Như vậy, rất không nên thực hiện chính sách can thiệp hành chính trực tiếp. Trong trường hợp đối với các thị trường kém phát triển hoặc trong các trường hợp đặc biệt khẩn cấp, Nhà nước, mà cụ thể là Ngân hàng Nhà nước có thể can thiệp bằng một vài biện pháp hành chính nhằm đảm bảo sự phát triển vững mạnh của cả nền kinh tế, nhưng phải quán triệt quan điểm, hầu hết những sự can thiệp trực tiếp của nhà nước vào thị trường dịch vụ ngân hàng đều là các biện pháp hành chính, nó chỉ có tác dụng điều tiết thị trường đi theo đúng định hướng, vì thế các biện pháp này chỉ nên áp dụng trong một khoảng thời gian ngắn, sau đó phải trả lại cho sự tự điều tiết của chính các quy luật thị trường.
Thứ hai, hệ thống cơ quan quản lý Nhà nước cần đảm bảo gọn nhẹ, giảm tối thiểu các thủ tục hành chính gây cản trở cho hoạt động của thị trường dịch vụ ngân hàng. Vấn đề chính ở đây là thống nhất và giảm tối thiểu các đầu mối quản lý và điều hành thị trường, đồng thời có sự phân công trách nhiệm rõ ràng giữa các cơ quan đầu mối quản lý Nhà nước đối với hoạt động của thị trường, đảm bảo thực hiện đầy đủ chức năng quản lý của Nhà nước đối với thị trường nhưng không chồng chéo giữa các cơ quan quản lý nhà nước.