Tổ chức bộ máy của Cục Hải quan Nghệ An ngày đầu mới thành lập gồm có 02 cơ sở trực thuộc và 01 phòng nghiệp vụ. Qua 57 năm xây dựng và phát triển, đến nay, tổ chức bộ máy Cục Hải quan Nghệ An được ổn định và không ngừng nâng cao về chất lượng. Đội ngũ cán bộ công chức lớn mạnh cả về số lượng và chất lượng, với tổng biên chế hiện nay là 243 CBCC và người lao động (tăng 47% so với năm 2000).
Chất lượng CBCC không ngừng nâng lên, đến nay 87% CBCC có trình độ đại học và trên đại học; 95% cán bộ có trình độ tin học ngoại ngữ tiếng Anh từ Chứng chỉ A trở lên, 100% CBCC cán bộ quản lý được đào tạo có hệ thống, có trình độ trung cấp, cao cấp về lý luận chính trị, quản lý Nhà nước, có kỹ năng vận hành công nghệ quản lý hiện đại; đội ngũ cán bộ quản lý liên tục được trẻ hóa. Như vậy, kể từ năm 1992 đến nay, lực lượng Cục Hải quan Nghệ An đã tăng thêm 167 người, tốc độ tăng bình quân hàng năm khoảng 6,5%, riêng giai đoạn 2009-2013, tốc độ tăng bình quân hàng năm là 5%.
Lãnh đạo Cục Hải quan Nghệ An gồm Cục trưởng, 02 Phó Cục trưởng. Đơn vị hoạt động theo chế độ Thủ trưởng, Cục trưởng chịu trách nhiệm toàn diện trước Bộ trưởng Bộ Tài chính và Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan về tất cả các mặt hoạt động của đơn vị; các Phó Cục trưởng giúp việc cho Cục trưởng thực hiện việc lãnh đạo, chỉ đạo theo lĩnh vực được phân công phụ trách và trực tiếp phụ trách một số đơn vị trực thuộc. Cục Hải quan Nghệ An có các tổ chức Đảng, Đoàn thể, Hội nghề nghiệp,… Đứng đầu các tổ chức này là Đảng bộ Cục Hải quan Nghệ An, thực hiện việc lãnh đạo, chỉ đạo và đề ra những chủ trương, định hướng lớn trong các hoạt động của Cục Hải quan Nghệ An và các tổ chức Đoàn thể, Hội nghề nghiệp.
Về tổ chức bộ máy các Phòng ban tham mưu của Cục Hải quan Nghệ An liên tục tăng lên để đáp ứng yêu cầu công việc. Khi mới thành lập, Chi sở Hải quan Nghệ An chỉ có 01 phòng hoạt động xuất nhập khẩu trên địa bàn tỉnh Nghệ An trong giai đoạn từ 1956-1975. Số Phòng của Cục Hải quan Nghệ An dần được tăng thêm cùng với việc tăng thêm nhiệm vụ và khối lượng công việc ngày một tăng, yêu cầu đòi hỏi ngày càng cao. Đến nay, Cục Hải quan Nghệ An có 8 phòng chuyên môn, đứng đầu các
Phòng là các Trưởng phòng chịu trách nhiệm toàn diện trước Cục trưởng Cục Hải quan Nghệ An về toàn bộ hoạt động của Phòng, giúp việc cho các Trưởng phòng là các Phó Trưởng phòng; các Phòng có nhiệm vụ hoạt động theo từng mảng nhiệm vụ chuyên môn cụ thể, thực hiện chức năng tham mưu cho Lãnh đạo Cục trong quá trình thực thi các nhiệm vụ của ngành hải quan, chịu sự chỉ đạo, lãnh đạo trực tiếp của một đồng chí trong Lãnh đạo Cục phụ trách. Mối quan hệ giữa các Phòng là ngang cấp, phối hợp theo Quy chế làm việc và Quy chế phối hợp của Cục Hải quan Nghệ An.
Các đơn vị trực thuộc bao gồm 02 Chi cục Hải quan cửa khẩu, 01 Chi cục Hải quan ngoài cửa khẩu, 03 Đội Kiểm soát hải quan, 01 Chi cục Kiểm tra sau thông quan. Đứng đầu các đơn vị trực thuộc là Chi cục trưởng, Đội trưởng Đội Kiểm soát chịu trách nhiệm toàn diện về hoạt động của đơn vị trước Cục trưởng Cục Hải quan Nghệ An và cấp ủy, chính quyền địa phương; giúp việc cho Chi cục trưởng hoặc Đội trưởng Đội Kiểm soát có từ một đến hai Phó Chi cục trưởng hoặc Phó Đội trưởng Đội Kiểm soát tuy theo quy mô hoạt động của đơn vị. Tại các đơn vị trực thuộc từ 2 đến 3 tổ nghiệp vụ, đứng đầu là các Tổ trưởng, là công chức lãnh đạo, được hưởng phụ cấp chức vụ. Chi tiết theo Sơ đồ 2.1
Sơ đồ 2.1. Tổ chức bộ máy Cục Hải quan Nghệ An
(Theo Quyết định số 1027/QĐ-BTC ngày 11/5/2010 của Bộ trưởng Bộ Tài chính)
(Nguồn: Phòng TCCB - Cục Hải quan Nghệ An)
CỤC TRƯỞNG
PHÓ CỤC TRƯỞNG PHÓ CỤC TRƯỞNG PHÓ CỤC TRƯỞNG
CÁC ĐƠN VỊ THAM MƯU
1. Văn phòng Cục 2. Phòng Tổ chức cán bộ 3. Phòng Thanh tra 4. Phòng Nghiệp vụ 5. Phòng Tham mưu xử lý 6. Phòng Tài vụ quản trị
7. Ban Công nghệ thông tin
8. Ban Hiện đại hóa
CÁC ĐƠN VỊ KIỂM SOÁT VÀ KIỂM TRA SAU THÔNG
QUAN
1. Đội Kiểm soát Hải quan số 1
2. Đội Kiểm soát Hải quan số 2
3. Đội Kiểm soát phòng chống
ma tuý
4. Chi cục Kiểm tra sau thông
quan
CÁC CHI CỤC HẢI QUAN
1. Chi cục Hải quan cửa
khẩu quốc tế Nậm Cắn
2. Chi cục Hải quan cửa
khẩu Cảng Nghệ An
3. Chi cục Hải quan Vinh
4. Chi cục HQCK Thanh
Thủy
Đội (Tổ) công tác