Theo quy trình quản lý định mức nguyên vật liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu cơ quan hải quan phải tổ chức lấy mẫu nguyên vật liệu chính, niêm phong và giao doanh nghiệp bảo quản để đối chiếu với sản phẩm khi xuất khẩu (trong thực tế có một số trường hợp cơ quan hải quan phải chụp ảnh các mặt hàng có trị giá cao hoặc
kích thước lớn không thể lưu mẫu); doanh nghiệp phải tự khai báo định mức tiêu hao nguyên vật liệu và tự chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực về việc khai báo định mức của mình, định mức tiêu hao nguyên vật liệu là cơ sở để tính quy đổi sản phẩm xuất khẩu ra số nguyên vật liệu đã xuất khẩu từ đó so sánh đối chiếu với số nguyên vật liệu đã nhập khẩu. Cơ quan hải quan sẽ chủ trì phối hợp với cơ quan thuế địa phương tổ chức kiểm tra lại định mức thực tế nguyên vật liệu trong trường hợp có nghi vấn hay phát hiện có dấu hiệu gian lận. Từ cách đặt vấn đề và biện pháp xử lý vấn đề như trên trong thực tế đã phát sinh những tồn tại vướng mắc sau :
- Trên thực tế việc sản xuất ra một loại sản phẩm phải từ rất nhiều loại nguyên vật liệu, việc phân chia nguyên vật liệu chính, nguyên vật liệu phụ hoàn toàn theo khai báo của doanh nghiệp, mang tính chủ quan, tương đối.
- Cơ quan hải quan khó có thể đối chiếu mẫu giữa sản phẩm với nguyên vật liệu khi nguyên vật liệu đã thay đổi hình dạng trong quá trình sản xuất ra sản phẩm xuất khẩu.
- Trong sản xuất, định mức kỹ thuật sản xuất là khoảng thời gian, lượng nguyên vật liệu… được quy định để hoàn thành một sản phẩm trên cơ sở quy trình công nghệ đã định và tổ chức sản xuất hợp lý. Ngay từ khi bắt đầu sản xuất ra một sản phẩm mới, định mức đưa ra thường không chính xác, qua quá trình sản xuất mới có thể dần rút kinh nghiệm để xây dựng được những định mức tương đối đúng. Đối với sản xuất, định mức là một yếu tố dùng để so sánh, đánh giá hiệu quả sản xuất kinh doanh. Hải quan và nhà doanh nghiệp chỉ có thể xác định và kiểm tra phần nguyên vật liệu trực tiếp cấu thành vào một số sản phẩm giản đơn như quần áo, giày dép, còn phần tiêu hao thực tế chỉ có thể biết được qua hạch toán kết quả của một quá trình sản xuất kinh doanh cụ thể. Mức tiêu hao khai báo như thế nào cho chính xác là một bài toán khó trong thực tế.
- Thực tế cơ quan hải quan không đủ khả năng để kiểm tra xác định chính xác mức tiêu hao nguyên vật liệu sử dụng sản xuất hàng xuất khẩu khi có nghi vấn.