Cải cách hành chính và hiện đại hoá hải quan là một trong những nhiệm vụ trọng tâm có tính xuyên suốt của Cục HQNA trong giai đoạn hiện nay nhằm rút ngắn thời gian thông quan hàng hoá, tăng cường khả năng cạnh tranh của nền kinh tế. Trong thời gian qua, công tác cải cách thủ tục hải quan đã được công đồng doanh nghiệp, các ngành, các cấp ghi nhận và đánh giá cao. Tuy nhiên, trong xu hướng hội nhập và toàn cầu hoá hiện nay vấn đề đặt ra là cần tiếp tục cải tiến, đổi mới quy trình, thủ tục hải quan phù hợp với chuẩn mực và thông lệ quốc tế, thực hiện hải quan một cửa và các hiệp định tự do thương mại. Đối với Cục HQNA trong thời gian tới cần tập trung vào một số giải pháp cụ thể sau:
+ Tiếp tục hoàn thiện hoạt động khai hải quan điện tử tại các Chi cục hải quan cửa khẩu quốc tế Nậm Cắn. Thực hiện tốt công tác tuyên truyền và lợi ích khai hải quan điện tử để doanh nghiệp hiểu đúng về người được hưởng lợi trực tiếp từ hoạt động này chính là doanh nghiệp.
+ Đẩy mạnh ứng dụng CNTT trong các khâu nghiệp vụ hải quan tiến tới tự động hoá thủ tục hải quan thôngqua các hoạt động như triển khai hải quan điện tử tại các Chi cục, thanh toán điện tử bằng việc ký kết giữa Cục HQNA với các tổ chức tín dụng, với ứng dụng này các doanh nghiệp hoạt động kinh doanh XNK có thêểthanh toán tiền thuế và các khoản thu khác cho một hoặc một số tờ khai hải quan hoặc thanh toán từng phần cho một tờ khai hải quan…
+ Hiện đại hoá cơ sở vật chất, trang thiết bị hiện đại, đầu tư máy móc thiết bị hiện đại vào hoạt động giám sát, kiểm tra hải quan.
+ Chú trọng đào tạo, phát triển nguồn nhân lực để đáp ứng với yêu cầu cải cách và quá trình hội nhập. Xây dựng và từng bước đưa vào áp dụng phương pháp quản lý nguồn nhân lực hiện đại thông qua việc phân tích công việc, xây dựng mô tả chức danh công việc, bộ tiêu chuẩn năng lực công việc; xây dựng cơ chế quản lý, cập nhật và sử dụng các bảng mô tả công việc, bộ tiêu chuẩn năng lực công việc; thực hiện việc rà soát, đánh giá toàn bộ đội ngũ cán bộ, công chức theo yêu cầu chức dang công việc.