Bên cạnh những kết quả đạt được ở trên, Ngân hàng Đầu tư và Phát triển - Chi nhánh Quang Trung còn có những hạn chế sau:
Thứ nhất, tỷ trọng doanh số cho vay trung và dài hạn và tỷ trọng dư nợ trung
và dài hạn đang có xu hướng giảm đi. Năm 2009 dư nợ cho vay trung dài hạn chiếm tỷ lệ 63% và doanh số cho vay chiếm tỷ trọng 57,1% thì đến năm 2011 hai tỷ lệ này còn lại lần lượt là 58% và 51%. Tỷ lệ dư nợ trung dài hạn đã không đạt kế hoạch đề ra đó là 60%. Việc sụt giảm tỷ trọng trong khi dư nợ trung dài hạn năm 2011 vẫn tăng 20,5% và doanh số cho vay tăng 16,2% chứng tỏ hoạt động cho vay trung và dài hạn đang tăng trưởng chậm lại so với cho vay ngắn hạn.
Thứ hai, vấn đề thu hồi nợ vẫn đang là vấn đề nhức nhối của ngân hàng. Như
đã phân tích thì vòng quay vốn trung dài hạn của ngân hàng là tương đối thấp, điển hình là năm 2011 chỉ đạt 0,38. Điều này cho thấy khả năng thu hồi nợ của ngân hàng là chưa tốt và thể hiện chất lượng của những khoản cho vay này.
Thứ ba, tỷ lệ nợ xấu trung và dài hạn của Chi nhánh là khá cao và đang có xu
hướng tăng lên. Năm 2009 tỷ lệ này đang là 3,22% thì đến năm 2011 đã là 3,87%. Đây thực sự là một vấn đề rất nghiêm trọng đối với hoạt động cho vay trung dài hạn của ngân hàng và ngân hàng cần có các biện pháp khẩn trương để cải thiện vấn đề này.
Thứ tư, ngân hàng mới chỉ sử dụng nguồn vốn trung dài hạn để cho vay
trung dài hạn mà chưa tận dụng được ưu điểm của nguồn vốn huy động ngắn hạn trong việc cho vay trung và dài hạn này. Như đã phân tích, hệ số sử dụng vốn trung dài hạn của ngân hàng đang nằm ở mức 0,93 nghĩa là ngân hàng có thể tiếp tục tận dụng nguồn vốn ngắn hạn, trong giới hạn cho phép (tối đa 30%), với chi phí rẻ hơn để cho vay trung dài hạn để tăng lợi nhuận cho ngân hàng. Tuy nhiên để thực hiện điều này thì ngân hàng cần tính toán cẩn trọng và sử dụng một cách linh hoạt sao cho mang lại hiệu quả và an toàn cao nhất.
Thứ năm, lợi nhuận tư hoạt động cho vay trung dài hạn tuy đang có xu
hướng tăng lên nhưng tỷ trọng đóng góp trong lợi nhuận của ngân hàng thì đang có xu hướng giảm đi. Đây là một dấu hiệu cho thấy chất lượng của hoạt động cho vay trung dài hạn chưa tốt, bởi vì cho vay trung dài hạn là hoạt động mang lại lợi nhuận cao nhất và có tính quyết định đến thu nhập của ngân hàng. Vì vậy, ngân hàng cần phải đẩy mạnh hơn nữa hoạt động này.
Thứ sáu, tỷ lệ cho vay không có tài sản bảo đảm chiếm tỷ lệ cao, đặc biệt là
đối với doanh nghiệp nhà nước, do đó cần phải quan tâm hơn nữa để hạ thấp tỷ lệ này. Theo Báo cáo tổng kết hoạt động kinh doanh năm 2011, 62% dư nợ cho vay
của Chi nhánh là không có tài sản đảm bảo, điều này ảnh hưởng lớn tới an toàn của các khoản cho vay.
Cuối cùng, trình độ chuyên môn của một số cán bộ còn hạn chế. Nó thể hiện
ở sự kém nhạy bén trong kinh doanh. Đồng thời phong cách giao dịch còn tiếp tục phải đổi mới để phù hợp với môi trường kinh doanh ngày càng cạnh tranh gay gắt như hiện nay.